一种酿酒酵母菌中DNA复制起点的预测方法

    公开(公告)号:CN111755074A

    公开(公告)日:2020-10-09

    申请号:CN202010636957.0

    申请日:2020-07-03

    Inventor: 樊永显 王婉茹

    Abstract: 本发明公开了一种酿酒酵母菌中DNA复制起点的预测方法,步骤为:获取酿酒酵母菌中的正样本序列和负样本序列;使用二进制编码法和PSEKNC-I两种方法提取特征;使用F-score和IFS方法对PSEKNC-I法得到的特征进行筛选,得到预筛选特征;将二进制编码法得到特征和预筛选特征进行组合,获得特征组合后的样本数据集;构建CNN预测模型并训练,输入数据获得初步预测结果;调整训练后CNN预测模型中参数,对训练后的CNN预测模型进行优化;使用五折交叉验证法对优化后的CNN预测模型进行评估最终得到最优的CNN预测模型,将数据输入最优模型中,得到最终的预测结果。该方法提取多种DNA信息中的特征,减少了计算时间,避免过拟合现象,选出最优的分类模型,提高了预测复制起点预测的准确率。

    一种细菌中DNA转录终止子的预测方法

    公开(公告)号:CN110379464A

    公开(公告)日:2019-10-25

    申请号:CN201910688863.5

    申请日:2019-07-29

    Abstract: 本发明公开了一种细菌中DNA转录终止子的预测方法,包括如下步骤:1)获取细菌的终止子和非终止子序列作为基准数据集和独立数据集;2)特征集提取;3)特征集排序;4)特征集选择;5)特征集提取方法对比;6)训练模型;7)构建组合分类器;8)方法评估。这种预测方法可以提取多种DNA信息中的特征,还减少了计算时间,避免出现过拟合现象,同时还可以选出最优的分类模型,提高了预测终止子预测的准确率。

    一种酿酒酵母菌中DNA复制起点的预测方法

    公开(公告)号:CN111755074B

    公开(公告)日:2022-05-17

    申请号:CN202010636957.0

    申请日:2020-07-03

    Inventor: 樊永显 王婉茹

    Abstract: 本发明公开了一种酿酒酵母菌中DNA复制起点的预测方法,步骤为:获取酿酒酵母菌中的正样本序列和负样本序列;使用二进制编码法和PSEKNC‑I两种方法提取特征;使用F‑score和IFS方法对PSEKNC‑I法得到的特征进行筛选,得到预筛选特征;将二进制编码法得到特征和预筛选特征进行组合,获得特征组合后的样本数据集;构建CNN预测模型并训练,输入数据获得初步预测结果;调整训练后CNN预测模型中参数,对训练后的CNN预测模型进行优化;使用五折交叉验证法对优化后的CNN预测模型进行评估最终得到最优的CNN预测模型,将数据输入最优模型中,得到最终的预测结果。该方法提取多种DNA信息中的特征,减少了计算时间,避免过拟合现象,选出最优的分类模型,提高了预测复制起点预测的准确率。

    一种细菌中DNA转录终止子的预测方法

    公开(公告)号:CN110379464B

    公开(公告)日:2023-05-12

    申请号:CN201910688863.5

    申请日:2019-07-29

    Abstract: 本发明公开了一种细菌中DNA转录终止子的预测方法,包括如下步骤:1)获取细菌的终止子和非终止子序列作为基准数据集和独立数据集;2)特征集提取;3)特征集排序;4)特征集选择;5)特征集提取方法对比;6)训练模型;7)构建组合分类器;8)方法评估。这种预测方法可以提取多种DNA信息中的特征,还减少了计算时间,避免出现过拟合现象,同时还可以选出最优的分类模型,提高了预测终止子预测的准确率。

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