公开(公告)号：CN116959562A

公开(公告)日：2023-10-27

申请号：CN202310852512.X

申请日：2023-07-12

申请人： 东北林业大学

发明人： 汪国华 ,  刘崇辉

IPC分类号： G16B20/30 ,  G16B45/00 ,  G06F18/2413

摘要： 一种识别疾病表型相关的细胞亚群的方法，属于生物医学领域。为识别疾病表型相关的细胞亚群，本发明收集疾病的单细胞RNA测序数据得到单细胞表达矩阵，收集疾病的bulk表达矩阵和对应的表型标签，下载人类蛋白质相互作用数据构建蛋白质相互作用网络；提取细胞和样本的基因特征签名映射到蛋白质相互作用网络中形成相应的细胞模块、样本模块；计算每个细胞模块和每个样本模块之间的距离，确定多个样本模块的集合作为疾病表型的样本模块集合；计算细胞模块与疾病表型的样本模块集合之间的距离；创建背景距离分布评估细胞模块与疾病表型的样本模块集合间距离的统计显著性，并确定与疾病表型的样本模块集合距离显著小于背景距离分布的细胞。

公开(公告)号：CN116935950A

公开(公告)日：2023-10-24

申请号：CN202210335917.1

申请日：2022-03-31

申请人： 上海交通大学医学院附属新华医院

发明人： 余永国 ,  徐娜 ,  范燕洁 ,  高燕

IPC分类号： G16B15/00 ,  G16B20/40 ,  G16B45/00 ,  G16B50/30 ,  G16H15/00

摘要： 本发明公开的一种精准医学分子遗传实验室智能化综合管理系统，包括：应用层、服务层和基础设施层，其中，所述应用层提供具体应用业务的管理操作和系统管理操作；所述服务层提供后台服务操作接口入口和相关功能管理服务；所述基础设施层提供计算、存储资源和网络环境。本发明的精准医学分子遗传实验室智能化综合管理系统具有如下优点：建立了综合专业的数据平台作为基础设施，有效整合临床数据和组学数据，形成多层次的生物医学数据体系，支撑精准医学高水平科研和临床应用，构建规范标准。

公开(公告)号：CN116864001A

公开(公告)日：2023-10-10

申请号：CN202311127301.6

申请日：2023-09-04

申请人： 深圳市前海高新国际医疗管理有限公司

发明人： 许捷 ,  许静 ,  谭平 ,  丁迎春

IPC分类号： G16B25/10 ,  G16B40/30 ,  G16B45/00 ,  G16B50/00 ,  G06F16/36 ,  G06N3/088

摘要： 本发明提供基于AI的动物模型RNA表达量化分析系统及方法，其系统包括：数据获取模块，用于获取动物模型的RNA表达数据；数据处理模块，用于对RNA表达数据进行筛选处理并提取获得RNA表达数据的关键特征数据；量化分析模块，用于根据关键特征数据，利用AI分析模型进行量化分析，获得量化分析结果；分析结果展现模块，用于展现量化分析结果和关联的策略信息。本发明通过利用人工智能技术，对动物模型的RNA表达信息进行量化分析，可实现智能化、高效率、准确度高的效果，可减轻药物生物分析工作人员的工作量，同时提高数据分析和动物实验研究的水平。

公开(公告)号：CN111223523B

公开(公告)日：2023-10-03

申请号：CN202010013036.9

申请日：2020-01-06

申请人： 中南大学

发明人： 李敏 ,  冯浩楠 ,  郑瑞清

IPC分类号： G16B20/00 ,  G16B45/00

摘要： 本发明公开了一种基于多时滞因果熵的基因调控网络构建方法及系统，对输入的时间序列基因表达数据划分成不同时滞下的时间窗口；对t个时间片的基因表达数据，分别构建t‑τ个时间窗口下的基因表达矩阵，对每一对基因，计算t时间窗口下的目标基因与之前t‑τ个时间窗口下基因的多时滞转移熵，得到一个多时滞下的基因相关性矩阵，矩阵的元素代表基因之间存在边的概率，并对矩阵通过k‑means将边聚类分成两类，过滤掉低概率的边簇，对剩下的每条边计算在条件基因下的多时滞条件转移熵，对最大因果熵小于阈值的间接调控的边过滤掉，获得最终的网络结构。本发明有效提高了推断的准确性。

公开(公告)号：CN116825180A

公开(公告)日：2023-09-29

申请号：CN202210282538.0

申请日：2022-03-22

申请人： 中国科学院深圳先进技术研究院

发明人： 白冰 ,  袁曙光

IPC分类号： G16B5/30 ,  G16B15/30 ,  G16B35/10 ,  G16B45/00

摘要： 本发明涉及一种用于分析大型的动态蛋白‑小分子的相互作用的方法、系统和计算机可读载体。具体公开了所述方法包括如下步骤：S1)设置程序运行及命令的参数预设值；S2)对设置的参数预设值进行检测；S3)获取文件信息，并进行本地存储；S4)对步骤S3)获得数据进行处理和分析：S5)根据步骤S4)获得数据进行2D可视化和结果输出储存。本发明的系统能够适应大数据文本的分析，用户不再需要考虑数据文件是否过大的问题，能够针对具有500帧以上的轨迹类进行快速分析，同时也能更好的设置自定义参数进行特性分析。能应用于生物信息学研究、蛋白质设计、药物筛选、小分子化学合成等各个领域研究。

公开(公告)号：CN116814807A

公开(公告)日：2023-09-29

申请号：CN202310771712.2

申请日：2023-06-28

申请人： 江苏省农业科学院

发明人： 付言峰 ,  程金花 ,  廖超 ,  李辉 ,  赵为民 ,  涂枫 ,  戴超辉 ,  王学敏 ,  李碧侠

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  G16B20/20 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16B40/10 ,  G16B45/00 ,  G16B50/10 ,  C12Q1/6837 ,  C12N15/11

摘要： 本发明提供一种苏紫猪产仔性状相关全基因组SNPs筛选方法，组织样采集后提取DNA，DNA质控检测合格后，进行Illumina全基因组猪50K SNPs芯片检测，质控后得到有效数据用于后期的变异检测；然后进行全基因组关联分析：进行猪产仔表型性状与全基因组SNPs之间的GWAS分析；建立GWAS分析模型：y＝μ+Xb+u+e；对苏紫猪GWAS分析结果中的差异显著性水平P值采用Bonferroni校正，并使用R软件中的qqman绘制曼哈顿图和Q‑Q图。本发明利用Illumina全基因组猪50K SNPs芯片检测了苏紫猪的基因组，并与这些猪的总产仔数、产活仔数性状进行了关联分析。解决试验猪高产仔数关键位点和基因的筛选，研究结果将进一步揭示猪高产仔性状的遗传基础，提高猪育种效率和经济效益有较大的借鉴意义。

公开(公告)号：CN116785437A

公开(公告)日：2023-09-22

申请号：CN202310718732.3

申请日：2023-06-16

申请人： 中国医学科学院肿瘤医院

发明人： 赫捷 ,  李春香 ,  郑雨佳 ,  张浩 ,  肖楚 ,  邓子钦

IPC分类号： A61K45/00 ,  A61K48/00 ,  A61K38/17 ,  A61P37/04 ,  A61P35/00 ,  G16B25/10 ,  G16B25/20 ,  G16B20/50 ,  G16B30/00 ,  G16B40/10 ,  G16B45/00

摘要： 本发明公开了KLF12或KLF12表达促进剂在制备用于抑制Galectin‑1表达的药物中的应用，本发明通过上调肿瘤细胞中的KLF12可以抑制Galectin‑1表达、提高CD8+T细胞的浸润、增强CD8+T细胞的功能，明显增强了肿瘤患者anti‑PD‑1的体内治疗效果，因此，KLF12或KLF12表达促进剂可用于制备用于抑制Galectin‑1表达的药物、其可用于提高CD8+T细胞浸润性、增强CD8+T细胞的免疫功能，用作免疫增强剂；将anti‑PD‑1与(i)KLF12或KLF12表达促进剂或(ii)用于抑制Galectin‑1表达的药物的组合物制备成抗肿瘤药物具有良好的应用前景。

公开(公告)号：CN116769932A

公开(公告)日：2023-09-19

申请号：CN202310864376.6

申请日：2023-07-14

申请人： 吉林省水产科学研究院

发明人： 闫春梅 ,  柳鹏 ,  金香琴 ,  刘慧吉 ,  李玲雪 ,  肖志国 ,  李秀颖 ,  张莹 ,  刘长有 ,  陈婵娟 ,  郑伟

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6806 ,  G16B10/00 ,  G16B20/40 ,  G16B25/20 ,  G16B30/10 ,  G16B45/00

摘要： 本发明涉及长春鳊群体遗传育种技术领域，且公开了长春鳊群体遗传多样性分析及优良亲本筛选方法，包括以下步骤：长春鳊样本采集，采集长春鳊鳍条样本，置于95％乙醇中保存。样本DNA提取，应用基因组DNA提取试剂盒进行基因组DNA提取及纯化，1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA，应用微卫星标记和线粒体COI标记两种分子检测技术进行长春鳊遗传多样性研究，分别在核基因组DNA和mtDNA层次上研究长春鳊群体遗传变异，使研究更全面，结果更可靠，通过长春鳊种质资源调查、保存及遗传学研究，可科学地实现长春鳊资源的可持续利用，更全面更系统地阐明长春鳊种群间及种群内的遗传多样性水平，从分子遗传学角度筛选优良亲本用于改善人工养殖群体的群体遗传质量。

公开(公告)号：CN113838528B

公开(公告)日：2023-09-19

申请号：CN202111026323.4

申请日：2021-09-02

申请人： 浙江大学

发明人： 鲁林荣 ,  刘琬璐 ,  吴利则 ,  薛子为

IPC分类号： G16B30/00 ,  G16B20/00 ,  G16B45/00

摘要： 本发明公开了一种基于单细胞免疫组库数据的单细胞水平耦合可视化方法。方法包括：筛选收集已有的单细胞免疫组库原始数据集，获得多个单细胞免疫组库原始数据集，对各个单细胞免疫组库原始数据集进行特征提取后，获得各个单细胞免疫组库原始数据集中的各个细胞的TCR/BCR—转录组信息，再搭建数据库和终端浏览器界面，实现单细胞免疫组库原始数据集的所有信息在终端浏览器界面中进行可交互的可视化。本发明收集大量的单细胞免疫组库原始数据集，允许短时间且低计算资源耗费的情况下，允许以无技术偏差的方式比较不同样本、不同疾病模型、不同文献来源的单细胞免疫组库样本数据；同时实现了对交互式可视化的TCR/BCR‑转录组耦合分析。

公开(公告)号：CN116705171A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310588835.2

申请日：2023-05-24

申请人： 西北大学

发明人： 刘睿 ,  吴刚 ,  郭松涛

IPC分类号： G16B50/00 ,  G16B45/00 ,  G06F8/34 ,  G06F9/30

摘要： 本发明涉及批量生物数据处理方法，包括：获取用户输入的初始命令行命令；获取所述用户针对所述初始命令行命令输入的标记信息，所述标记信息包括所述初始命令行命令中携带的生物信息文件的输入信息和/或输出信息；根据所述标记信息，向所述用户响应对应的关联控制界面，以供用户通过所述关联控制界面输入所述输入信息对应的待输入的生物信息文件的匹配策略，和/或待输出的生物信息文件的输出规则，以及批量命令转换规则；根据所述待输入的生物信息文件的匹配策略，和/或待输出的生物信息文件的输出规则，并结合所述批量命令转换规则，生成针对若干生物信息文件进行处理的批量命令行命令；执行所述批量命令行命令，并向所述用户反馈执行结果。