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公开(公告)号：CN110767266B
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN201911064826.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
Abstract: 本发明的基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法，包括：a).构建ErbB靶向蛋白数据，对于ErbB包含的4个受体酪氨酸激酶ErbB‑1、ErbB‑2、ErbB‑3和ErbB‑4均构建靶向蛋白数据集；b).扩大数据集规模，采用原始构象、旋转构象、优化构象的方法扩大数据集规模；c).构建ErbB靶向蛋白家族机器学习打分函数模型；d).模型的训练和评估。本发明的打分函数构建方法，建了一个ErbB蛋白家族机器学习分子亲和力评估数据集，为ErbB蛋白家族的机器学习任务奠定了数据基础；通过GCN技术突破了经典打分函数的瓶颈，提高了打分函数的性能，解决了机器学习打分函数通用模型准确率低的问题。
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公开(公告)号：CN110767266A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201911064826.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
Abstract: 本发明的基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法，包括：a).构建ErbB靶向蛋白数据，对于ErbB包含的4个受体酪氨酸激酶ErbB-1、ErbB-2、ErbB-3和ErbB-4均构建靶向蛋白数据集；b).扩大数据集规模，采用原始构象、旋转构象、优化构象的方法扩大数据集规模；c).构建ErbB靶向蛋白家族机器学习打分函数模型；d).模型的训练和评估。本发明的打分函数构建方法，建了一个ErbB蛋白家族机器学习分子亲和力评估数据集，为ErbB蛋白家族的机器学习任务奠定了数据基础；通过GCN技术突破了经典打分函数的瓶颈，提高了打分函数的性能，解决了机器学习打分函数通用模型准确率低的问题。
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公开(公告)号：CN113209075A
公开(公告)日：2021-08-06
申请号：CN202110354489.2
申请日：2021-04-02
Applicant: 中国海洋大学 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司
IPC: A61K31/352 , A61P35/00
Abstract: 本发明公开了二甲基柚皮素在制备用于预防和治疗癌症的药物中的应用。所述二甲基柚皮素的分子式为C17H16O5，且所述癌症包括结肠癌、肺癌。本发明经过实验验证二甲基柚皮素能够激活p53蛋白表达而成为p53激活剂，并上调p53蛋白下游的调控基因的表达，进而抑制癌细胞内MDM2的表达，且二甲基柚皮素具有剂量和时间依赖性。除此之外，二甲基柚皮素还能够诱导癌细胞的凋亡和细胞G2/M期阻滞、抑制癌细胞迁移和增殖，进而减少癌细胞的存活、生长和转移，达到有效预防和治疗癌症的作用。因此，二甲基柚皮素能够为治疗癌症提供了新的天然化合物以及新的思路。
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公开(公告)号：CN110393718B
公开(公告)日：2022-10-04
申请号：CN201910766550.7
申请日：2019-08-20
Applicant: 青岛海洋生物医药研究院 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
IPC: A61K31/5377 , A61P35/00 , C12Q1/66 , C12Q1/6851 , G01N15/14 , G01N21/31 , G01N33/50
Abstract: 阿托帕沙溴酸作为新型JAK‑STAT3信号通路抑制剂的用途，可用于抑制STAT3活性和STAT3下游基因表达来控制细胞增殖；对细胞因子诱导的STAT3活化和JAKs自磷酸化具有抑制作用；计算机分子模拟可结合于STAT3的SH2结构域，与JAK激酶JH1结构域有很高亲和力；可水平抑制肿瘤细胞生长。阿托帕沙溴酸作为新型JAK‑STAT3信号通路抑制剂的研究方法，包括如下步骤：细胞培养；蛋白提取；Western‑Blot；RNA提取；RT‑PCR及荧光定量PCR；荧光素酶活性分析；细胞活性分析；流式细胞术检测细胞周期；流式细胞术检测细胞凋亡；裸鼠移植瘤实验；计算机分子动力学模拟对接分析；数据计算及处理。本发明为进一步细胞周期检测和后续新型小分子药物研发奠定了基础。
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公开(公告)号：CN112587522A
公开(公告)日：2021-04-02
申请号：CN202011398006.0
申请日：2020-12-03
Applicant: 中国海洋大学 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司
IPC: A61K31/404 , A61P11/00 , A61P31/14
Abstract: 本发明公开了替加色罗在制备用于预防或治疗冠状病毒感染的药物中的应用。所述替加色罗的分子式为C16H23N5O，能够抑制新型冠状病毒PLpro蛋白的活性，且在50μmol/L浓度下的抑制率高达100％，半数抑制浓度IC50＜15μmol/L。本发明经过实验验证替加色罗对多种细胞无毒性作用，能够用于制备预防或治疗新型冠状病毒感染中的药物组合物，且安全可靠。本发明新型冠状病毒的预防或治疗提供了新的化合物以及新的思路。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115724833A
公开(公告)日：2023-03-03
申请号：CN202211402059.4
申请日：2022-11-09
Applicant: 中国海洋大学 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院
IPC: C07D413/04 , C07D471/04 , A61K31/4245 , A61K31/437 , A61P31/04
Abstract: 本发明公开了一种NAT抑制剂及其应用。本发明对来自海洋创伤弧菌的NAT抑制剂进行虚拟筛选，获得了NAT抑制剂，具体为化合物AK‑968‑11563024或化合物AG‑205‑36710025，这是首个以(VIBVN)NAT为靶点的抑制剂。本发明并通过实验证明，两个种化合物AK‑968‑11563024和AG‑205‑36710025对于(VIBVN)NAT催化乙酰辅酶A的乙酰基转移到4‑乙酰水杨酸具有良好的抑制作用，其中化合物AK‑968‑11563024的IC50达到了16.15μM，因此，所述NAT抑制剂在以(VIBVN)NAT为靶点的药物开发领域具有良好的应用价值和前景。
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公开(公告)号：CN112587522B
公开(公告)日：2022-11-25
申请号：CN202011398006.0
申请日：2020-12-03
Applicant: 中国海洋大学 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司
IPC: A61K31/404 , A61P11/00 , A61P31/14
Abstract: 本发明公开了替加色罗在制备用于预防或治疗冠状病毒感染的药物中的应用。所述替加色罗的分子式为C16H23N5O，能够抑制新型冠状病毒PLpro蛋白的活性，且在50μmol/L浓度下的抑制率高达100％，半数抑制浓度IC50＜15μmol/L。本发明经过实验验证替加色罗对多种细胞无毒性作用，能够用于制备预防或治疗新型冠状病毒感染中的药物组合物，且安全可靠。本发明新型冠状病毒的预防或治疗提供了新的化合物以及新的思路。
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公开(公告)号：CN112402402A
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN202011310476.7
申请日：2020-11-20
Applicant: 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司
Abstract: 本发明提出了一种黄腐酚在制备新型冠状病毒抑制剂中的应用。本发明以新型冠状病毒引发肺部炎症的Mpro蛋白酶为靶点，通过基于结构的虚拟筛选得到了具有与Mpro蛋白酶结合能力强的抗病毒的活性化合物——黄腐酚。黄腐酚通过与靶点Mpro蛋白酶结合，抑制Mpro蛋白酶活性，从而抑制病毒的复制和转录，达到抗击新型冠状病毒感染的效应。黄腐酚可以在制备新型冠状病毒Mpro蛋白酶抑制剂中进行应用，从而在制备预防和/或治疗新型冠状病毒炎症的药物中进行应用。本发明的黄腐酚与Mpro蛋白酶的结合能是：‑63.427KJ/mol，对Mpro蛋白酶的IC50为4.97±1.79μM，抑制常数Ki值为2.14μM。
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公开(公告)号：CN110459263A
公开(公告)日：2019-11-15
申请号：CN201910569102.8
申请日：2019-06-27
Applicant: 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 中国海洋大学
IPC: G16B15/30
Abstract: 本发明公开了一种基于BFGS算法的计算机药物筛选方法。本发明包括以下步骤：1)建立数据库，由30000-40000个海洋小分子的数据集群，循环遍历匹配，形成相似度为0-1的小分子库；2)数据库预处理，删除步骤1)中所得的小分子库中相似度为1的小分子构象；3)分子对接，将配体置于受体的活性位置点处，使多个配体与一个受体进行分子对接；4)构象搜索，使用BFGS算法进行构象搜索，当新生成的构象与初始构象相同或者两者预设差值不超过0.0001时，停止构象的搜索。本发明通过优化算法使其缩短寻找配体与受体结合在受体活性位点处的低能构象的时间，增加了小分子数据库的基于该方法的虚拟筛选的效果和效率。
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公开(公告)号：CN116189808A
公开(公告)日：2023-05-30
申请号：CN202310059884.7
申请日：2023-01-17
Applicant: 中国海洋大学 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院
Abstract: 本发明公开了一种hURAT1抑制剂的筛选方法、筛选的化合物及其应用。通过计算机辅助药物设计构建hURAT1抑制剂筛选模型，选定药效团和筛选化合物库，并通过细胞生物学试验筛选，获得hURAT1抑制剂的候选化合物。本发明筛选方法共从703个化合物中筛选出10个候选化合物，其中7项为已知化合物，3个未知化合物，为NP023335、TN1148和TN1008，所获得的化合物能够有效抑制肾脏重吸收尿酸，并具有高溶解度、低心脏毒性、良好的膜通透性和口服吸收的特点，为寻找治疗高尿酸血症的药物提供新的思路。
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