一种基于单管长片段测序数据进行骨架组装的方法和装置，该方法包括：获取stLFR测序数据，其包括条形码信息和读长对信息；对stLFR测序数据进行预组装处理，获得种子重叠群；利用条形码信息，确定种子重叠群之间的相对顺序；利用条形码信息，确定近邻种子重叠群之间不同取向的权重；利用读长对信息，将未进行组装的重叠群进行挂载；利用条形码信息和读长对信息特征估计重叠群之间的相对间距大小；输出最终组装得到的骨架序列。本发明引入了stLFR数据所包含的长程信息，即利用来自同一条长片段的读长带有相同条形码信息以及来自同一个短片段的读长对信息来综合判断重叠群的排序和取向及它们之间的间距大小，以连接重叠群得到比较理想的骨架长度。