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公开(公告)号：CN110373477B
公开(公告)日：2021-05-07
申请号：CN201910680683.2
申请日：2019-07-23
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及克隆自CNV片段的与猪耳形性状相关的分子标记。该分子标记为通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，根据全基因组关联分析(GWAS)技术得到一种与猪耳形性状关联的拷贝数变异分子标记(CNV)，当个体拥有该片段的多拷贝(拷贝数>3)时，则有利于猪拥有非直立的耳形，该片段的核苷酸序列如序列表中所示。公开了筛选与猪耳形相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪耳形的标记辅助选择提供了遗传标记资源。
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公开(公告)号：CN108866210B
公开(公告)日：2021-03-16
申请号：CN201811015803.9
申请日：2018-08-31
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及与20日龄仔猪红细胞数目相关的分子标记及其应用。该分子标记克隆自登陆号为ASGA0016595片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与猪红细胞数目相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第101位的碱基处存在一个A/G的等位基因突变，且当SEQ ID NO：1上的第101位核苷酸为A时，则猪具有更高的红细胞数目。公开了筛选与猪红细胞数目相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪免疫性状尤其是红细胞数目的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。
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公开(公告)号：CN110408707B
公开(公告)日：2021-02-12
申请号：CN201910680292.0
申请日：2019-07-23
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及克隆自InDel片段的与猪毛色性状相关的分子标记。该分子标记通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，根据全基因组关联分析(GWAS)得到一种与猪毛色性状相关的分子标记，即发生在Chr 11:50076946bp处的缺失，由原片段CTGGGAACTT缺失为C，具体核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。当个体基因型为CC时，有利于个体拥有渐变带毛色。本发明公开了筛选猪毛色性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用，为猪毛色性状的标记辅助选择提供了新的InDel分子标记。
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公开(公告)号：CN108624701B
公开(公告)日：2021-02-02
申请号：CN201810452332.1
申请日：2018-05-12
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6837 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及与一种与母猪肢蹄骨密度相关SNP的分子标记。该分子标记克隆自登陆号为H3GA0030503的基因片段，通过基因芯片对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个G/T的等位基因突变，且当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为G时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明还公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。
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公开(公告)号：CN110610744B
公开(公告)日：2020-10-23
申请号：CN201910858021.X
申请日：2019-09-11
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明涉及动植物育种及人类疾病预测技术领域，提供一种高效可并行运算且高准确性的全基因组选择方法。首先读取原始基因型文件和表型文件，构建新的基因型文件和表型文件，计算所有个体间的亲缘关系矩阵；然后提取新的表型文件中所有个体作为参考群，提取原始基因型文件中无表型数据的所有个体作为预测群；接着利用参考群数据进行全基因组关联分析，提取全基因组关联分析的结果特征；构建性状特异的模型库，采用交叉验证策略，依次优化最佳固定效应、最佳随机效应，从模型库中选取最优预测模型；最后，利用最优预测模型，计算预测群的基因组估计育种值。本发明能够快速准确且稳定地预测出个体基因组育种值，提升全基因组选择的准确性及效率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111118177A
公开(公告)日：2020-05-08
申请号：CN202010075877.2
申请日：2020-01-22
Applicant: 广西扬翔股份有限公司 , 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪性成熟期性状相关SNP分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所公开的58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，筛选得到一种与猪性成熟期相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位碱基处存在一个A/C的等位基因突变,当序列第51位核苷酸为C时，有利于猪拥有更长的性成熟期。
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公开(公告)号：CN108411006B
公开(公告)日：2020-01-14
申请号：CN201810529294.5
申请日：2018-05-27
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及S1M1基因作为母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为ASGA0003306的S1M1基因，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为T时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的方法及其关联分析的应用。本发明为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。
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公开(公告)号：CN110610744A
公开(公告)日：2019-12-24
申请号：CN201910858021.X
申请日：2019-09-11
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明涉及动植物育种及人类疾病预测技术领域，提供一种高效可并行运算且高准确性的全基因组选择方法。首先读取原始基因型文件和表型文件，构建新的基因型文件和表型文件，计算所有个体间的亲缘关系矩阵；然后提取新的表型文件中所有个体作为参考群，提取原始基因型文件中无表型数据的所有个体作为预测群；接着利用参考群数据进行全基因组关联分析，提取全基因组关联分析的结果特征；构建性状特异的模型库，采用交叉验证策略，依次优化最佳固定效应、最佳随机效应，从模型库中选取最优预测模型；最后，利用最优预测模型，计算预测群的基因组估计育种值。本发明能够快速准确且稳定地预测出个体基因组育种值，提升全基因组选择的准确性及效率。
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公开(公告)号：CN109371144A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811537947.0
申请日：2018-12-16
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及一种与猪生长性状相关联的SNP分子标记。所述的猪生长性状包括校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状。该分子标记克隆自登陆号为WU_10.2_1_179575045的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与猪生长性状相关的分子标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第51位碱基处存在一个A/G的等位基因突变；导致SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列产生多态性，且当该片段第51位核苷酸为A时，表明猪具有更快的生长速度。还公开了筛选与猪生长性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用。为猪生长性状的辅助选择提供了新的标记资源。
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公开(公告)号：CN109371143A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811537946.6
申请日：2018-12-16
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及与猪生长性状相关联的SNP分子标记。所述的猪生长性状包括校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状。该分子标记克隆自登陆号为Affx-114707063的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与猪生长性状相关的分子标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第51位碱基处存在一个A/T的等位基因突变；导致SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列产生多态性，且当该片段第51位核苷酸为A时，表明猪具有更快的生长速度。还公开了筛选与猪生长性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用。为猪生长性状的辅助选择提供了新的标记资源。
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