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公开(公告)号：CN109830263B
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN201910090892.1
申请日：2019-01-30
申请人： 东南大学
IPC分类号： G16B30/20
摘要： 本发明涉及一种基于寡核苷酸序列编码存储的DNA存储方法，以多种不同的碱基编码形式对不同的二进制字符串片段，实施寡核苷酸序列编码，每组二进制编码文件片段总可以找到一种满足合成、以及测序要求的寡核苷酸序列编码，大大简化了寡核苷酸编码二进制字符串片段、以及编码寡核苷酸转化成二进制字符串片段运算，实现高效编码与解码操作，可以最大限度的利用DNA分子的数据存储能力，同时简化二进制字符串片段的编码、以及编码寡核苷酸序列恢复到二进制字符串片段的运算；此外，在编码二进制字符片段中，每个碱基编码二进制的最大理论值2字节，可以减少寡核苷酸序列的数目或者长度，降低寡核苷酸合成与测序费用，拥有最大的信息存储量。
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公开(公告)号：CN106434866B
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201610592035.8
申请日：2016-07-25
申请人： 东南大学
发明人： 肖鹏峰
IPC分类号： C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种3’端可逆封闭的两核苷酸实时合成测序方法，单个测序反应由X、Y两个不同的3端修饰核苷酸同时进行；整个测序包括对同一模板进行的至少二组测序反应：每组测序由包含四个3端修饰核苷酸，按照每个核苷酸在一个循环中只使用一次的方式，进行由两个不同核苷酸同时合成测序反应的循环，若干次测序反应后得到由一组按照测序顺序排列的若干XY信息；当该组测序反应完成后，变性将测序引物延伸链清除，重新杂交测序引物，进行第二组测序反应，得到第二测序反应排列的若干XY信息，最后通过解码二组按照测序顺序排列的若干XY信息，组装出待测核酸片段的具体碱基序列。本发明可以消除现有实时合成测序对同聚物片段的测序错误。
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公开(公告)号：CN105678110B
公开(公告)日：2019-03-29
申请号：CN201610060973.3
申请日：2016-01-29
申请人： 东南大学
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明提供了一种基于样本组合分析核酸序列的方法。通过将需要分析的多个样本按照特定的组合方式分成若干组，并确保每个样本在不同的y组(y≧2)、且仅为y组中被分析y次，然后每个组按照一个分析样品实施对核酸序列分析，最后根据若干组样品的分析结果，组合判断具体样本的分析结果。该方法针对单个指标的特征核酸片段序列，且在多样本中只有极少数样本具有该特征核酸片段序列，其目的是利用组合方式，通过对远小于样本数的样品实施分析，确定具有该特征核酸片段序列的样本。该方法可以显著提高大样本的分析效率、大幅度降低分析成本。
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公开(公告)号：CN106701966A
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：CN201710042607.X
申请日：2017-01-20
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种基于分析PCR副产物焦磷酸的病原微生物快速检测方法，包括如下步骤：(1)检索病原微生物特征核酸序列片段；(2)针对该特征核酸序列片段，设计一对特异的PCR引物；(3)提取待检测样本微生物基因组，并用特异的PCR引物进行PCR扩增；(4)分析PCR扩增中焦磷酸；(5)根据分析结果判定PCR反应是否发生与发生的多少，确定样本中是否含有该病原微生物及其DNA浓度。本发明的方法可以准确的检测出样本中是否含有该病原微生物及其含量；该检测分析方法灵敏度高，检测快，操作流程简单，容易实施，能对大样本实施快速分析。
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公开(公告)号：CN105219865A
公开(公告)日：2016-01-06
申请号：CN201510698306.3
申请日：2015-10-22
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2561/101
摘要： 本发明公开了一种基于三色荧光标记的核酸测序方法。该方法将四类测序探针或核苷酸中三类用不同荧光染料标记、而另一类未做标记。每个DNA模板每次的测序信息通过比较三类标记染料的荧光强度、以及DNA模板定位的杂交荧光强度而获得。当三类荧光强度的数值有明显不同，且其中一类荧光强度数值分别高于另外两类荧光强度数值的3倍以上时，这个高的荧光即为测序信息；而当三类的荧光强度数值相差不大、且其强度低于DNA模板定位的杂交荧光强度的1/3时，未标记的探针或核苷酸即为测序信息。
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公开(公告)号：CN105132573A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201510623069.4
申请日：2015-09-25
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2563/131 , C12Q2563/143 , C12Q2565/301
摘要： 本发明公开了一种两核苷酸合成焦测序定量检测甲基化的方法，将基因组DNA经亚硫酸氢盐转化后的PCR产物进行两核苷酸合成焦测序，连续记录每个测序反应得到包括两核苷酸种类及其核苷酸合成数目的测序编码信息。通过设定已确定的目标区域序列中所有CG位点中碱基C均不同程度的转化成T，再利用两核苷酸合成焦测序得到的信息，进行关联分析，实现目标区域序列中甲基化的定量分析。本发明能够大幅度提高测序长度，拓宽了传统焦测序的分析范围，适合单样本PCR产物、以及混合样本PCR产物序列的甲基化分析。
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公开(公告)号：CN104894246A
公开(公告)日：2015-09-09
申请号：CN201510262137.9
申请日：2015-05-21
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种两核苷酸合成测序分析多模板PCR产物的方法。该方法对同一PCR产物均匀分成至少两份，进行两核苷酸合成测序，每个测序反应得到包括两核苷酸种类及其核苷酸合成数目的测序编码信息，选择三组中至少两组不同两核苷酸合成循环测序分别得到的至少两组编码信息进行解码，最后通过关联分析确定PCR产物的不同DNA模板含量。本发明拓宽了单核苷酸合成测序的分析范围，适合多模板PCR产物、以及混合样本PCR产物的序列分析，可以直接测定样本中各个DNA模板的比例，也可以用于从大规模样本中寻找、筛选核酸标志物。
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公开(公告)号：CN103740808A
公开(公告)日：2014-04-23
申请号：CN201310563819.4
申请日：2013-11-14
申请人： 东南大学
CPC分类号： C12Q1/6846 , C12Q2543/101 , C12Q2565/518 , C12Q2563/107
摘要： 本发明公开了一种用于食品病原微生物鉴定的单个核酸分子检测技术，检测步骤如下：（1）提取病原微生物基因组和基因组片段化；（2）设计和制备探针；（3）探针与基因组DNA片段进行杂交反应；（4）探针与杂交体固定于丙烯酰胺胶中，电泳去除未杂交上去的片段和未胶连上去的分子；（5）核酸分子固相原位扩增；（6）信号检测，判断病原菌是否存在。本发明采用单个核苷酸分子捕获、扩增与检测技术，实现了原病微生物快速高效检测的目的，具有十分重要的应用前景和使用价值。本发明不仅可用于微生物鉴定，还可用于实验室、生产和临床中某些含量较低，且具有重要分析或诊断意义的分子的检测。
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公开(公告)号：CN102634586A
公开(公告)日：2012-08-15
申请号：CN201210128597.9
申请日：2012-04-27
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2535/122
摘要： 一种两核苷酸实时合成DNA解码测序方法，单个测序反应由X、Y两个不同的核苷酸同时进行，依据合成核苷酸数目与实时产生的检测分子数的定量关系，得到一个碱基序列片段编码XYn。整个测序包括对同一模板进行二组测序反应：每组测序由包含四个核苷酸dATP、dCTP、dGTP、dTTP，按照每个核苷酸在一个循环中只使用一次的方式，进行由两个不同核苷酸同时合成测序反应的循环，若干次测序反应后得到由一组按照测序顺序排列的若干XYn信息；当该组测序反应完成后，变性将测序引物延伸链清除，重新杂交测序引物，进行第二组测序反应，得到第二测序反应排列的若干XYn信息，最后通过解码二组按照测序顺序排列的若干XYn信息，组装出待测核酸片段的具体碱基序列。
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公开(公告)号：CN101550448A
公开(公告)日：2009-10-07
申请号：CN200910026039.X
申请日：2009-03-13
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： 本发明的目的是提供一种含双硫代核苷寡核苷酸测序探针在测定DNA序列的应用，即一种不具有对映体结构的(即含双硫代)核苷测序探针，利用外切酶III对正常碱基间的磷酸二酯键具有的降解作用，而对双硫代修饰的磷酸二酯键具有不被切割的功能，实现测序反应中标记物的清除建立新的杂交－酶连接－酶切割的高通量测序技术，为全基因组DNA序列分析提供一种新方法，建立快速，准确，便宜的基因组序列测定技术，具有测定正确可靠，易于实现的优点。
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