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公开(公告)号：CN115261495B
公开(公告)日：2024-11-22
申请号：CN202110486126.4
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海旺旺食品集团有限公司 , 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明公开了一种检测金黄色葡萄球菌的方法、检测系统及其应用。所述方法包括：识别金黄色葡萄球菌基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，降低核酸扩增技术中普遍非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展传统核酸扩增技术的应用范围，显著提升反应性能。
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公开(公告)号：CN111640508B
公开(公告)日：2023-08-01
申请号：CN202010469448.3
申请日：2020-05-28
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明涉及基因检测及生物信息学领域，公开了一种基于高通量测序数据和临床表型构建的状态评估模型在泛肿瘤靶向药敏感性状态评估中的应用，公开了基于转录组数据、外显子组/基因组数据和临床表型挖掘泛肿瘤靶向用药标志物的方法，设计了一套整合高通量测序数据和临床表型构建泛肿瘤靶向用药评估模型的计算方法，筛选到了肿瘤患者靶向药敏感性相关的生物标志物，形成了泛肿瘤靶向药敏感性状态评估模型。通过本发明方法构建得到准确性与机制解释性兼顾的标志物，可用于泛肿瘤治疗效果预测及治疗方案辅助决策等。
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公开(公告)号：CN115261447A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110486118.X
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
IPC: C12Q1/6844 , C12Q1/689 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种能同时检测多种细菌的方法、检测系统及其应用。所述方法包括筛选不同细菌基因组序列中富含AT碱基的目标序列；针对单一细菌基因组序列设计兼具通用性和特异性的引物；基于GC的百分含量、引物序列长度、引物对的理论扩增产物序列长度计算反应变性温度及退火温度；根据序列扩增长度、反应变性温度及退火温度筛选合适的单一细菌引物对并组成检测多种细菌的引物组；设置核酸扩增反应条件，在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应，得到扩增产物。本发明通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。
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公开(公告)号：CN111004856B
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202010018176.5
申请日：2016-08-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/04 , C12N15/11 , C12R1/63
Abstract: 本发明公开了一种针对创伤弧菌的快速恒温检测方法、引物组及试剂盒。所述方法为：从待测样品中提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，以能扩增创伤弧菌特异性序列的引物组为引物，在酶反应体系下进行恒温扩增反应；通过判断反应结果是否为阳性，确定待测样品中是否存在创伤弧菌。本发明检测方法具有高灵敏度和高特异性，检测时间短，结果判定简单，操作便捷，成本低，具广泛应用前景。
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公开(公告)号：CN115261493B
公开(公告)日：2025-02-11
申请号：CN202110486075.5
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海旺旺食品集团有限公司 , 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/04 , C12N15/11 , C12R1/01
Abstract: 本发明公开了一种检测阪崎克罗诺杆菌的方法及其应用。所述方法包括：识别阪崎克罗诺杆菌基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，降低核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效拓展传统核酸扩增技术的应用范围，同时在引物设计通量、反应特异性等显著提升反应性能。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111073986B
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202010017854.6
申请日：2016-08-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/10 , C12N15/11 , C12R1/42
Abstract: 本发明公开了一种针对沙门氏菌的快速恒温检测方法、引物组及试剂盒。所述方法为：从待测样品中提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，以能扩增沙门氏菌特异性序列的引物组为引物，在酶反应体系下进行恒温扩增反应；通过判断反应结果是否为阳性，确定待测样品中是否存在沙门氏菌。本发明检测方法具有高灵敏度和高特异性，检测时间短，结果判定简单，操作便捷，成本低，具广泛应用前景。
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公开(公告)号：CN115261494B
公开(公告)日：2024-09-17
申请号：CN202110486116.0
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海旺旺食品集团有限公司 , 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明公开了一种检测小肠结肠炎耶尔森菌的系统、方法及其应用。所述方法包括：识别小肠结肠炎耶尔森菌基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN115261496B
公开(公告)日：2025-03-25
申请号：CN202110489110.9
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
Abstract: 本发明公开了一种检测沙门氏菌属的方法及其应用和引物。所述方法包括：识别沙门氏菌属基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽了候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，同时显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN118910230A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202310502443.X
申请日：2023-05-06
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/6851
Abstract: 本发明公开了一种实时荧光定量PCR的Cp值获得方法，用于获取PCR反应的初始模板量，所述方法包括基于数据驱动策略的以最小二乘法进行数据筛选和线性拟合的回归法和基于经验规则对数据进行取舍和线性回归的快速取点法；所述回归法是指在PCR反应扩增过程中，使用最小二乘法分别获得扩增曲线上的本底段的函数和上升段的函数，将两个函数对应的两条直线的交点的X轴坐标作为Cp值；所述快速取点法是指通过选取扩增曲线上的本底段和上升段的部分点，分别获得本底段的函数和指数上升段的函数，将两个函数对应的两条直线的交点的X轴坐标作为Cp值。本发明还公开了用于实现上述方法的Cp获得系统及上述方法和/或系统在PCR扩增反应初始模板量获得中的应用。
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公开(公告)号：CN117126924A
公开(公告)日：2023-11-28
申请号：CN202110486084.4
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
Abstract: 本发明公开了一种核酸扩增方法及其应用。所述方法包括：识别待扩增核酸序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓展了候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，从而对双链DNA进行局部解链，大大降低了核酸扩增技术中普遍存在的非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，同时在引物设计通量、反应特异性等方面显著提升了反应性能。
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