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公开(公告)号：CN118506880A
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202410683582.1
申请日：2024-05-30
申请人： 佳木斯大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B40/30 , G16B15/30 , G16B20/00 , G16B25/10 , G16B45/00 , G16B50/00 , G16B50/10 , G06F18/231 , C12Q1/6886 , C12Q1/6851 , G01N33/574 , G01N33/68
摘要： 本发明涉及基于EDN1信号轴促进胰腺癌发生机制的实验方法，包括步骤：找出胰腺癌和正常组织中基因表达存在差异的基因；筛选差异显著的基因集，对这些基因进行功能富集和通路分析，深入筛选参与胰腺癌发生发展的基因：预测EDN1调控的下游mRNA，构建EDN1参与的胰腺癌抑制作用轴，利用MIRDB和DIANA数据库对EDN1可影响的mRNA进行预测，将以上数据库得到的结果中存在交集的RNA构建候选基因，通过WGCNA算法确认预测的mRNA是否与EDN1在胰腺癌中作用机制相符；再通过相关实验进行进一步的验证。本发明不仅有助于了解EDN1和相关基因在胰腺癌组织中的表达情况和作用，而且旨在为胰腺癌患者的早期诊断，靶向治疗以及预后分析提供理论基础。
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公开(公告)号：CN118506878A
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202410606825.1
申请日：2024-05-16
申请人： 上海交通大学医学院附属瑞金医院
摘要： 本发明公开了一种模式生物组学数据的下游知识解读引擎系统，该系统包括，模式生物组学数据知识库；第一解读主引擎，基于模式生物本体知识解读主引擎，依托模式生物的生物本体知识，该第一解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；第二解读主引擎，基于模式生物分子网络知识解读主引擎，依托模式生物分子网络知识，该第二解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；以及人机交互模块，接收检索词，并将检索词输入至第一解读主引擎或第二解读主引擎，接收并展示各解读主引擎的解读结果。所述模式生物组学数据知识库由模式生物的本体知识子库、模式生物的生物分子网络知识子库、模式生物的多模态功能组学知识子库组成。
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公开(公告)号：CN117219278B
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202311202678.3
申请日：2023-09-18
申请人： 福建省立医院
摘要： 本发明提供一种精神分裂症攻击性行为风险评估模型及其应用，其使用基因组学、转录组学和蛋白质组学在内的多组学方法来分析精神分裂症患者攻击组和非攻击组的血液样本，确定了一系列的精神分裂症攻击性行为的潜在生物标志物：hsa_circ_0072748、PVR、Maprotiline、OMEPRAZOLE、Docosahexaenoyl PAF C‑16等，并针对这些潜在的生物标记物中的至少一种生物标记物联合童年创伤量表，一起建立Nomogram预测模型，为临床工作带来客观可靠的精神分裂症攻击性行为的辅助诊断工具。
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公开(公告)号：CN118398089A
公开(公告)日：2024-07-26
申请号：CN202410023244.5
申请日：2024-01-05
申请人： 清华大学
摘要： 本申请涉及生物信息学技术领域，特别涉及一种细胞状态迁移过程中的驱动因子识别方法、装置及设备，其中，方法包括：根据单细胞多组学数据推断基因的调控网络；恢复并增强调控网络中转录因子与基因的调控关系得到增强网络矩阵，根据增强网络矩阵和细胞状态的真实迁移向量确定转录因子的变化向量；根据调控网络和变化向量确定细胞状态的推断迁移向量，根据真实迁移向量和推断迁移向量识别转录因子中的驱动因子。由此，解决了相关技术中使用细胞群体测序数据而引入组织异质性，导致转录因子的识别效果较差等问题。
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公开(公告)号：CN118351981A
公开(公告)日：2024-07-16
申请号：CN202410279183.9
申请日：2024-03-12
申请人： 安徽元构生物科技有限公司
摘要： 本发明提供一种核酸序列预测方法、装置、电子设备和存储介质，方法包括：获取主链结构；以主链结构中的各核苷酸残基为节点，以各核苷酸残基之间的连接关系作为边，构建主链结构图，并提取主链结构图的结构特征；基于结构特征，预测主链结构对应的核酸序列。本发明提供的方法，通过以各核苷酸残基为节点，以各核苷酸残基之间的连接关系作为边，构建主链结构图，提取主链结构图的结构特征，基于结构特征，预测主链结构对应的核酸序列，实现对精准三级结构RNA的序列预测，使得预测得到的RNA序列的空间稳定性得到保证，进而提升了预测得到的RNA序列的可靠性。同时无需依靠已有的经验或RNA模板，提升RNA序列预测的普适性和广泛应用性。
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公开(公告)号：CN117594130B
公开(公告)日：2024-07-16
申请号：CN202410077991.7
申请日：2024-01-19
申请人： 北京普译生物科技有限公司
摘要： 本公开涉及核酸测序领域，尤其涉及一种纳米孔测序信号评价方法、装置、电子设备和存储介质，获取通过纳米孔测序方式对核酸序列进行检测得到的原始测序信号。分割原始测序信号得到纳米孔在没有与核酸分子结合时采集的空白电流信号作为第一信号、核酸分子与纳米孔结合后未开始过孔时的电流信号作为第二信号和核酸序列开始连续过孔时的电流信号作为第三信号，对第一信号和第二信号统计分析得到第一评价指标、第二评价指标和第三评价指标，对第三信号统计分析得到第四评价指标和第五评价指标。在根据至少一种评价指标评价原始测序信号。本公开可以能够通过信号分割和统计计算获得多种评价指标，对纳米孔测序方式的测序过程以及测序结果进行评价。
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公开(公告)号：CN118314966A
公开(公告)日：2024-07-09
申请号：CN202410556048.4
申请日：2024-05-07
申请人： 上海交通大学 , 复旦大学附属华山医院
摘要： 本发明提供了一种脑影像与脑组织基因关联方法，所述脑影像与脑组织基因关联方法包括数据采集步骤、数据预处理步骤、脑连接网络构建步骤、分组检验步骤以及脑组织基因关联步骤。所述脑影像与脑组织基因关联方法能够精确地定位脑区，并分析基因组与脑区之间的相关性。通过自动化的方式定位靶向性大脑区域，同时关联基因组学进行分析。该算法将提高脑研究的效率和结果的可靠性，有助于我们更好地理解脑疾病的发病机制，并开发出更有效的治疗方法。
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公开(公告)号：CN118298932A
公开(公告)日：2024-07-05
申请号：CN202410483926.4
申请日：2024-04-22
申请人： 西部(重庆)科学城种质创制大科学中心 , 西南大学
摘要： 本发明公开了一种家蚕大规模蛋白质组数据统计及可视化的方法，利用R语言对获取到的千万行级数据进行质谱质量偏差、证据肽段长度分布、肽段电荷量、漏切位点数量等数据精度参数进行统计分析。通过对蛋白质组质谱数据鉴定文件中序列覆盖率统计、数据清洗、共表达基因筛选、特异表达基因筛选，获得家蚕基因表达模式，所有分析结果做可视化图片输出到目标文件夹。
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公开(公告)号：CN118173180A
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202211570786.1
申请日：2022-12-08
申请人： 清华大学
IPC分类号： G16B45/00
摘要： 本发明提供一种单细胞转录组分析系统，涉及细胞技术领域。包括数据管理模块、动态内存调用模块、自动分析模块和格式转换模块；数据管理模块与动态内存调用模块、自动分析模块和格式转换模块分别连接，用于管理单细胞转录组分析系统中的单细胞组学原始数据等；动态内存调用模块与自动分析模块相连接，用于管理数据在计算机内存中的载入和清出；自动分析模块用于自动构建可视化和可交互的单细胞分析流程，并根据分析流程执行分析算法；格式转换模块用于将所述单细胞转录组分析系统的数据格式与其他外部系统的数据格式进行互相转换。本发明实施例提供的系统能够兼顾自动化程度和分析流程的灵活性。
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公开(公告)号：CN117198406B
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202311222677.5
申请日：2023-09-21
申请人： 亦康(北京)医药科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种特征筛选方法、系统、电子设备及介质，可基于元启发式算法和图神经网络解释器，尤其是创造性地将每个候选特征无偏、稳定的特征域内重要性作为一个关键的节点数据纳入到异构图中并使用图神经网络解释器基于异构图可整合、拓扑地得到每个候选特征无偏、稳定的特征域间重要性，从若干特征域的稠密、冗余、超高维、大规模的候选特征中筛选得到数量少、非冗余、可解释、且预测效能高的最优特征组合，有效解决了现有技术中的不足，并取得了积极的技术效果。
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