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公开(公告)号：CN119776999A
公开(公告)日：2025-04-08
申请号：CN202311278086.X
申请日：2023-10-07
Applicant: 中国人民解放军海军军医大学第三附属医院 , 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: C40B50/06 , C12Q1/6886 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供一种胆汁cfDNA的文库构建方法，包括以下步骤：对抽提的胆汁cfDNA进行超声打断，得到胆汁cfDNA片段，所述超声打断的打断功率为50‑60W，打断时间为80‑100s；对胆汁cfDNA片段，依次进行末端修复和加尾、接头连接及纯化、片段筛选、文库扩增及纯化，构建得到胆汁cfDNA文库。本发明通过检测胆汁cfDNA总量和胆汁cfDNA片段分布，确定胆汁cfDNA片段打断条件后构建文库体系，随后利用LP‑WGS结合生物信息分析检测BTC患者的胆汁cfDNA的全基因组拷贝数变异并进行分析注释，对生物标志物的发现、恶性胆道肿瘤患者的早期诊断和预后监测相关研究提供可靠的技术手段。
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公开(公告)号：CN117316281A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202210704954.5
申请日：2022-06-21
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/10 , G16B40/00 , G16B20/50 , C12Q1/6886 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种基于cfDNA在TSS附近测序覆盖深度特征的癌症无创早筛方法及系统。该方法通过较低深度的全基因测序方式对肿瘤来源cfDNA与健康个体来源的cfDNA在TSS附近的测序数据覆盖深度模式差异统计，建立癌症的早期筛查模型，实现对癌症的无创早筛。定义TSS上下游500bp[‑250bp,250bp]的区域为中心区域，TSS上游[‑2000bp,‑1000bp]和下游[1000bp,2000bp]为周围区域；一个基因的NF值为中心区域的平均覆盖度除以周围区域的平均覆盖度。本发明采用低深度的全基因组测序方式，大幅降低成本，并且可以在癌症较早期检测到早于cfDNA突变的片段异常变化，此方法较检测cfDNA突变信息来说更加灵敏。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117316278A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202210704961.5
申请日：2022-06-21
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/00 , G16B40/00 , G16B20/00 , C12Q1/6869 , C12Q1/6886
Abstract: 本发明公开了一种基于cfDNA片段长度分布特征的癌症无创早筛方法及系统。该方法通过较低深度的全基因测序方式对肿瘤来源cfDNA与健康个体来源cfDNA的片段长度分布特征差异统计，建立癌症的早期筛查模型，实现对癌症的无创早筛。本发明方案聚焦血液cfDNA片段大小这一特征来区分ctDNA和非肿瘤来源的cfDNA，不依赖于致癌基因或者抑癌基因的突变检测，排除了克隆性造血突变引起的干扰；其次，本发明实施例数据表明，采用血液cfDNA片段大小特征可以区分健康人和早期肿瘤患者；最后，由于采用低深度全基因测序技术，本发明方案涉及检测费用大幅下降，有利于未来在恶性肿瘤早筛领域的应用。
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公开(公告)号：CN119741967A
公开(公告)日：2025-04-01
申请号：CN202311693405.3
申请日：2023-12-11
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于cfDNA差异统计的癌症早筛模型的构建方法及装置。所述癌症早筛模型的构建方法包括：通过较低深度的全基因测序方式对肿瘤来源cfDNA与健康个体来源的cfDNA进行差异统计，建立癌症的早期筛查模型，实现对癌症的无创早筛；所述差异统计包括cfDNA片段大小特征差异统计、cfDNA在断裂位置上下游连续3组3bp碱基组合类别分布频率变化趋势差异统计和cfDNA在TSS附近的测序数据覆盖深度模式差异统计。本发明方法以微创、早诊灵敏度高和可动态监测等优点，克服了cfDNA基因突变检测在肿瘤早期阶段的局限，避免了因肿瘤异质性带来的信息滞后或缺失。
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公开(公告)号：CN117316280B
公开(公告)日：2025-03-21
申请号：CN202210704951.1
申请日：2022-06-21
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/10 , G16B40/00 , G16B20/50 , C12Q1/6886 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种基于cfDNA末端序列特征的癌症无创早筛方法及系统。该方法通过较低深度的全基因测序方式对肿瘤来源cfDNA与健康个体来源的cfDNA在断裂位置上下游连续3组3bp碱基组合类别分布频率变化趋势进行差异统计，建立癌症的早期筛查模型，实现对癌症的无创早筛。本发明以5’末端位置连续9位以3个碱基为单位的组合DNA基序组合种类的分布绘制整体的图谱，并以频率作为训练特征在所研究队列中建立用于胆胰肿瘤的早期诊断模型，并评估模型的效能。此方法采用更精准的分析血液中肿瘤DNA方法以寻找肿瘤早诊的线索，为临床精准应用提供更为坚实可靠的数据支撑。
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公开(公告)号：CN119639890A
公开(公告)日：2025-03-18
申请号：CN202410587270.0
申请日：2024-05-13
Applicant: 天津市肿瘤医院空港医院 , 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G16H70/40 , G16B40/00
Abstract: 本发明公开了用于预测肺鳞癌免疫联合化疗疗效的生物标志物及其应用。所述生物标志物包括hsa‑miR‑610、hsa‑miR‑4536‑5p、hsa‑miR‑204‑5p、hsa‑miR‑5196‑3p、hsa‑miR‑6513‑5p或hsa‑miR‑143‑3p中任意一种或至少两种的组合。本发明通过小RNA测序分析晚期肺鳞癌对免疫联合化疗的预后良好组与预后不良组患者中血浆外泌体miRNA的表达差异并建模，筛选可用于肺鳞癌免疫联合化疗疗效预测及获益人群筛选的生物标志物，同时验证该组合模型的预测效能，针对如何更便捷更准确的区分免疫联合化疗获益人群和获益不足人群提供无创检测解决方案。
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公开(公告)号：CN117316280A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202210704951.1
申请日：2022-06-21
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/10 , G16B40/00 , G16B20/50 , C12Q1/6886 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种基于cfDNA末端序列特征的癌症无创早筛方法及系统。该方法通过较低深度的全基因测序方式对肿瘤来源cfDNA与健康个体来源的cfDNA在断裂位置上下游连续3组3bp碱基组合类别分布频率变化趋势进行差异统计，建立癌症的早期筛查模型，实现对癌症的无创早筛。本发明以5’末端位置连续9位以3个碱基为单位的组合DNA基序组合种类的分布绘制整体的图谱，并以频率作为训练特征在所研究队列中建立用于胆胰肿瘤的早期诊断模型，并评估模型的效能。此方法采用更精准的分析血液中肿瘤DNA方法以寻找肿瘤早诊的线索，为临床精准应用提供更为坚实可靠的数据支撑。
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