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公开(公告)号：CN106202990A
公开(公告)日：2016-12-07
申请号：CN201610543994.0
申请日：2016-07-11
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种环状RNA的高通量芯片处理及分析流程控制方法，首先由系统生成自定义参数配置文件，再根据用户设定参数后的自定义参数文件和高通量芯片数据处理流程模块生成与数据流程对应的批处理可执行文件；由系统执行批处理可执行文件，实现数据流程自动化，最终生成结果报告文件。从而能高效的帮助生物信息分析人员完成一套标准化的高通量数据分析流程，甚至可以让不懂高通量数据分析的科研人员自己完成高通量数据分析。从而可以达到优化科研人员的工作效率，降低科研成本的目的。本发明不仅提出了可靠且多样的环状RNA分析方法，也可用于长链非编码RNA等高通量数据分析流程，且在不同种属领域通用，其实现方法简单，应用范围广泛。
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公开(公告)号：CN110415764A
公开(公告)日：2019-11-05
申请号：CN201910675977.6
申请日：2019-07-25
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用。基于TANRIC公共数据资源的直肠癌LncRNA测序数据，运用多样的生物信息学分析手段，对LncRNA表达数据进行分析处理，识别与直肠癌相关的LncRNA，对LncRNA相关ceRNA机制探究，最终形成LncRNA-miRNA-mRNA-疾病互作图。本发明采用丰富多样的生物信息学手段，整合数据资源，建立一套完整的分析流程，可有效发现直肠癌相关LncRNA分子通过ceRNA机制发挥其生物效应，在此过程中利用了公共数据库高通量数据，降低科研成本，提高分析效率。本发明可发现多个风险LncRNA，对复杂疾病的生物靶向治疗、基因功能预测、ceRNA机制探究及基因生物效应与预后评估都有重要意义，可广泛应用于生物学研究工作中，也可用于临床相关应用。
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公开(公告)号：CN106845104A
公开(公告)日：2017-06-13
申请号：CN201710037974.0
申请日：2017-01-19
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种利用TCGA数据库资源发现直肠癌相关microRNA分子标志物的方法及系统和应用。基于公共数据资源例如癌症基因组图谱TCGA数据库的直肠癌miRNA测序数据，合理运用开放性的大数据资源和多样的生物信息学分析手段，对miRNA表达数据进行分析处理，识别与直肠癌等复杂疾病相关的miRNA。包括：样本数据下载和整理；对miRNA表达数据的差异表达分析；将miRNA按照变化幅度排序；选定靶基因；对靶基因进行功能分析。本发明能解决不擅长整合现有网络资源、不熟悉miRNA相关的最常用数据库及前沿分析方法以及不能独立完成miRNA表达谱相关的生物信息学分析等问题。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106845104B
公开(公告)日：2019-04-09
申请号：CN201710037974.0
申请日：2017-01-19
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种利用TCGA数据库资源发现直肠癌相关microRNA分子标志物的方法及系统和应用。基于公共数据资源例如癌症基因组图谱TCGA数据库的直肠癌miRNA测序数据，合理运用开放性的大数据资源和多样的生物信息学分析手段，对miRNA表达数据进行分析处理，识别与直肠癌等复杂疾病相关的miRNA。包括：样本数据下载和整理；对miRNA表达数据的差异表达分析；将miRNA按照变化幅度排序；选定靶基因；对靶基因进行功能分析。本发明能解决不擅长整合现有网络资源、不熟悉miRNA相关的最常用数据库及前沿分析方法以及不能独立完成miRNA表达谱相关的生物信息学分析等问题。
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公开(公告)号：CN107066835A
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201710037973.6
申请日：2017-01-19
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明公开了一种利用公共数据资源发现并整合直肠癌相关基因及其功能分析的方法及系统和应用。基于公共数据资源，合理运用开放性的大数据资源和多样的生物信息学分析手段，对mRNA表达数据进行分析处理，识别与复杂疾病相关的重要基因及其功能。包括：样本数据下载和整理；对基因表达数据的分析；筛选差异表达基因；对基因进行功能分析和蛋白互作分析。本发明能解决不擅长整合现有网络资源、不熟悉mRNA相关的最常用数据库及前沿分析方法以及不能独立完成mRNA表达谱相关的生物信息学分析等问题。能发现与直肠癌等复杂疾病相关的多个风险通路和基因，对复杂疾病的生物靶向治疗、生物药物研制、致病机理阐述及风险预测都有重要意义。
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公开(公告)号：CN106228037A
公开(公告)日：2016-12-14
申请号：CN201610543009.6
申请日：2016-07-11
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/28
CPC classification number: G16B50/00
Abstract: 本发明公开了一种microRNA家族的高通量芯片处理及分析流程控制方法，其首先由系统生成自定义参数配置文件，再根据用户设定参数后的自定义参数文件和高通量芯片数据处理流程模块生成与数据流程对应的批处理可执行文件；由系统执行批处理可执行文件，实现数据流程自动化，最终生成结果报告文件。从而能高效的帮助生物信息分析人员完成一套标准化的高通量数据分析流程，甚至可以让非生物信息专业的科研人员独立完成高通量数据分析。达到优化科研人员的工作效率，降低科研成本的目的。本发明不仅提出了可靠且新颖的一种microRNA分析方法，且在不同种属领域通用，其实现方法简单，应用范围广泛。
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公开(公告)号：CN106202992A
公开(公告)日：2016-12-07
申请号：CN201610543008.1
申请日：2016-07-11
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种长链非编码RNA的高通量芯片处理及分析流程控制方法，首先由系统生成自定义参数配置文件，再根据用户设定参数后的自定义参数文件和高通量芯片数据处理流程模块，生成与数据流程对应的批处理可执行文件；由系统执行批处理可执行文件，实现数据流程自动化，最终生成结果报告文件。本发明能高效地帮助生物信息分析人员完成一套标准化的高通量数据分析流程，让非生物信息专业的科研人员独立完成高通量数据分析。达到优化科研人员的工作效率，降低科研成本的目的。本发明不仅提出了可靠的多种长链非编码RNA分析方法，也可用于其它类型的非编码RNA的高通量数据分析，且在不同种属领域通用，其实现方法简单，应用范围广泛。
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公开(公告)号：CN107066835B
公开(公告)日：2020-03-17
申请号：CN201710037973.6
申请日：2017-01-19
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种利用公共数据资源发现并整合直肠癌相关基因及其功能分析的方法及系统和应用。基于公共数据资源，合理运用开放性的大数据资源和多样的生物信息学分析手段，对mRNA表达数据进行分析处理，识别与复杂疾病相关的重要基因及其功能。包括：样本数据下载和整理；对基因表达数据的分析；筛选差异表达基因；对基因进行功能分析和蛋白互作分析。本发明能解决不擅长整合现有网络资源、不熟悉mRNA相关的最常用数据库及前沿分析方法以及不能独立完成mRNA表达谱相关的生物信息学分析等问题。能发现与直肠癌等复杂疾病相关的多个风险通路和基因，对复杂疾病的生物靶向治疗、生物药物研制、致病机理阐述及风险预测都有重要意义。
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