一种可编程表观遗传修饰的DNA分子探针制备方法和装置

    公开(公告)号:CN119061115A

    公开(公告)日:2024-12-03

    申请号:CN202310627933.2

    申请日:2023-05-30

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明提供一种可编程表观遗传修饰的DNA分子探针制备方法和装置,包括:获取单链DNA并按照预定顺序分为不同区域,每个区域预先分配一个至多个表观遗传修饰位点;基于单链DNA不同区域的修饰分布信息,引入与各个区域互补的DNA短链,DNA短链内携带有表观遗传修饰信息;DNA短链与单链DNA杂交形成杂交体;根据DNA短链上的表观遗传修饰信息,选用对应的生物酶,对杂交体进行表观遗传修饰化学基团链转移反应,得到可编程表观遗传修饰的DNA分子探针。本发明利用探针序列的可编程性和纳米材料种类多样性,按需要设计不同结构的DNA探针和选择不同类型的纳米材料合成功能化的纳米探针,以研究基因在不同位置被修饰后基因表达水平的改变,在生物领域具有较大应用前景。

    合成生物学功能元件的挖掘方法、装置、设备及存储介质

    公开(公告)号:CN117672375A

    公开(公告)日:2024-03-08

    申请号:CN202311435775.7

    申请日:2023-10-31

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明提供一种合成生物学元件挖掘方法、装置、电子设备及存储介质,通过根据用户输入的功能描述信息筛选出与所述功能相关的文献;从与功能相关的文献提取基因实体、物种实体和功能实体,以及基因和功能之间的关系;将基因实体、物种实体和功能实体,以及基因和功能之间的关系与生物数据库中存储的结构化生物数据结合,获取与功能相关的知识;对与功能相关的知识进行筛选,获取用户所需的候选生物元件信息;将文本挖掘出的非结构化数据与生物医药领域数据库中结构化数据的有机融合,在基因、功能和知识结构三个层面进行交叉验证,实现了元件的通用化、智能化、自动化挖掘,是合成生物学丰富元件库、提高元件多样性的渠道。

    DNA分子序列的信息存储方法、装置、电子设备和存储介质

    公开(公告)号:CN115985398A

    公开(公告)日:2023-04-18

    申请号:CN202211677721.7

    申请日:2022-12-26

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明提供一种DNA分子序列的信息存储方法、装置、电子设备和存储介质,其中方法包括:对目标数据进行编码,并在编码得到的序列中添加引导碱基进行序列锚定,得到待处理序列;对待处理序列进行切分,得到对应的若干子序列,并对若干子序列中的每一个子序列进行序列扩展,得到每一个子序列对应的序列集合;对序列集合进行筛选,得到若干子序列中每一个子序列对应的标准子序列;基于标准子序列进行序列组合,得到目标数据对应的目标DNA序列,并将目标DNA序列合成为DNA分子。使得在进行长读长测序即单分子测序时,能够准确的对错误序列进行纠正,提高了DNA分子中信息读取的稳定性。

    一种基于化学分子基团转移的DNA存储方法及系统

    公开(公告)号:CN119068990A

    公开(公告)日:2024-12-03

    申请号:CN202310632028.6

    申请日:2023-05-30

    Applicant: 北京大学

    Abstract: 本发明提供一种基于化学分子基团转移的DNA存储方法及系统,方法包括:获取待存储数据,并将待存储数据转换成二进制数据;基于二进制数据,得到DNA长链上的修饰位点的分布信息;基于DNA长链上的修饰位点的分布信息,引入与DNA长链上的修饰位点所在的DNA区间序列所互补的功能化DNA短链,该功能化DNA短链内含有一个结合有化学修饰基团的特定化学分子;功能化DNA短链与DNA长链杂交生成杂交复合体;在杂交复合体中,DNA短链内特定化学分子上的化学基团向长链DNA的对侧分子上转移,发生化学基团转移反应。本发明利用化学基团信息取代核酸编码信息,丰富了核酸存储的内容和形式,实现并行信息处理,提高DNA存储效率,为建立新型DNA存储构架奠定基础。

    一种基于核酸特异修饰的DNA存储方法及装置

    公开(公告)号:CN117789834A

    公开(公告)日:2024-03-29

    申请号:CN202211153603.6

    申请日:2022-09-21

    Applicant: 北京大学

    Inventor: 张成 钱珑 欧阳颀

    Abstract: 本发明提供一种基于核酸特异修饰的DNA存储方法及装置,方法包括:获取待存储数据,并将待存储数据转换成二进制数据;基于二进制数据,得到DNA长链上的修饰分布信息,其中,DNA长链为具有特定碱基序列的单链DNA;基于DNA长链上的修饰分布信息,引入与DNA长链上的潜在修饰位点所在的DNA区间序列互补的DNA短链,DNA短链与DNA长链杂交后生成DNA杂交复合体;基于DNA短链的类型,选用对应的生物酶,对DNA杂交复合体进行核酸特异修饰反应。本发明利用核酸特异修饰来代替核酸编码,降低了核酸存储的成本、简化了数据写入流程、支持后续对核酸存储信息读取精度的提升。

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