公开(公告)号：CN120060475A

公开(公告)日：2025-05-30

申请号：CN202510483079.6

申请日：2025-04-17

Applicant: 重庆大学附属肿瘤医院

Inventor： 施小龙 ,  唐超 ,  向廷秀 ,  吴永忠 ,  王颖 ,  周伟

IPC: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11 ,  G16B30/00 ,  G16B30/10 ,  G16B20/50 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明公开了一种基于ctDNA甲基化和突变共检的肿瘤早筛、诊断探针库、试剂盒以及检测方法。探针库包含针对120个cg位点甲基化生物标志物的特异性探针和针对14个肿瘤相关基因的158个突变位点的特异性探针。检测方法包括游离DNA提取；文库制备；将部分DNA文库用甲基化特异性内切酶酶切；酶切前后的DNA文库分别进行PCR扩增并用特异性探针库杂交捕获；捕获片段进行高通量测序鉴定其目标区域的甲基化和突变状态。本发明所述的探针库、试剂盒、检测方法可高灵敏度和高特异性地检测血浆游离DNA的甲基化和突变情况从而鉴定和定量循环肿瘤DNA，在肿瘤早筛、辅助诊断、复发监测、疗效评估等领域有巨大的临床应用前景。

公开(公告)号：CN114214408A

公开(公告)日：2022-03-22

申请号：CN202111579790.X

申请日：2021-12-22

Applicant: 重庆大学附属肿瘤医院

Inventor： 唐超 ,  施小龙 ,  吴永忠 ,  王颖 ,  綦俊

IPC: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6813 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化的方法、探针库及试剂盒。所述方法通过对待测血样DNA引入2个公共的测序接头序列，利用甲基化不敏感的内切酶酶切，留下甲基化的DNA分子和没有酶切位点的非目标区域，之后进行PCR扩增以及探针杂交富集目标区域DNA，通过高通量测序分析鉴定出待测血样中ctDNA目标区域的甲基化状态，其具有高灵敏度、高通量以及数字化分析的优点，本发明所述方法不需进行亚硫酸氢盐转化，有效避免了亚硫酸氢盐处理ctDNA出现的片段化和不能完全转化问题。

公开(公告)号：CN114214408B

公开(公告)日：2023-02-17

申请号：CN202111579790.X

申请日：2021-12-22

Applicant: 重庆大学附属肿瘤医院

Inventor： 唐超 ,  施小龙 ,  吴永忠 ,  王颖 ,  綦俊

IPC: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6813 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化的方法、探针库及试剂盒。所述方法通过对待测血样DNA引入2个公共的测序接头序列，利用甲基化不敏感的内切酶酶切，留下甲基化的DNA分子和没有酶切位点的非目标区域，之后进行PCR扩增以及探针杂交富集目标区域DNA，通过高通量测序分析鉴定出待测血样中ctDNA目标区域的甲基化状态，其具有高灵敏度、高通量以及数字化分析的优点，本发明所述方法不需进行亚硫酸氢盐转化，有效避免了亚硫酸氢盐处理ctDNA出现的片段化和不能完全转化问题。

公开(公告)号：CN111748621A

公开(公告)日：2020-10-09

申请号：CN202010167873.7

申请日：2020-03-11

Applicant: 重庆大学附属肿瘤医院

Inventor： 施小龙 ,  吴永忠 ,  唐超 ,  王颖 ,  尹哲 ,  綦俊

IPC: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11 ,  C40B40/06

Abstract: 本发明提供了一种检测肺癌相关41基因的探针库、试剂盒及其应用，所述探针库包括有肺癌相关41基因捕获探针，所述肺癌相关41基因捕获探针为1464条，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～1464所示，将所述探针库应用于下一代测序技术中，可同时高通量地对肺癌相关41基因进行检测，具有覆盖率高、准确性高等优点。所述探针库的检测基因纳入了41个与肺癌治疗敏感性、抗拒性、毒副反应相关的基因，其检测结果能够直接对肺癌治疗疗效和毒性反应进行预先评估，可帮助筛选出合适的药物和治疗方案，有助于医生进行治疗决策和患者的合理用药，同时，也可为未来的药物开发和提高治疗的精确性提供基本突变谱资料和检测策略。

公开(公告)号：CN110305946A

公开(公告)日：2019-10-08

申请号：CN201910639369.X

申请日：2019-07-18

Applicant: 重庆大学附属肿瘤医院

Inventor： 施小龙 ,  唐超 ,  吴永忠 ,  王颖 ,  綦俊

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开一种基于高通量测序的DNA甲基化检测方法，通过用亚硫酸氢盐处理DNA片段，通过末端转移酶延伸单链DNA片段的3’末端引入核苷酸同聚物序列，通过与核苷酸同聚物序列互补的引物延伸产生双链并引入测序公共接头序列，通过5’端生物素修饰将延伸的序列结合到链霉亲合素包被的磁珠上以及第二次3’末端引入核苷酸同聚物序列，通过第二条带有公共接头序列的引物延伸引入第二公共接头序列，通过用公共PCR引物扩增延伸的DNA产物制备出基因组甲基化特异的DNA测序文库，然后对DNA测序文库进行测序确定DNA片段的序列。本发明具有高通量、高特异性、高灵敏度的优点，能很好地适用于片段化的血液游离DNA和石蜡包埋组织DNA，尤其是短片段DNA的甲基化检测。