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公开(公告)号:CN118006584A
公开(公告)日:2024-05-10
申请号:CN202410030064.X
申请日:2024-01-08
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12N15/55 , C12N15/113 , C12N15/85 , C12Q1/6816
Abstract: 本发明公开了CRISPR基因座完全缺失Cas1、Cas2和Cas4的可编程核酸酶及其应用,涉及生物技术领域。本发明提供了一类新型Cas12a核酸酶,它们的PAM识别范围比传统的核酸酶更大,可以识别多种基因的靶点。利用本发明所述的新核酸酶在编辑核酸片段时,可以克服传统的Cas12a的不足,提高细胞的基因编辑效率。且在Mn2+离子条件下,新型核酸酶的旁切活性得到快速激活,在核酸检测中可显著提高检测时的信号强度从而减少检测时间、提高检测效率。这些优势使得本发明更加适用于范围更广的核酸片段编辑与检测,为其在基因编辑和检测应用中奠定了基础。
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公开(公告)号:CN116179513A
公开(公告)日:2023-05-30
申请号:CN202310258665.1
申请日:2023-03-10
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12N15/55 , C12N15/113
Abstract: 本发明公开了一种Cpf1蛋白及其在基因编辑中的应用,涉及生物技术领域。本发明提供了一种新型Cas12a核酸酶,命名为Cas12a‑68蛋白酶,它的PAM识别范围比传统的核酸酶更大,可以识别多种基因的靶点。利用本发明所述的新核酸酶在编辑核酸片段时,可以克服传统的Cas12a的不足,提高PAM的识别范围。这些优势使得本发明更加适用于范围更广的核酸片段编辑,在基因编辑应用中奠定了基础。
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公开(公告)号:CN117033735B
公开(公告)日:2024-01-16
申请号:CN202311286697.9
申请日:2023-10-08
Applicant: 之江实验室
IPC: G06F16/907 , G16B50/00 , G06F16/25
Abstract: 本申请涉及一种基因数据检索方法、装置、计算机设备以及存储介质。基因数据检索方法包括:获取用户输入的待检索基因信息;根据待检索基因信息在基因检索条目中,匹配目标基因条目;获取用户基于目标基因条目输入的选择指令;根据选择指令以及目标基因条目,在基因关联数据库提取相应的基因关联数据。本申请根据待检索基因信息、匹配的目标基因条目以及用户输入的选择指令,能够准确地从基于关联数据库中提取出与待检索基因信息对应的基因关联数据,提高了基因数据检索的准确性。
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公开(公告)号:CN116863996A
公开(公告)日:2023-10-10
申请号:CN202310724842.0
申请日:2023-06-19
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种推荐塑料降解酶突变位点的方法、电子设备、介质,包括:步骤S1,获取待预测塑料降解酶的氨基酸序列及其底物;预测底物与塑料降解酶的相互作用区域;设置阈值距离,以底物分子或塑料降解酶活性位点为基准阈值距离内的塑料降解酶氨基酸作为候选氨基酸突变位点;步骤S2,获取待预测塑料降解酶的空间结构,以氨基酸为节点,氨基酸之间的连接为边,经几何向量感知机预测输出每个候选氨基酸突变位点对应的i种氨基酸的预测概率,将概率最高的氨基酸作为该候选氨基酸突变位点可推荐的氨基酸;比较每个候选氨基酸突变位点的预测结果,当预测结果与原氨基酸序列不一致时,将该候选氨基酸突变位点作为推荐的塑料降解酶突变位点。
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公开(公告)号:CN115954048B
公开(公告)日:2023-06-16
申请号:CN202310004646.6
申请日:2023-01-03
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本说明书公开了一种针对CRISPR‑Cas系统的筛选方法及装置,可以获取CRISPR‑Cas系统的相关信息以及对应的标注信息,CRISPR‑Cas系统对应的标注信息用于表示该CRISPR‑Cas系统是否具有自处理能力;而后,可以根据该相关信息,确定CRISPR‑Cas系统中的保守重复序列,并根据保守重复序列,确定该CRISPR‑Cas系统对应的基因特征,进而对预测模型进行训练,训练后的预测模型可以用于筛选出用于基因编辑工具开发的目标CRISPR‑Cas系统,本方法通过自动筛选出一批存在较大概率具有自处理能力的CRISPR‑Cas系统,能够提高基因编辑工具的开发的效率。
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公开(公告)号:CN116179511A
公开(公告)日:2023-05-30
申请号:CN202310247428.5
申请日:2023-03-10
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12Q1/6818
Abstract: 本发明公开了Cpf1蛋白在制备用于核酸检测的试剂盒中的应用,涉及生物技术领域。利用本发明所述的新核酸酶在检测核酸片段时,可以克服传统的Cas12a的不足,提高PAM的识别范围,加快反应的速度,显著提高检测时的信号强度从而减少检测时间、提高检测效率,且灵敏度高、特异性高、准确性高、检测可视化(可在荧光灯下肉眼直接可视检测)、成本低、无需复杂大型实验设备、操作简便。这些优势使得本发明的检测方法更加适用于基层实验和临床一线的快速检测和鉴定诊断。
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公开(公告)号:CN115312122B
公开(公告)日:2022-12-16
申请号:CN202211245583.5
申请日:2022-10-12
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种CRISPR‑Cas酶可突变位点推荐方法和装置,该方法分三个层次推荐蛋白突变位点:1)基于蛋白质碱性氨基酸比例推荐单突变位点;2)基于蛋白3D结构空间距离推荐双突变位点;3)基于空间距离聚类推荐多突变位点。本发明在蛋白质序列同源比对的基础上,利用同源蛋白的碱性氨基酸比例、蛋白质3D结构空间距离等信息预测、排序、推荐可突变位点,相较于传统的定向进化技术实现了可突变位点的高效筛选,降低了寻找可突变位点的湿实验成本,其实现方法简单灵活、使用推荐的位点进行突变得到的Cas酶活性显著增强。这些优势使得基于本发明的CRISPR‑Cas酶活性增强工具在基因功能研究、致病位点修复等多种领域具有较高的应用价值。
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公开(公告)号:CN116179511B
公开(公告)日:2023-12-22
申请号:CN202310247428.5
申请日:2023-03-10
Applicant: 之江实验室
IPC: C12N9/22 , C12Q1/6818
Abstract: 本发明公开了Cpf1蛋白在制备用于核酸检测的试剂盒中的应用,涉及生物技术领域。利用本发明所述的新核酸酶在检测核酸片段时,可以克服传统的Cas12a的不足,提高PAM的识别范围,加快反应的速度,显著提高检测时的信号强度从而减少检测时间、提高检测效率,且灵敏度高、特异性高、准确性高、检测可视化(可在荧光灯下肉眼直接可视检测)、成本低、无需复杂大型实验设备、操作简便。这些优势使得本发明的检测方法更加适用于基层实验和临床一线的快速检测和鉴定诊断。
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公开(公告)号:CN117174162A
公开(公告)日:2023-12-05
申请号:CN202311155995.4
申请日:2023-09-07
Applicant: 之江实验室
IPC: G16B15/00 , G16B30/00 , G16B40/00 , G06N3/0464 , G06N3/048 , G06N3/0455 , G06N3/09
Abstract: 在本说明书提供的一种预测蛋白质距离图的方法、存储介质及电子设备中,确认蛋白质残基序列,生成第一注意力图。通过三角注意力模块,对满足三角形不等式的残基进行加权,确定第二注意力图。以及通过残基混合模块,对具有指定结构关系的残基进行局部特征加权。最后使用还原模块,将残基混合模块输出与第一注意力图叠加突出对比效果,通过回归预测图的尺寸变换输出距离图。通过确定出满足三角形约束的残基并突出指定二维结构以及超二维结构的距离图,解决了单独对蛋白质残基距离预测存在预测结果失效的问题,从而提高蛋白质合成的效率。
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公开(公告)号:CN117033735A
公开(公告)日:2023-11-10
申请号:CN202311286697.9
申请日:2023-10-08
Applicant: 之江实验室
IPC: G06F16/907 , G16B50/00 , G06F16/25
Abstract: 本申请涉及一种基因数据检索方法、装置、计算机设备以及存储介质。基因数据检索方法包括:获取用户输入的待检索基因信息;根据待检索基因信息在基因检索条目中,匹配目标基因条目;获取用户基于目标基因条目输入的选择指令;根据选择指令以及目标基因条目,在基因关联数据库提取相应的基因关联数据。本申请根据待检索基因信息、匹配的目标基因条目以及用户输入的选择指令,能够准确地从基于关联数据库中提取出与待检索基因信息对应的基因关联数据,提高了基因数据检索的准确性。
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