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公开(公告)号：CN115261508A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110483999.X
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明公开了一种同时检测多种病毒的方法、引物组及试剂盒。所述方法包括：识别病毒基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，拓展候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，从而对双链DNA进行局部解链，降低核酸扩增技术中普遍存在的非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展病毒核酸扩增技术的应用范围，同时在引物设计通量、反应特异性等方面显著提升反应性能。
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公开(公告)号：CN118910230A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202310502443.X
申请日：2023-05-06
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/6851
Abstract: 本发明公开了一种实时荧光定量PCR的Cp值获得方法，用于获取PCR反应的初始模板量，所述方法包括基于数据驱动策略的以最小二乘法进行数据筛选和线性拟合的回归法和基于经验规则对数据进行取舍和线性回归的快速取点法；所述回归法是指在PCR反应扩增过程中，使用最小二乘法分别获得扩增曲线上的本底段的函数和上升段的函数，将两个函数对应的两条直线的交点的X轴坐标作为Cp值；所述快速取点法是指通过选取扩增曲线上的本底段和上升段的部分点，分别获得本底段的函数和指数上升段的函数，将两个函数对应的两条直线的交点的X轴坐标作为Cp值。本发明还公开了用于实现上述方法的Cp获得系统及上述方法和/或系统在PCR扩增反应初始模板量获得中的应用。
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公开(公告)号：CN117126924A
公开(公告)日：2023-11-28
申请号：CN202110486084.4
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
Abstract: 本发明公开了一种核酸扩增方法及其应用。所述方法包括：识别待扩增核酸序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓展了候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，从而对双链DNA进行局部解链，大大降低了核酸扩增技术中普遍存在的非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，同时在引物设计通量、反应特异性等方面显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN115261491A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110483932.6
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6851 , C12Q1/10 , C12Q1/14 , C12N15/11 , G16B25/20 , C12R1/01 , C12R1/445 , C12R1/42
Abstract: 本发明公开了一种检测志贺氏菌属的方法及其应用。所述方法包括：识别志贺氏菌属基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，显著提升了反应性能。
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