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公开(公告)号：CN111278974B
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN201780096314.8
申请日：2017-11-09
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12N15/11 , C12N15/10 , C12Q1/6806 , C40B50/06
摘要： 本发明提供了一种钩状探针、核酸连接方法以及测序文库的构建方法，所述钩状探针包括目标特定区域和相连的钩区域，所述目标特定区域包括与待连接的核酸片段的至少部分单链互补配对的序列，所述钩区域包括与所述核酸片段不配对的序列，所述钩区域的末端是可连接末端，所述可连接末端能够连接到所述核酸片段的单链末端。
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公开(公告)号：CN108138364B
公开(公告)日：2021-07-02
申请号：CN201480081853.0
申请日：2014-11-26
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C40B50/06 , C12Q1/6806 , C12Q1/6855 , C12Q1/6853
摘要： 本发明公开了一种核酸单链环状文库的构建方法和试剂，该方法包括如下步骤：使用转座酶包埋复合体对核酸进行随机打断，形成两端连接第一接头并形成缺口的片段；在缺口处连接第二接头；进行第一PCR反应，得到两端分别连接第一接头和第二接头序列的产物；酶切产生切口，然后进行双链环化产生环状核酸分子；从切口处进行限制性缺口平移反应；消化未发生限制性缺口平移反应的部分；连接第三接头和寡核苷酸接头序列；进行第二PCR反应，得到两端分别连接第三接头和寡核苷酸接头序列的产物；分离出核酸单链；对核酸单链进行环化，得到单链环状文库。本发明的方法通过转座酶打断与限制性缺口平移反应结合，实现简单、快速的核酸单链环状文库的构建。
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公开(公告)号：CN118202065A
公开(公告)日：2024-06-14
申请号：CN202180100375.3
申请日：2021-11-15
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/26 , C40B50/06 , C12P19/34 , C12N9/10 , C12N9/02 , C12Q1/6869 , C12Q1/6806 , C12Q1/48
摘要： 本发明公开了一种检测全基因组范围内的DNA甲基化修饰的方法。本发明提供了制备用于检测核酸甲基化修饰的文库的方法：(1)通过酶反应使核酸样本中的甲基化位点被转化；(2)通过酶反应使其中未修饰的C转化为甲基化修饰的C；(3)采用重亚硫酸盐进行处理，获得转化后的核酸文库。本发明可以使未甲基化的胞嘧啶C不被转化，只转化甲基化修饰的胞嘧啶5mC、羟甲基化的胞嘧啶5hmC、醛基化胞嘧啶5fC和羧基化胞嘧啶5caC为尿嘧啶U，从而解决WGBS和EM‑seq存在的文库复杂度低的问题，提高了全基因组甲基化测序质量，提高了测序数据的比对率和比对准确性，以及提高了甲基化检测灵敏度。
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公开(公告)号：CN116783303A
公开(公告)日：2023-09-19
申请号：CN202180090546.9
申请日：2021-01-13
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： 本申请提供了一种基于体积分布分析液滴的方法，包括：利用含有目标分子的样品配制待乳化体系，获取该样品的总体积V；将所述待乳化体系乳化为液滴，对乳化获得的液滴实施执行扩增反应所需要的条件与操作，使得含有所述样品的液滴发生扩增反应，获得液滴体系；获取所述液滴体系的液滴图像信息，基于所述液滴图像信息获得液滴总数n；基于所述液滴图像信息得到所述液滴体系的液滴体积分布信息；统计所述n个液滴中的阴性液滴数j或阳性液滴数n‑j；根据所述总体积V、液滴总数n、液滴体积分布信息，以及所述阴性液滴数j或阳性液滴数n‑j，对所述目标分子作定量分析。本申请消除了对单个液滴体积数据获取的依赖，同时降低技术相关软硬件成本，有效提高计算效率及提升液滴分析的准确性。本申请还提供一种计算机装置及存储介质。
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公开(公告)号：CN116200458A
公开(公告)日：2023-06-02
申请号：CN202111442944.0
申请日：2021-11-30
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806
摘要： 本发明公开了一种确定DNA分子正负链甲基化差异的建库测序方法。本发明提供了确定DNA分子正负链甲基化差异的建库测序方法，包括如下步骤：1)使用分子标签UMI对多个DNA双链分子的正链和负链进行标记，得到标记分子标签的DNA分子库；2)重亚硫酸盐转化所述DNA分子库中的DNA分子，使所述DNA分子中未甲基化修饰的C碱基转化为U碱基，得到转化后DNA分子；3)对所述转化后DNA分子依次进行PCR扩增、构建测序文库和测序；判断同一DNA分子正负链甲基化修饰的差异。本发明相对于传统的全基因组甲基化测序，本发明能更精确的检测出DNA分子的甲基化差异，对甲基化的动态变化的检测更准确。
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公开(公告)号：CN115715323A
公开(公告)日：2023-02-24
申请号：CN202080099449.1
申请日：2020-06-19
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12N15/10 , C40B40/06 , C40B50/06 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种PCR‑free建库和测序方法。本发明提供了一种PCR‑free高通量测序方法，包括如下步骤：将待测序核酸根据大小进行或不进行片段化处理，得到目的大小DNA片段；末端修复和加A反应；连接含有标签序列的接头；进行单链环化和滚环复制，形成DNA纳米球；上机测序。
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公开(公告)号：CN109689872B
公开(公告)日：2022-12-23
申请号：CN201680088992.5
申请日：2016-11-21
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12N15/11 , C40B50/06 , C40B40/06 , C12Q1/6806
摘要： 一种DNA末端修复与加A的方法，该方法包括：在同一反应体系中，在dNTP存在下，利用聚合酶将片段化DNA的末端补平或切平，利用多聚核苷酸激酶将5’羟基转变成5’磷酸基团且将3’磷酸基团转变成3’羟基；在过量dATP存在下，利用不具有3’‑5’外切活性的聚合酶在双链DNA 3’末端加上dATP。所述方法能够在同一个反应体系中实现DNA末端修复与加A反应，简化酶反应和纯化步骤，提高起始DNA转化成可连接接头DNA的效率，降低对起始DNA总量的要求。
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公开(公告)号：CN115279498A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202080098299.2
申请日：2020-07-17
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
摘要： 一种生化反应装置(100)，包括反应容器(10)和分隔部(30)。反应容器(10)包括相对设置的第一端壁(11)和第二端壁(13)、以及连接第一端壁(11)和第二端壁(13)的侧壁(15)，第一端壁(11)、第二端壁(13)和侧壁(15)围合成一密封腔(16)。分隔部(30)设置于侧壁(15)上并将密封腔(16)分隔为相互隔离的第一反应腔(161)和第二反应腔(163)，第一反应腔(161)用于盛装第一反应试剂，第二反应腔(163)用于盛装第二反应试剂。其中，分隔部(30)能够被打开以将第二反应试剂和第一反应试剂进行混合。还提供包括生化反应装置(100)的基于CRISPR技术的检测系统。
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公开(公告)号：CN108060191B
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN201711086910.6
申请日：2017-11-07
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C40B50/06
摘要： 本申请公开了一种双链核酸片段加接头的方法、文库构建方法和试剂盒。本申请双链核酸片段加接头的方法，在双链靶标核酸片段3’末端连接3’端侧向接头；双链靶标核酸片段包含连接位点，连接位点包含3’‑羟基的3’末端，连接位点为切口、缺口或5’端突起；3’端侧向接头包含5’‑磷酸的5’平端和非连接性3’末端；连接3’端侧向接头方法包括，采用连接酶将双链靶标核酸片段和3’端侧向接头连接。本申请的方法，在双链靶标核酸片段3’末端连接3’端侧向接头，基于该方法进行文库构建，应用于cPAL和合成测序，适于基因组序列或全外显子测序，减小了建库核酸起始量，简化了建库流程，改善了GC富含区测序覆盖率，提高了测序能力。
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公开(公告)号：CN107075512B
公开(公告)日：2021-01-15
申请号：CN201480081517.6
申请日：2014-10-14
申请人： 深圳华大智造科技股份有限公司
IPC分类号： C12N15/11 , C12Q1/6806 , C40B50/06 , C40B40/06 , C40B80/00
摘要： 提供了一种接头元件和使用该接头元件构建测序文库的方法，所述接头元件由接头A和接头B组成；接头A由一条核酸长链与一条核酸短链互补配对而成，长链5’端具有磷酸修饰，短链3’端为封闭修饰，短链中具有酶作用位点；接头B为一条核酸单链，其3’端能与接头A长链5’端互补配对；所述接头A的长链和接头B中具有II型限制性内切酶识别位点。使用本发明的接头元件构建测序文库时，在保证接头连接方向性的同时，解决了片段互连、接头自连、连接效率低的问题，减少了步骤间的纯化反应，缩短了连接时间，降低了成本。
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