一种共标签测序数据的序列比对方法和装置

    公开(公告)号:CN118262790A

    公开(公告)日:2024-06-28

    申请号:CN202211682642.5

    申请日:2022-12-27

    Abstract: 本申请提供了共标签测序数据的序列比对方法和装置,包括:将共标签测序数据按照读长携带的标签拆分到指定个数的第一集合中;将每个第一集合包含的所有读长分别比对到参考基因组中,根据得到的每个第一集合包含的所有读长的初始比对信息,确定每个第一集合包含的每个标签下的唯一比对读长信息和多比对读长信息以及比对位置;根据每个第一集合包含的每个标签下的所有唯一比对读长信息的唯一比对位置,确定每个第一集合包含的每个标签对应的长片段区间;根据每个第一集合包含的每个标签对应的长片段区间,从每个第一集合包含的每个标签下的每个多比对读长信息的多比对位置中确定真实比对位置。本申请提高了解决多比对的效率。

    基于单管长片段测序数据进行骨架组装的方法和装置

    公开(公告)号:CN112133371A

    公开(公告)日:2020-12-25

    申请号:CN201910555693.3

    申请日:2019-06-25

    Abstract: 一种基于单管长片段测序数据进行骨架组装的方法和装置,该方法包括:获取stLFR测序数据,其包括条形码信息和读长对信息;对stLFR测序数据进行预组装处理,获得种子重叠群;利用条形码信息,确定种子重叠群之间的相对顺序;利用条形码信息,确定近邻种子重叠群之间不同取向的权重;利用读长对信息,将未进行组装的重叠群进行挂载;利用条形码信息和读长对信息特征估计重叠群之间的相对间距大小;输出最终组装得到的骨架序列。本发明引入了stLFR数据所包含的长程信息,即利用来自同一条长片段的读长带有相同条形码信息以及来自同一个短片段的读长对信息来综合判断重叠群的排序和取向及它们之间的间距大小,以连接重叠群得到比较理想的骨架长度。

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