长链非编码RNA的测序文库构建方法及其应用

    公开(公告)号:CN111378720A

    公开(公告)日:2020-07-07

    申请号:CN201910211343.5

    申请日:2019-03-20

    摘要: 本发明公开了长链非编码RNA的测序文库构建方法及其应用。其中,该长链非编码RNA的测序文库构建方法包括:对所述待测样本进行去除rRNA处理,以便得到去除rRNA的产物;基于所述去除rRNA的产物进行逆转录处理,以便得到单链DNA,其中,所述逆转录处理的引物具有SEQ ID NO:1所示的序列;将所述单链DNA进行第一扩增处理,以便得到双链DNA;将所述双链DNA进行片段化处理,以便得到DNA片段;以及将所述DNA片段进行第二扩增处理,所述第二扩增的产物构成所述测序文库。该方法先通过rRNA去除探针去除rRNA,再进行逆转录,避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响,并且,利用rRNA去除探针去除rRNA,rRNA的去除率高,方法的稳定性好。

    对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备

    公开(公告)号:CN110706737A

    公开(公告)日:2020-01-17

    申请号:CN201910784122.7

    申请日:2019-08-23

    IPC分类号: G16B5/00 G16B30/00

    摘要: 本申请涉及一种对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备。该方法包括:获取参比序列和待拟合序列;基于目标序列的碱基对应的参比序列的基准参数和待拟合序列的基准参数,获得碱基的比较参数,其中,待拟合序列的基准参数基于多个碱基获得;基于比较参数确定碱基是否合格以获得合格碱基和不合格碱基;对不合格碱基的比较参数进行迭代消减以获得目标参数,迭代消减的迭代次数基于比较参数,且每次迭代消减与至少一个碱基的至少一个比较参数相关联;以及,基于合格碱基和不合格碱基的目标参数确定目标序列的模拟后的序列。这样,可以模拟真实靶向捕获测序数据的参数波动,使模拟数据更加贴近真实。

    对测序序列进行变异模拟的方法及其应用

    公开(公告)号:CN109920485A

    公开(公告)日:2019-06-21

    申请号:CN201910202272.2

    申请日:2019-03-18

    IPC分类号: G16B30/00

    摘要: 本发明公开了对测序序列进行变异模拟的方法及其应用,其中,对测序序列进行变异模拟的方法包括:获取待模拟区域的碱基序列;将所述碱基序列进行变异状态标记,以便得到标记后的特征串;选取待添加的变异;将所述待添加的变异整合至所述标记后的特征串上,以便得到添加变异后的特征串;以及将所述添加变异后的特征串进行碱基还原,以便得到变异模拟后的序列。该方法通过对碱基序列的变异状态进行标记,设定碱基的变异类型,从而对各种变异进行模拟,变异模拟的方法简单,生成速度快,并能根据需要设计特殊的变异组合用于测试,变异模拟后的序列的仿真程度高。