公开(公告)号：CN114672495A

公开(公告)日：2022-06-28

申请号：CN202210359488.1

申请日：2022-04-06

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 刘桂丰 ,  方功桂 ,  张连飞 ,  唐杰 ,  于凌峰 ,  张庆祝 ,  郑志民 ,  李慧玉 ,  姜静

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/84 ,  C12N15/113 ,  C12N15/55 ,  C07K14/415 ,  A01H5/12 ,  A01H6/00

Abstract: 本发明公开了一种控制白桦裂叶性状的基因及其应用，涉及生物技术领域。该基因的cDNA核苷酸序列如SEQIDNO:3所示。本发明还提供一种该控制白桦裂叶性状的基因编码的蛋白，所述蛋白的氨基酸序列如SEQIDNO:4所示。本发明还提供一种包含该控制白桦裂叶性状的基因的表达载体。本发明还提供一种包含该表达载体的生物材料，所述生物材料为重组微生物、转基因植物细胞系、转基因植物组织或转基因植物。本发明提供的白桦BpAS2基因可以控制白桦的裂叶性状，利用BpAS2基因进行CRISPR/Cas9基因编辑，可以获得具有裂叶性状的白桦编辑株系。

公开(公告)号：CN118298925A

公开(公告)日：2024-07-05

申请号：CN202410490998.1

申请日：2024-04-23

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 孙善文 ,  乔白雪 ,  解雪莹 ,  李丹阳 ,  邹权 ,  汪国华 ,  张庆祝 ,  王江 ,  解莉楠

IPC: G16B40/00 ,  G16B10/00 ,  G16B20/00 ,  G16B30/00 ,  G06N3/0442 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/048 ,  G06N3/096

Abstract: 基于迁移学习的植物NLR‑无毒蛋白Avr对应关系识别方法，涉及蛋白质互作识别领域。本发明是为了解决由于现有NLR和无毒蛋白对应关系识别方法还存在识别成本高、单位时间内识别效率低导致NLR在抗性育种中应用受限的问题。本发明包括：利用已知对应关系的NLR‑Avr蛋白质序列对构建蛋白质序列对数据集，并将蛋白质序列对数据集划分为训练集和验证集；利用训练集训练Avr‑BAN模型，获得训练好的Avr‑BAN模型，利用验证集对训练好的Avr‑BAN模型验证，获得植物NLR‑待测无毒蛋白预测模型；将待测植物NLR和待测无毒蛋白输入到植物NLR‑待测无毒蛋白预测模型中，获得待测植物NLR和待测无毒蛋白的对应关系概率；本发明用于预测植物NLR和无毒蛋白Avr的对应关系。

公开(公告)号：CN114672495B

公开(公告)日：2022-08-26

申请号：CN202210359488.1

申请日：2022-04-06

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 刘桂丰 ,  方功桂 ,  张连飞 ,  唐杰 ,  于凌峰 ,  张庆祝 ,  郑志民 ,  李慧玉 ,  姜静

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/84 ,  C12N15/113 ,  C12N15/55 ,  C07K14/415 ,  A01H5/12 ,  A01H6/00

Abstract: 本发明公开了一种控制白桦裂叶性状的基因及其应用，涉及生物技术领域。该基因的cDNA核苷酸序列如SEQIDNO:3所示。本发明还提供一种该控制白桦裂叶性状的基因编码的蛋白，所述蛋白的氨基酸序列如SEQIDNO:4所示。本发明还提供一种包含该控制白桦裂叶性状的基因的表达载体。本发明还提供一种包含该表达载体的生物材料，所述生物材料为重组微生物、转基因植物细胞系、转基因植物组织或转基因植物。本发明提供的白桦BpAS2基因可以控制白桦的裂叶性状，利用BpAS2基因进行CRISPR/Cas9基因编辑，可以获得具有裂叶性状的白桦编辑株系。

公开(公告)号：CN116574731A

公开(公告)日：2023-08-11

申请号：CN202310533871.9

申请日：2023-05-12

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 郑志民 ,  程大伟 ,  张庆祝 ,  姜静 ,  刘桂丰 ,  曹乐生 ,  张中良 ,  娄伟平

IPC: C12N15/113 ,  C12N15/84 ,  C12N15/53 ,  A01H5/00 ,  A01H6/00

Abstract: 本发明公开了一种用于白桦CRIPSR/Cas9基因编辑的启动子及其应用，涉及基因工程技术领域。所述启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑9和SEQ ID NO.11‑16中任一项所示。本发明在白桦中鉴定了8个BpU6、7个BpU3和1个Bp7SL启动子，以表征它们在白桦CRISPR/Cas9基因编辑系统中的活性。使用本发明提出的白桦启动子可提高sgRNA的表达量，进而提高基因的编辑效率。除此之外，本发明还发现转基因T0代白桦可发生双等位突变和纯合突变。

公开(公告)号：CN114958826A

公开(公告)日：2022-08-30

申请号：CN202210396138.2

申请日：2022-04-15

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 王立山 ,  张旭 ,  郭亦乐 ,  王艳微 ,  孙善文 ,  王江 ,  解莉楠 ,  张庆祝

IPC: C12N15/10

Abstract: 一种成熟白桦叶片DNA的提取纯化方法，属于分子生物学技术领域。为了解决由于成熟白桦叶片中多糖、多酚及次级代谢物含量高，利用传统方法提取DNA获得的DNA质量低的问题，本发明先利用特定的提核缓冲液对细胞进行裂解提核，并通过CTAB提取液、氯仿和异戊醇进行DNA的抽提除杂，再用无水乙醇和乙酸钠进行DNA的纯化，从而获得了高质量的基因组DNA。采用本发明所述方法对成熟白桦叶片的DNA进行提取，获得的DNA纯度高，杂质低，保证了提取的DNA的质量，有利于酶切分析、PCR克隆和高通量测序文库等科学研究的进行。

公开(公告)号：CN116259363A

公开(公告)日：2023-06-13

申请号：CN202310255871.7

申请日：2023-03-16

Applicant: 东北林业大学

Inventor： 刘轩睿 ,  乔白雪 ,  孙善文 ,  汪国华 ,  邹权 ,  史婷婷 ,  解莉楠 ,  张庆祝 ,  王江 ,  李易奇 ,  谷家世 ,  幸家弘

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G06N3/0442 ,  G06N3/047 ,  G06N3/08 ,  G06N3/084

Abstract: 一种基于深度学习的植物抗旱基因的识别方法，为了解决现有的植物抗旱基因识别方法耗时长，成本大或过度依赖序列同源性，导致预测结果准确率低的问题。它包括以下步骤：首先获取不同植物的氨基酸序列及其对应的样本标签，样本标签为是否具有抗旱基因；将每条氨基酸序列分为多个长度为2的kmer，根据kmer提取每条氨基酸序列的特征；构建的BiLSTM‑Attention模型依次包括输入层、词嵌入层、特征提取层、注意力层和输出层，将每条氨基酸序列的特征输入BiLSTM‑Attention模型中进行训练，输出所述氨基酸序列是否具有抗旱基因。属于基因识别领域。