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公开(公告)号：CN118116467A
公开(公告)日：2024-05-31
申请号：CN202410264831.3
申请日：2024-03-08
申请人： 上海褴褛猫网络科技有限公司
摘要： 本发明的一种单细胞测序无代码分析系统，属于单细胞测序分析技术领域。包括数据集上传模块，数据集上传模块用于向系统内输入待分析的单细胞数据集；任务创建模块，任务创建模块用于创建对应的待分析的单细胞数据集的分析任务；任务分析模块，任务分析模块用于执行任务创建模块设置的分析任务并将结果实时输送给分析结果展示模块；结果展示模块，结果展示模块用于从不同维度对分析的结果进行可视化。通过任务创建模块选择不同的分析任务并通过任务分析模块进行分析，不需要手动设置代码且可以选择多种代码框架，相对于传统的人工设置代码进行分析，大大节约了时间成本和操作难度，且分析更加准确快速。
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公开(公告)号：CN118098379A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202311307821.5
申请日：2016-06-30
申请人： 爱墨瑞得云实验有限公司
发明人： A·M·吉川 , A·V·萨思绥 , A·奥塔 , B·C·克莱恩 , B·M·邦德 , B·M·佛雷扎 , C·R·拉穆勒 , C·L·霍夫勒 , C·Y·李 , C·E·韦伯斯特 , D·J·克莱伯姆 , G·N·斯坦利 , G·W·弗雷泽 , G·罗比肖 , H·E·布克曼 , J·R·麦克南 , J·K·梁 , P·R·楚雷克 , R·M·蒂德 , R·E·瓦拉斯 , S·M·菲茨杰拉德 , S·I·维拉里尔 , S·L·希尔伯格 , S·S·拜希瓦勒 , S·瓦伊蒂林加姆 , W·J·伍德森 , Y·周 , Y·Y·贡
摘要： 一种用于分析从实验室实验获得的数据的系统，包括处理器、存储器和程序代码，程序代码使系统执行：存储用于执行实验的实验参数的值；存储来自实验的结果；存储关于运行实验的仪器的信息；存储运行实验的环境条件；将代表实验的协议对象或协议信息、运行实验的样本以及用于执行实验的指令放置在队列中；响应于实验被执行，从队列中删除协议对象或协议信息；将指令链接到样本、仪器、传感器，以及跟踪设备；以及响应于样本、仪器、传感器或跟踪设备中的任何改变，通过计算机动态改变所生成的更新的指令；基于由实验参数的值或一个或多个所调整的实验参数的值、关于仪器的信息和环境条件组成的组中选择的参考数据点，选择所存储结果的视觉表示。
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公开(公告)号：CN118072837A
公开(公告)日：2024-05-24
申请号：CN202410212970.1
申请日：2024-02-27
申请人： 苏州蓝煜琰科技发展有限公司
摘要： 本发明公开了一种应用环境微生物组数据库的污染物智能溯源方法及系统，涉及智能溯源技术领域，该系统运行中，通过采集不同来源的污染物样品，获取相应的环境微生物组数据、污染物监测数据、环境特征数据和地理因素数据，并传输至数据预处理模块进行预处理，分析和归一化处理后，结合计算获取：污染物智能溯源指数Wrsy，将采集的环境微生物组数据与已建立的环境微生物组数据库进行匹配和比对，进行源追踪和传播路径分析，将追踪分析结果以可视化的方式呈现，并进行结果分析和解释通过污染物智能溯源指数Wrsy与第一预设标准阈值Z和第二预设标准阈值X进行对比，获取评估方案，并对污染物监测数据进行实时监测和预警。
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公开(公告)号：CN118016166A
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN202410157227.0
申请日：2024-02-04
申请人： 清华大学
摘要： 本发明涉及肿瘤生物信息学技术领域，公开一种扰动单细胞转录组测序数据的肿瘤药物响应类型鉴定方法，包括：获取配对的用药组和对照组的单细胞转录组测序数据；构建双层单细胞相似性网络；基于双层图嵌入算法，得到用药组和对照组中每个肿瘤细胞的嵌入向量，并根据嵌入向量分别对用药组和对照组的肿瘤细胞进行聚类，识别具有相似细胞状态和细胞命运的肿瘤细胞亚群；基于转移概率矩阵，将用药组的细胞亚群与对照组的细胞亚群对齐；采用相对丰度变化、绝对丰度变化和状态迁移代价定量衡量细胞亚群的丰度和状态变化，并鉴定肿瘤药物响应类型。本发明能够在细胞亚群水平上系统解析肿瘤药物响应，对于深入理解肿瘤异质、动态的耐药模式具有重要价值。
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公开(公告)号：CN118016152A
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN202410169229.1
申请日：2024-02-06
申请人： 上海科技大学
摘要： 本发明提供一种癌症特异性合成致死基因对预测方法、系统及终端，通过将每个基因的知识图谱表征以及癌症特异性基因表达数据进行融合，并基于元学习构建采用Meta‑CapSL框架的合成致死基因对预测模型，再通过构建的模型对待预测的两个基因进行预测获得对应的基因对预测结果。本发明用于预测只有少量标记数据的潜在癌症特异性SL基因对，使用了元学习框架来转移不同癌症类型中SL基因对相互作用的元知识，并获得一个能够快速适应新癌症类型的初始化模型。本发明的合成致死基因对预测模型不仅能对基因的知识图谱表征以及癌症特异性基因表达数据进行有效整合提高了预测准确度，还具有良好的性能以及泛化能力。
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公开(公告)号：CN117976056A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202311859081.6
申请日：2023-12-30
申请人： 中国科学院海洋研究所
IPC分类号： G16B40/00 , G16B45/00 , C12Q1/6809
摘要： 本发明涉及分子生物学，具体的说一种挖掘和鉴定生殖干细胞的标记基因的方法。利用酶消化法获得鉴定对象精巢内所有细胞，通过单细胞转录组测序获得所分离的所有细胞的转录信息，然后通过细胞分群和再分群，拟时分析、候选生殖细胞标记基因重定位方式，确定生殖干细胞所属细胞群，获取该细胞群的top基因，最终通过原位杂交进一步验证所得即为生殖干细胞标记基因。本发明方法可准确、快速鉴定鱼类精巢种的生殖干细胞，为鱼类生殖干细胞的分离、种质细胞的保存、保护以及细胞育种提供了新方法。
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公开(公告)号：CN116665779B
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202310368843.6
申请日：2023-04-07
申请人： 南京农业大学
IPC分类号： G16B30/10 , G16B45/00 , C12N15/113 , C12N5/10 , C12N15/85 , C12N15/64 , A61K31/7088 , A61P31/14 , A61P31/16
摘要： 本发明公开了一种筛选家禽RNA病毒源siRNA的方法及其应用。本发明筛选家禽病毒源siRNA方法是基于NCBI GEO数据库中GSE数据集的小RNA与相应参考文献的病毒毒株序列进行比对。其次，通过基因组可视化软件IGV比对可知，IBVM41病毒源siRNA富集区为IBV M41 NSP10siRNA富集区序列。我们将IBVM41 NSP10siRNA富集区序列克隆至能高效表达siRNA的pSilencer4.1载体中，构建成PS‑M10质粒。最后，将PS‑M10质粒转染至巨噬细胞，再进行IBVM41感染试验，荧光定量PCR以及蛋白质印迹结果表明，PS‑M10可高效抑制IBV M41的复制，限制病毒的增殖。
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公开(公告)号：CN117894377A
公开(公告)日：2024-04-16
申请号：CN202311706167.5
申请日：2023-12-12
申请人： 遵义医科大学珠海校区
IPC分类号： G16B45/00 , G16B15/30 , G06F3/04842
摘要： 本发明公开了一种网络医学的可视化计算方法、系统、设备及介质，方法包括：响应于检测到点击第一显示区域的操作，显示邻近度计算页面；响应于检测到输入邻近度计算页面的第二输入信息，生成邻近度计算结果；响应于检测到点击第二显示区域的操作，显示提取子网络页面；响应于检测到输入提取子网络页面的第三输入信息，生成边列表文件和节点列表文件；响应于点击第三显示区域的操作，显示联合用药页面；响应于检测到输入联合用药页面的第四输入信息，生成联合用药结果列表。通过直接在显示界面进行可视化的操作，能够简单地进行网络医学计算，且网络医学的相关计算通过可视化的界面操作能够很好地统一，可广泛应用于计算机技术领域。
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公开(公告)号：CN112786109B
公开(公告)日：2024-04-16
申请号：CN202110069693.X
申请日：2021-01-19
申请人： 南京大学
摘要： 本发明公开了一种基因组完成图的基因组组装方法，首先使用高保真测序数据(HiFi)进行基因组组装，生成重叠群、重叠群路径、边信息和重叠信息；将重叠群锚定在参考基因组的染色体上，得到锚定结果；将重叠群路径按照的锚定结果连接成染色体路径；对于每条染色体，按照重叠群在染色体路径的位置在字符串图上遍历每个重叠群，并为每一对重叠群之间的缺口寻找最短路径并填补缺口。本发明实现了高保真测序(HiFi)的无缺口动植物基因组组装完成图，并且完成图准确性高、质量好。
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公开(公告)号：CN112037857B
公开(公告)日：2024-03-26
申请号：CN202010813204.2
申请日：2020-08-13
申请人： 中国科学院微生物研究所
摘要： 本公开提供了菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。该方法的一具体实施方式包括：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。该实施方式实现了菌株基因组注释的准确查询。
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