公开(公告)号：CN117789860A

公开(公告)日：2024-03-29

申请号：CN202410032871.5

申请日：2024-01-10

Applicant: 上海交通大学医学院

Inventor： 何牮 ,  刘梓学

IPC: G16C20/50 ,  G16C20/90 ,  G16B20/30 ,  G16B50/30

Abstract: 本发明涉及一种基于蛋白的药物重定位方法及应用，包括以下步骤：①准备受体蛋白beta‑catenin；②准备配体分子库：选择FDA批准药物小分子化合物作为配体小分子文库；③设置对接活性口袋：以共结晶复合物中配体的位置确定对接中心坐标；④化合物虚拟筛选：在虚拟筛选软件中将配体化合物对接至受体蛋白活性口袋中，并对对接结合能评分进行排序；⑤分子对接：进行分子对接，得到对接效果最佳的构象。本发明提供的药物重定位方法具有快速、高效、低成本等优点，通过虚拟筛选的方法实现了药物重定位，可缩药物短研发周期，降低经济成本，有效提升社会效益。

公开(公告)号：CN117854589A

公开(公告)日：2024-04-09

申请号：CN202410031308.6

申请日：2024-01-09

Applicant: 上海交通大学医学院

Inventor： 何牮 ,  刘梓学

IPC: G16B20/50 ,  G16C20/64

Abstract: 本发明涉及一种基于突变蛋白构建的多层次虚拟筛选，以及筛选抑制剂在预防和/或治疗β‑catenin蛋白介导的恶性肿瘤疾病中的应用。在构建三种突变蛋白的三维结构的基础上，通过分别分析第一次虚拟筛选得到的结合能排名前1％小分子化合物种类，选取黄酮类化合物作为第二次筛选库再次进行虚拟筛选，获得三种突变β‑catenin与黄酮类化合物的对接得分结果，得到排名前1％化合物，进行分子对接与活性研究以验证其抑制效果。本发明通过构建突变蛋白的三维pdb文件获得筛选的受体蛋白，经过多层次的虚拟筛选，自建二次虚拟筛选配体文库，丰富了该种类配体品种，在降低实验筛选化合物数量的同时，有效提升虚拟筛选精确率，缩短研发周期和节约成本，具有治疗和/或预防突变β‑catenin蛋白介导的恶性肿瘤疾病上的应用前景。

公开(公告)号：CN116312868A

公开(公告)日：2023-06-23

申请号：CN202310226625.9

申请日：2023-03-08

Applicant: 上海交通大学医学院

Inventor： 何牮 ,  刘梓学

IPC: G16C20/64 ,  G16C20/50 ,  G16C20/90 ,  G16B15/30 ,  G16B35/20 ,  G16B50/00 ,  G16H70/40 ,  A61K31/704 ,  A61P35/00

Abstract: 本发明涉及一种基于分子对接的多层次虚拟筛选方法及其筛选的化合物在制备抗肺癌药物中的用途，通过分析第一次筛选得到的小分子化合物种类，选取人参皂苷类化合物作为第二次筛选库；再选定人参皂苷类化合物库作为第二次筛选配体，再次使用进行虚拟筛选，获得TMPRSS2与人参皂苷类化合物的对接得分结果，得到排名前五化合物，进行分子对接与活性研究。本发明通过多层次的虚拟筛选，自建二次虚拟筛选配体文库，丰富了该种类配体品种的同时，减小了配体库的化合物数量，在有效提升虚拟筛选精确率的同时，降低实验筛选化合物数量，缩短研发周期和节约成本。