本发明提供一种基于分子遗传标记多样性的品种鉴定分析系统、方法、终端及云平台，基于由纯种数据库构建的品种预测模型，对各待测样本进行获得对应各所述待测样本的品种鉴定结果，并生成可视化品种鉴定报告。本发明通过分子遗传标记数据与纯种数据库文件，结合相应的算法设计，出具清晰明确、详尽如实、科学准确的品种鉴定结果报告。同时该报告还可详尽清晰地展示各个分子遗传标记位点在品种鉴定中的相对作用，对筛选分子遗传标记位点组合有一定的参考意义。