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公开(公告)号:CN109949865A
公开(公告)日:2019-06-28
申请号:CN201910202273.7
申请日:2019-03-18
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司 , 安诺优达生命科学研究院
IPC分类号: G16B30/00
摘要: 公开了一种序列截取方法、装置和电子设备。该方法包括:获取参考序列,所述参考序列以遍历方式读取且包括多个段落;获取多个待截取序列的段落信息和位点信息;按照所述参考序列的遍历顺序,基于所述段落信息和所述位点信息对所述多个待截取序列进行排序;以及,在遍历所述参考序列的同时,基于所述段落信息和所述位点信息从所述参考序列中依顺序截取所述多个待截取序列。这样,即使针对无索引的参考序列和存在重叠和嵌套的多个待截取序列,也可以通过遍历该参考序列一次性截取该多个待截取序列,从而显著地提高了截取效率。
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公开(公告)号:CN111378720A
公开(公告)日:2020-07-07
申请号:CN201910211343.5
申请日:2019-03-20
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B50/06
摘要: 本发明公开了长链非编码RNA的测序文库构建方法及其应用。其中,该长链非编码RNA的测序文库构建方法包括:对所述待测样本进行去除rRNA处理,以便得到去除rRNA的产物;基于所述去除rRNA的产物进行逆转录处理,以便得到单链DNA,其中,所述逆转录处理的引物具有SEQ ID NO:1所示的序列;将所述单链DNA进行第一扩增处理,以便得到双链DNA;将所述双链DNA进行片段化处理,以便得到DNA片段;以及将所述DNA片段进行第二扩增处理,所述第二扩增的产物构成所述测序文库。该方法先通过rRNA去除探针去除rRNA,再进行逆转录,避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响,并且,利用rRNA去除探针去除rRNA,rRNA的去除率高,方法的稳定性好。
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公开(公告)号:CN109801677B
公开(公告)日:2023-05-23
申请号:CN201811636702.3
申请日:2018-12-29
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达生命科学研究院 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 公开了一种用于染色体异常检测的测序数据自动化分析方法、装置和电子设备。该方法包括:获取原始数据;从用户接收分析指令;基于所述分析指令从所述原始数据获取批次数据;将所述批次数据拆分为样本数据;将拆分后的样本数据进行数据质控;以及,对数据质控成功的每条所述样本数据进行染色体非整倍体及基因微缺失分析以获得分析结果。这样,能够基于用户指令直接从原始数据获得染色体非整倍体及基因微缺失分析结果,从而降低染色体分析的人力和时间成本并提高易用性。
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公开(公告)号:CN113026114B
公开(公告)日:2022-10-28
申请号:CN201911353781.1
申请日:2019-12-25
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: C40B50/06
摘要: 本发明公开了缓冲液及其应用,其中,该缓冲液包括:5‑25mM Tris缓冲液、5‑20mM二价阳离子、75‑150mM一价阳离子、0.05‑2质量%表面活性剂和0.5‑2mM二硫苏糖醇,pH8‑10。该缓冲液的兼容性好,稳定性高,适用于文库构建过程中的多步反应,使文库构建过程中的多步反应可以连续进行,无需纯化,显著降低了反应时间,并且,有利于提高构建DNA文库的方法的效率和稳定性,同时,对T4DNA连接酶无明显的抑制作用。
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公开(公告)号:CN109979535B
公开(公告)日:2021-03-02
申请号:CN201811623615.4
申请日:2018-12-28
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 本发明涉及胚胎植入前遗传学筛查的装置。该装置包含数据获取模块、序列比对模块、标准化模块、分类模块、GC校正模块、背景库校正模块、染色体异常分析模块以及结果报告模块。
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公开(公告)号:CN112375807B
公开(公告)日:2023-02-21
申请号:CN202011289430.1
申请日:2017-12-30
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: C12Q1/6806
摘要: 本发明提供一种随机打断DNA的方法,其包括:在二价阳离子、随机DNA双链结合蛋白质、非离子表面活性剂以及一价盐的存在下,对DNA分子进行打断。通过本发明的方法能够有效提高二代测序文库构建的效率。
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公开(公告)号:CN109979534B
公开(公告)日:2021-07-09
申请号:CN201811621918.2
申请日:2018-12-28
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: G16B30/00
摘要: 本发明涉及一种C位点提取方法及装置。该装置包括:数据过滤模块:用于对待测样本进行高通量测序并对测序数据进行过滤;数据比对模块:用于将所述经过过滤的测序数据进行碱基替换,比对到经过碱基替换的参考基因组上,并确定用于后续分析的Reads;C位点统计模块:用于将数据比对模块确定用于后续分析的Reads按照染色体进行拆分和排序以进行C位点统计;C位点提取结果输出模块:用于输出C位点统计结果。
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公开(公告)号:CN109949865B
公开(公告)日:2020-03-31
申请号:CN201910202273.7
申请日:2019-03-18
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司 , 安诺优达生命科学研究院
IPC分类号: G16B30/00
摘要: 公开了一种序列截取方法、装置和电子设备。该方法包括:获取参考序列,所述参考序列以遍历方式读取且包括多个段落;获取多个待截取序列的段落信息和位点信息;按照所述参考序列的遍历顺序,基于所述段落信息和所述位点信息对所述多个待截取序列进行排序;以及,在遍历所述参考序列的同时,基于所述段落信息和所述位点信息从所述参考序列中依顺序截取所述多个待截取序列。这样,即使针对无索引的参考序列和存在重叠和嵌套的多个待截取序列,也可以通过遍历该参考序列一次性截取该多个待截取序列,从而显著地提高了截取效率。
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公开(公告)号:CN110706737A
公开(公告)日:2020-01-17
申请号:CN201910784122.7
申请日:2019-08-23
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 本申请涉及一种对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备。该方法包括:获取参比序列和待拟合序列;基于目标序列的碱基对应的参比序列的基准参数和待拟合序列的基准参数,获得碱基的比较参数,其中,待拟合序列的基准参数基于多个碱基获得;基于比较参数确定碱基是否合格以获得合格碱基和不合格碱基;对不合格碱基的比较参数进行迭代消减以获得目标参数,迭代消减的迭代次数基于比较参数,且每次迭代消减与至少一个碱基的至少一个比较参数相关联;以及,基于合格碱基和不合格碱基的目标参数确定目标序列的模拟后的序列。这样,可以模拟真实靶向捕获测序数据的参数波动,使模拟数据更加贴近真实。
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公开(公告)号:CN109920485A
公开(公告)日:2019-06-21
申请号:CN201910202272.2
申请日:2019-03-18
申请人: 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: G16B30/00
摘要: 本发明公开了对测序序列进行变异模拟的方法及其应用,其中,对测序序列进行变异模拟的方法包括:获取待模拟区域的碱基序列;将所述碱基序列进行变异状态标记,以便得到标记后的特征串;选取待添加的变异;将所述待添加的变异整合至所述标记后的特征串上,以便得到添加变异后的特征串;以及将所述添加变异后的特征串进行碱基还原,以便得到变异模拟后的序列。该方法通过对碱基序列的变异状态进行标记,设定碱基的变异类型,从而对各种变异进行模拟,变异模拟的方法简单,生成速度快,并能根据需要设计特殊的变异组合用于测试,变异模拟后的序列的仿真程度高。
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