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公开(公告)号：CN110767266B
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN201911064826.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
Abstract: 本发明的基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法，包括：a).构建ErbB靶向蛋白数据，对于ErbB包含的4个受体酪氨酸激酶ErbB‑1、ErbB‑2、ErbB‑3和ErbB‑4均构建靶向蛋白数据集；b).扩大数据集规模，采用原始构象、旋转构象、优化构象的方法扩大数据集规模；c).构建ErbB靶向蛋白家族机器学习打分函数模型；d).模型的训练和评估。本发明的打分函数构建方法，建了一个ErbB蛋白家族机器学习分子亲和力评估数据集，为ErbB蛋白家族的机器学习任务奠定了数据基础；通过GCN技术突破了经典打分函数的瓶颈，提高了打分函数的性能，解决了机器学习打分函数通用模型准确率低的问题。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110767266A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201911064826.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
Abstract: 本发明的基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法，包括：a).构建ErbB靶向蛋白数据，对于ErbB包含的4个受体酪氨酸激酶ErbB-1、ErbB-2、ErbB-3和ErbB-4均构建靶向蛋白数据集；b).扩大数据集规模，采用原始构象、旋转构象、优化构象的方法扩大数据集规模；c).构建ErbB靶向蛋白家族机器学习打分函数模型；d).模型的训练和评估。本发明的打分函数构建方法，建了一个ErbB蛋白家族机器学习分子亲和力评估数据集，为ErbB蛋白家族的机器学习任务奠定了数据基础；通过GCN技术突破了经典打分函数的瓶颈，提高了打分函数的性能，解决了机器学习打分函数通用模型准确率低的问题。
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公开(公告)号：CN112294793A
公开(公告)日：2021-02-02
申请号：CN202011135777.0
申请日：2020-10-21
Applicant: 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
IPC: A61K31/277 , A61P11/00 , A61P31/14
Abstract: 本发明公开了氯生太尔或其药学上可接受的盐在制备用于预防和/或治疗冠状病毒感染的药物中的应用。所述氯生太尔能够与新型冠状病毒在内的冠状病毒蛋白靶点主蛋白酶Mpro结合，能够抑制Mpro蛋白酶活性。本发明所述氯生太尔或其药学上可接受的盐可制备用于预防或治疗冠状病毒感染中的药物，在使用时，所述氯生太尔或其药学上可接受的盐能够单独使用，或者与药学上可接受的化合物、载体或辅料相配合制成胶囊、片剂、丸剂、颗粒剂、冲剂、注射药剂或喷剂使用。本发明为冠状病毒的预防或治疗提供了新的化合物以及新的思路。
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公开(公告)号：CN114625374A
公开(公告)日：2022-06-14
申请号：CN202210248764.7
申请日：2022-03-14
Applicant: 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
Abstract: 本申请公开了一种CUDA‑C向ATHREAD‑C的转换方法及装置。所述CUDA‑C向ATHREAD‑C的转换方法包括：获取CUDA内核代码；获取预设转换方法；通过ANTLR语言翻译工具，自动生成CUDA代码的抽象语法树；根据所述抽象语法树以及预设转换方法生成ATHREAD代码。本申请公开的CUDA‑C向ATHREAD‑C的转换方法构建了异构加速器的硬件对应关系，并在此基础上设计了基于编译器前端的软件自动转换架构，完全继承了CUDA‑C的并行算法结构，无需在国产超算上重新设计并行算法，保证了移植后数据的准确性和软件的可扩展性，硬件上的近似性对应以及与之相匹配的内存使用原则使得转换后的代码性能得到基本保证。
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公开(公告)号：CN112294793B
公开(公告)日：2022-03-22
申请号：CN202011135777.0
申请日：2020-10-21
Applicant: 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司 , 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心
IPC: A61K31/277 , A61P11/00 , A61P31/14
Abstract: 本发明公开了氯生太尔或其药学上可接受的盐在制备用于预防和/或治疗冠状病毒感染的药物中的应用。所述氯生太尔能够与新型冠状病毒在内的冠状病毒蛋白靶点主蛋白酶Mpro结合，能够抑制Mpro蛋白酶活性。本发明所述氯生太尔或其药学上可接受的盐可制备用于预防或治疗冠状病毒感染中的药物，在使用时，所述氯生太尔或其药学上可接受的盐能够单独使用，或者与药学上可接受的化合物、载体或辅料相配合制成胶囊、片剂、丸剂、颗粒剂、冲剂、注射药剂或喷剂使用。本发明为冠状病毒的预防或治疗提供了新的化合物以及新的思路。
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公开(公告)号：CN112402402A
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN202011310476.7
申请日：2020-11-20
Applicant: 青岛海洋科学与技术国家实验室发展中心 , 青岛海洋生物医药研究院股份有限公司
Abstract: 本发明提出了一种黄腐酚在制备新型冠状病毒抑制剂中的应用。本发明以新型冠状病毒引发肺部炎症的Mpro蛋白酶为靶点，通过基于结构的虚拟筛选得到了具有与Mpro蛋白酶结合能力强的抗病毒的活性化合物——黄腐酚。黄腐酚通过与靶点Mpro蛋白酶结合，抑制Mpro蛋白酶活性，从而抑制病毒的复制和转录，达到抗击新型冠状病毒感染的效应。黄腐酚可以在制备新型冠状病毒Mpro蛋白酶抑制剂中进行应用，从而在制备预防和/或治疗新型冠状病毒炎症的药物中进行应用。本发明的黄腐酚与Mpro蛋白酶的结合能是：‑63.427KJ/mol，对Mpro蛋白酶的IC50为4.97±1.79μM，抑制常数Ki值为2.14μM。
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