公开(公告)号：CN111489787A

公开(公告)日：2020-08-04

申请号：CN202010317611.4

申请日：2020-04-21

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  徐海波 ,  朱庆祺 ,  崔娟

IPC: G16B15/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种CRISPR/Cas9靶向敲除定点DNA效率的预测方法，其特征在于，包括如下步骤：1）构建数据集；2）对序列进行编码；3）采用卷积神经网络进行特征提取；4）构建XGBoost预测器得到结果。这种方法预测速度快、精度高。

公开(公告)号：CN110379464A

公开(公告)日：2019-10-25

申请号：CN201910688863.5

申请日：2019-07-29

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  王婉茹 ,  朱庆琪 ,  徐海波 ,  崔娟

IPC: G16B40/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种细菌中DNA转录终止子的预测方法，包括如下步骤：1）获取细菌的终止子和非终止子序列作为基准数据集和独立数据集；2）特征集提取；3）特征集排序；4）特征集选择；5）特征集提取方法对比；6）训练模型；7）构建组合分类器；8）方法评估。这种预测方法可以提取多种DNA信息中的特征，还减少了计算时间，避免出现过拟合现象，同时还可以选出最优的分类模型，提高了预测终止子预测的准确率。

公开(公告)号：CN110415765A

公开(公告)日：2019-11-05

申请号：CN201910688416.X

申请日：2019-07-29

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  陈梅君 ,  朱庆祺 ,  徐海波 ,  崔娟

IPC: G16B20/00 ,  G16B5/00

Abstract: 本发明公开了一种长链非编码RNA亚细胞定位的预测方法，包括如下步骤：1）特征提取；2）选取特征子集及特征参数；3）提取最优特征集；4）用逻辑回归作为预测模型对最优特征集进行预测，从而实现对长链非编码RNA亚细胞的定位预测。这种方法预测速度快、预测准确率高。

公开(公告)号：CN111489787B

公开(公告)日：2023-05-12

申请号：CN202010317611.4

申请日：2020-04-21

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  徐海波 ,  朱庆祺 ,  崔娟

IPC: G16B15/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种CRISPR/Cas9靶向敲除定点DNA效率的预测方法，其特征在于，包括如下步骤：1）构建数据集；2）对序列进行编码；3）采用卷积神经网络进行特征提取；4）构建XGBoost预测器得到结果。这种方法预测速度快、精度高。

公开(公告)号：CN110379464B

公开(公告)日：2023-05-12

申请号：CN201910688863.5

申请日：2019-07-29

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  王婉茹 ,  朱庆琪 ,  徐海波 ,  崔娟

IPC: G16B40/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种细菌中DNA转录终止子的预测方法，包括如下步骤：1）获取细菌的终止子和非终止子序列作为基准数据集和独立数据集；2）特征集提取；3）特征集排序；4）特征集选择；5）特征集提取方法对比；6）训练模型；7）构建组合分类器；8）方法评估。这种预测方法可以提取多种DNA信息中的特征，还减少了计算时间，避免出现过拟合现象，同时还可以选出最优的分类模型，提高了预测终止子预测的准确率。

公开(公告)号：CN109859798B

公开(公告)日：2023-06-23

申请号：CN201910053867.6

申请日：2019-01-21

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  崔娟 ,  张龙 ,  张向文

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种细菌中sRNA与其靶标mRNA相互作用的预测方法，包括如下步骤：1）数据收集和整理；2）特征提取，将数据集转换为矩阵；3）F‑score特征优化；4）训练构建SVM模型并进行预测得出预测结果。这种方法能有效表征RNA序列信息、提高sRNA‑靶标mRNA相互作用预测精度，同时，这种方法还具有成本低、耗时少、预测速度快的优点。

公开(公告)号：CN109859798A

公开(公告)日：2019-06-07

申请号：CN201910053867.6

申请日：2019-01-21

Applicant: 桂林电子科技大学

Inventor： 樊永显 ,  崔娟 ,  张龙 ,  张向文

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种细菌中sRNA与其靶标mRNA相互作用的预测方法，包括如下步骤：1）数据收集和整理；2）特征提取，将数据集转换为矩阵；3）F-score特征优化；4）训练构建SVM模型并进行预测得出预测结果。这种方法能有效表征RNA序列信息、提高sRNA-靶标mRNA相互作用预测精度，同时，这种方法还具有成本低、耗时少、预测速度快的优点。