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公开(公告)号：CN119132387A
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202310980781.4
申请日：2023-08-03
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
Abstract: 本发明公开一种基于RNA‑seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，包括如下步骤：S1、分别对正常细胞系和该正常细胞系变异的肿瘤细胞系，以及两者各自的细胞外泌体进行RNA‑seq测序，得到目标表达矩阵；S2、利用计算机脚本分别筛选正常细胞系和正常细胞系的细胞外泌体的共有基因，肿瘤细胞系和肿瘤细胞系的细胞外泌体的共有基因，得到新的表达谱矩阵；S3、新的表达谱矩阵进行加权基因共表达网络分析，识别关键基因；S4、从识别出的关键基因中提取已有实验验证的膜蛋白；S5、进行显著差异表达分析，提取显著差异表达基因。本发明能够快速的对某一类病变细胞进行外泌体分析，完成细胞外泌体关键标记。
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公开(公告)号：CN114566218A
公开(公告)日：2022-05-31
申请号：CN202210259820.7
申请日：2022-03-16
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
IPC: G16B20/30
Abstract: 本发明公开一种快速筛选人源hsa‑miR‑576‑3p与启动子结合靶点的方法，包括如下步骤：下载人类最新基因组序列和对应的注释文件，以及人源hsa‑miR‑576‑3p序列文件；从下载的人类最新基因组序列中提取人类最新基因组序列的染色体长度，并由此从人类最新基因组序列和对应的注释文件中提取启动子的序列；通过seedVicious软件筛选人源hsa‑miR‑576‑3p序列与S2提取的启动子序列，保留与miRNA种子序列完全匹配靶标的种类，获得mmu‑miR‑25‑3p与启动子靶标的预测结果。本发明利用现有数据和软件，在计算机上实现快速对人源hsa‑miR‑576‑3p与启动子结合靶点的筛选。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114550815A
公开(公告)日：2022-05-27
申请号：CN202210261225.7
申请日：2022-03-16
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
Abstract: 本发明公开一种胶质母细胞瘤lncRNA编码微肽的功能预测与筛选方法，包括如下骤：葡萄糖转运体基因集的筛选；葡萄糖转运体基因集在泛癌中的显著差异表达及生存分析；胶质母细胞瘤中SLC2A10的验证及ceRNA预测；进行LINC02381编码对微肽预测，并将预测的微肽定位到人类染色体中，对预测到微肽进行鉴定与功能富集分析，保留与LINC02381同染色体的且预测有潜在功能的微肽。本发明提供一种胶质母细胞瘤lncRNA编码微肽的功能预测与筛选方法，为研究胶质母细胞瘤中的lncRNA编码的微肽在预后或诊断中起到的作用提供基础。
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公开(公告)号：CN119108043A
公开(公告)日：2024-12-10
申请号：CN202311103791.6
申请日：2023-08-30
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
Abstract: 本发明公开了一种基于中药活性化合物结构‑疾病靶点‑信号通路多层次整合的方法，涉及中药组分靶点预测领域，包括如下步骤：S1、获取中药活性化合物的结构式；S2、绘制步骤S1中检索到的结构式，另存为sdf格式，并将sdf格式转化为smiles格式；S3、将结构式导入靶标数据库预测中药活性化合物潜在靶点；S4、针对目标疾病，找到疾病相关的hub基因，即目标疾病靶点；S5、使用网络药理学对S3中获得的中药活性化合物潜在靶点和S4中得到的目标疾病靶点进行共有基因分析，得到共有靶点；S6、通过分子对接找到中药活性化合物的化学结构与共有靶点结合位点，筛选出最关键hub基因；S7、对最关键hub基因进行富集分析，预测白及多糖结构‑疾病靶点‑信号通路。
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公开(公告)号：CN114566218B
公开(公告)日：2022-10-25
申请号：CN202210259820.7
申请日：2022-03-16
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
IPC: G16B20/30
Abstract: 本发明公开一种快速筛选人源hsa‑miR‑576‑3p与启动子结合靶点的方法，包括如下步骤：下载人类最新基因组序列和对应的注释文件，以及人源hsa‑miR‑576‑3p序列文件；从下载的人类最新基因组序列中提取人类最新基因组序列的染色体长度，并由此从人类最新基因组序列和对应的注释文件中提取启动子的序列；通过seedVicious软件筛选人源hsa‑miR‑576‑3p序列与S2提取的启动子序列，保留与miRNA种子序列完全匹配靶标的种类，获得mmu‑miR‑25‑3p与启动子靶标的预测结果。本发明利用现有数据和软件，在计算机上实现快速对人源hsa‑miR‑576‑3p与启动子结合靶点的筛选。
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公开(公告)号：CN114550821A
公开(公告)日：2022-05-27
申请号：CN202210261235.0
申请日：2022-03-16
Applicant: 皖南医学院第一附属医院(皖南医学院弋矶山医院)
IPC: G16B20/30
Abstract: 本发明公开一种快速筛选小鼠mmu‑miR‑25‑3p与启动子结合靶点的方法，包括如下步骤：下载小鼠最新基因组序列和对应的注释文件，以及小鼠mmu‑miR‑25‑3p序列文件；从下载的小鼠最新基因组序列中提取小鼠最新基因组序列的染色体长度，并由此从小鼠最新基因组序列和对应的注释文件中提取启动子的序列；通过seedVicious软件筛选小鼠mmu‑miR‑25‑3p序列与S2提取的启动子序列，保留与miRNA种子序列完全匹配靶标的种类，获得mmu‑miR‑25‑3p与启动子靶标的预测结果。本发明利用现有数据和软件，在计算机上实现快速对小鼠mmu‑miR‑25‑3p与启动子结合靶点的筛选。
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