公开(公告)号：CN118645153B

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202411114845.3

申请日：2024-08-14

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  臻和精准医学检验实验室无锡有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 程雪艳 ,  徐丽娣 ,  陶威 ,  黄宇 ,  陈维之

IPC: G16B20/30 ,  G16B35/20 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明涉及基于全基因组甲基化数据的肿瘤微环境评价方法和系统，包括，获取免疫细胞的全基因组甲基化测序数据，计算免疫细胞特征区域的区域甲基化比率；对所述区域甲基化比率进行富集分析，获取免疫细胞的富集分数，基于所述富集分数评估免疫细胞浸润状态。本发明的方案可应用于≤10X低深度全基因组甲基化数据，填补了基于低深度的全基因组甲基化技术平台评估肿瘤免疫微环境的空白。

公开(公告)号：CN118645153A

公开(公告)日：2024-09-13

申请号：CN202411114845.3

申请日：2024-08-14

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  臻和精准医学检验实验室无锡有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 程雪艳 ,  徐丽娣 ,  陶威 ,  黄宇 ,  陈维之

IPC: G16B20/30 ,  G16B35/20 ,  G16B30/10 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明涉及基于全基因组甲基化数据的肿瘤微环境评价方法和系统，包括，获取免疫细胞的全基因组甲基化测序数据，计算免疫细胞特征区域的区域甲基化比率；对所述区域甲基化比率进行富集分析，获取免疫细胞的富集分数，基于所述富集分数评估免疫细胞浸润状态。本发明的方案可应用于≤10X低深度全基因组甲基化数据，填补了基于低深度的全基因组甲基化技术平台评估肿瘤免疫微环境的空白。

公开(公告)号：CN119479814A

公开(公告)日：2025-02-18

申请号：CN202411709991.0

申请日：2024-11-26

Applicant: 无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 程雪艳 ,  徐丽娣 ,  张娇 ,  黄宇 ,  陈维之

IPC: G16B30/10 ,  G16B20/20 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明公开了一种基于机器学习和免疫逃逸机制优化分子标志物算法的方法，所述方法包括：获取肿瘤组织和正常组织的NGS测序数据，将肿瘤组织与配对的正常组织的NGS测序数据进行质控、比对，得到原始的比对文件，对原始的比对文件进行预处理得到最终的比对文件；通过软件对比对文件进行肿瘤体细胞单核苷酸变异和小片段插入缺失检测，得到体细胞变异信息；构建多元线性回归模型，计算SNV位点和INDEL位点的新生抗原预测的能力；结合新生抗原预测能力不同和肿瘤患者免疫逃逸机制两个方面因素，对TMB计算方法进行优化。本发明更加真实地反映了患者真实的免疫状态，对患者免疫治疗响应和预后也具有更好地提示作用。