本申请提供了共标签测序数据的序列比对方法和装置，包括：将共标签测序数据按照读长携带的标签拆分到指定个数的第一集合中；将每个第一集合包含的所有读长分别比对到参考基因组中，根据得到的每个第一集合包含的所有读长的初始比对信息，确定每个第一集合包含的每个标签下的唯一比对读长信息和多比对读长信息以及比对位置；根据每个第一集合包含的每个标签下的所有唯一比对读长信息的唯一比对位置，确定每个第一集合包含的每个标签对应的长片段区间；根据每个第一集合包含的每个标签对应的长片段区间，从每个第一集合包含的每个标签下的每个多比对读长信息的多比对位置中确定真实比对位置。本申请提高了解决多比对的效率。