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公开(公告)号：CN109937358B
公开(公告)日：2024-03-12
申请号：CN201780069990.6
申请日：2017-12-13
申请人： 佛罗乔有限责任公司
发明人： 詹姆斯·阿尔玛罗德 , 约瑟夫·斯皮德伦 , 迈克尔·大卫·斯塔德尼斯凯
IPC分类号： G16B45/00 , G16B25/00 , G16B50/30 , G06F3/0481 , G06F3/0482
摘要： 公开了计算机技术，其将创新的数据处理和可视化技术应用于诸如细胞基因表达数据的大型多参数数据集，以发现诸如细胞和基因之间的关系的新关系，并在代表这些关系的数据集内创建新的关联数据结构。例如，基因表达数据的散点图可以在细胞视图和基因视图之间迭代地旋转，以找到用户关注的细胞群和基因集合。
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公开(公告)号：CN117672349A
公开(公告)日：2024-03-08
申请号：CN202311150527.8
申请日：2023-09-06
申请人： 湖南工业大学
摘要： 本发明公开了一种肿瘤细胞通信预测方法，包括以下步骤：特征提取与数据处理，配体‑受体相互作用预测，构建基于图自编码器与深度神经网络的集成模型，根据配体‑受体对的生物特征进行编码和解码操作得到配体‑受体相互作用概率，以此进行分类预测，细胞通信预测，对人类黑色素瘤组织和人类结直肠癌组织细胞通信可视化，本发明是基于图自编码器的配体‑受体相互作用预测模型与传统的深度神经网络模型集成支持用户使用个人收集的数据集进行模型训练，并且图神经网络能够很好的实现配体‑受体关联预测，性能优势明显；且本专利结合表达乘积法和表达阈值法，能够很好的考虑多种情况，较为全面。
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公开(公告)号：CN117558342A
公开(公告)日：2024-02-13
申请号：CN202311363358.6
申请日：2023-10-19
申请人： 上海生物芯片有限公司
摘要： 本发明提供一种基于分子遗传标记多样性的品种鉴定分析系统、方法、终端及云平台，基于由纯种数据库构建的品种预测模型，对各待测样本进行获得对应各所述待测样本的品种鉴定结果，并生成可视化品种鉴定报告。本发明通过分子遗传标记数据与纯种数据库文件，结合相应的算法设计，出具清晰明确、详尽如实、科学准确的品种鉴定结果报告。同时该报告还可详尽清晰地展示各个分子遗传标记位点在品种鉴定中的相对作用，对筛选分子遗传标记位点组合有一定的参考意义。
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公开(公告)号：CN117497059A
公开(公告)日：2024-02-02
申请号：CN202311514891.8
申请日：2023-11-15
申请人： 南京工业大学
摘要： 一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法，通过生物信息学方法整合分析肺腺癌组织学模式lepidic和solid的单细胞测序和高通量测序数据，得到预后分子NECTIN2和PVR，并使用多重免疫荧光实验和空间转录组数据进行验证。具体包括：两种组织学模式患者的单细胞测序数据进行细胞质控、标准化、降维、聚类、细胞类型注释；对肿瘤细胞和免疫细胞进行细胞通讯分析，获得显著的共抑制受体配体对TIGIT_NECTIN2和TIGIT_PVR；使用高通量测序数据分析肿瘤细胞相关分子NECTIN2和PVR的预后情况；通过两种组织学模式患者的多重免疫荧光实验和空间转录组数据验证上述分子在不同模式中的表达差异和空间分布。
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公开(公告)号：CN117487883A
公开(公告)日：2024-02-02
申请号：CN202311840100.0
申请日：2023-12-29
申请人： 嘉兴朝云帆生物科技有限公司
发明人： 杨挥
摘要： 本发明提出了一种用于核酸分析的微流控检测方法和系统。所述用于核酸分析的微流控检测方法包括：提取核酸分析需求，并根据所述核酸分析需求构建用于核酸分析的微流控芯片的参数；通过分段校准检测方式对所述微流控芯片进行校准；在所述微流控芯片完成校准之后，实时获取核酸检测试验获取的荧光信号数据，并对所述荧光信号数据进行数据分析，判断核酸样本中是否存在目标病原微生物，并输出可视化图表和数据表格。本发明提出的技术方案通过提取核酸分析需求，可以更好地满足用户的需求，提高核酸分析的准确性和效率；采用分段校准检测方式对微流控芯片进行校准，可以更准确地确定芯片的性能参数，提高芯片的可靠性。
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公开(公告)号：CN116716404B
公开(公告)日：2024-01-30
申请号：CN202310697259.5
申请日：2023-06-13
申请人： 中国医学科学院北京协和医院
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B25/20 , G16B45/00 , G01N33/574
摘要： 本发明属于生物医药领域，具体涉及基于S100A2区分卵巢透明细胞癌和高级别浆液性癌的装置。具体地，本发明提供了一种确定癌症分型的设备，所述设备包括：存储器和处理器；所述存储器用于存储程序指令；所述处理器用于调用程序指令，当程序指令被执行时，用于执行以下操作：获取待测样本的S100A2表达数据，通过比较S100A2表达数据与阈值来判断待测样本的分型结果。
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公开(公告)号：CN116705163B
公开(公告)日：2024-01-26
申请号：CN202310629526.5
申请日：2023-05-31
申请人： 扬州市疾病预防控制中心
摘要： 本发明公开了一种实时荧光PCR数据管理系统，包括：数据采集模块，用于自动读取各个监测设备上的荧光PCR数据；数据解析模块，用于对读取到的荧光PCR数据进行解析，获得解析数据；辅助研判模块，用于基于机器学习模型，对所述解析数据进行辅助研判。实现数据自动读取、辅助研判方案以及自动监测数据上报效果。
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公开(公告)号：CN117409866A
公开(公告)日：2024-01-16
申请号：CN202311364440.0
申请日：2023-10-20
申请人： 北京市农林科学院
发明人： 张杰伟
摘要： 本发明公开了一种包含高质量基因注释信息的植物线粒体基因组完成图的构建方法及装置。本发明的方法基于Illumina HiSeq二代测序数据的评估，使用HiFi(PACBIO CCS模式)或Nanopore的三代测序技术对谷子基因组进行了拼装并提取获得了谷子的线粒体基因组，然后基于不同组织部位和发育阶段的植物RNA‑seq的策略，对谷子线粒体基因组进行高质量注释获得了高质量的谷子线粒体完成图。本发明的方法为可应用于开发物种鉴定的特异性分子标记和植物功能基因生物学功能解析，也可应用于植物线粒体上育性相关基因和产量相关基因挖掘，为相关的植物育种和品种改良提供基础。
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公开(公告)号：CN117409853A
公开(公告)日：2024-01-16
申请号：CN202311416058.X
申请日：2023-10-30
申请人： 香港浸会大学深圳研究院
摘要： 本发明计算机科学和生物网络领域，尤其涉及一种基于转录调控逻辑解码的细胞信号传导网络分析方法，该方法包括采集第一数据、第二数据和第三数据，对所述第一数据、所述第二数据以及所述第三数据进行预处理；根据进行预处理后的数据建立转录因子调控网络；分析逻辑关系，确定每个所述逻辑关系的置信度；使用置信度对应的逻辑关系验证所述转录因子调控网络的组合数据和基因组数据是否符合预期，得到验证结论；基于所述验证结论更新所述转录因子调控网络。本发明通过建立具有高准确性的转录因子调控网络，提高了基因调控网络分析和建模的准确性和深度。
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公开(公告)号：CN117393035A
公开(公告)日：2024-01-12
申请号：CN202311469891.0
申请日：2023-11-07
申请人： 贵州汉方药业有限公司
摘要： 本发明公开了基于网络药理学模式分析芪胶升白胶囊治疗白细胞减少症的药效成分的方法及其应用，该作用机制的分析方法，先将芪胶升白胶囊入血原型成分和代谢产物的作用靶标预测后，转录组学、蛋白质组学和代谢组学的网络药理学整合分析，进行构建“药材‑成分‑靶点‑通路”网络图，再联合通路富集分析。挖掘出QSC中6个关键药材，以及13个入血成分可能是发挥药效的主要活性成分。再分子生物学验证实验明确了芪胶升白胶囊中的美迪紫檀素、洋川芎内酯I、毛蕊异黄酮、刺芒柄花素和大黄素抑制化疗损伤所致的炎症反应，并升高血清中CXCL12和TGF‑β1的含量，从而增强机体的免疫力和造血能力。
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