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公开(公告)号：CN116469457A
公开(公告)日：2023-07-21
申请号：CN202310704181.5
申请日：2023-06-14
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了MHC与抗原多肽结合、呈递及免疫原性的预测模型训练方法和装置，属于生物信息及细胞免疫技术领域。本发明构建了抗原多肽分别与MHC‑I及MHC‑II的结合、呈递及免疫原性的多任务学习神经网络模型，能够利用从充足的结合和呈递数据集中学习到的特征来增强对数据量较少的免疫原性的学习，并能够通过同一模型同时得到抗原多肽与MHC的结合、呈递及免疫原性的预测结果，从而可以结合此三个免疫应答过程相互依赖的特点，对该抗原‑MHC分子对的重要生物意义产生综合判断。
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公开(公告)号：CN115019881B
公开(公告)日：2022-10-21
申请号：CN202210830132.1
申请日：2022-07-15
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了基于基因蛋白活性的小分子抗肿瘤效果鉴定方法及系统。方法包括：基于肿瘤细胞的基因表达数据，获取关键节点基因和从属基因，关键节点基因与多个从属基因存在相关关系，从属基因用于反映关键节点基因的蛋白活性；计算关键节点基因在小分子干扰前后的蛋白活性，获得对应小分子干扰前的蛋白活性的关键节点基因的蛋白活性静态图谱和小分子干扰后的蛋白活性的关键节点基因的蛋白活性变化图谱；比较变化图谱和静态图谱，基于Fisher精确性检验和多重检验校正确定小分子是否可以逆转肿瘤细胞的生理状态，并判断小分子对静态图谱的逆转效果及小分子的抗肿瘤效果，提高了推断小分子抗肿瘤效果的准确性与敏感性。
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公开(公告)号：CN114990202B
公开(公告)日：2022-09-30
申请号：CN202210903055.8
申请日：2022-07-29
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6876 , C12Q1/6874 , C12N15/11 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点，各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间；各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基；以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%；且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律，同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度，能发现更多更全面的基因组异常情况，能处理染色体结构不变的基因组异常情况，更适用于中国人群，更加准确。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112795647A
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN201911117303.0
申请日：2019-11-14
Applicant: 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) , 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/12 , C07K14/47 , G01N33/574
Abstract: 本发明涉及一种肿瘤标志物及其应用，特别是C10orf71基因、C10orf71蛋白、C10orf71基因检测引物试剂盒中的至少一种在制备用于预测癌症患者对新辅助化疗的响应的产品中的应用。本发明首次确定了C10orf71基因突变为与肿瘤对新辅助化疗响应的关键分子特征，基于本发明的技术方案，新辅助化学疗法在改善预后以及在治疗开始之前确定响应性患者方面具有优势，因此可以制定更好的治疗方案。
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公开(公告)号：CN117964711B
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202410387628.5
申请日：2024-04-01
Applicant: 中国科学院生物物理研究所 , 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C07K14/00 , C07K7/08 , C07K7/06 , C07K1/04 , C07K1/06 , G16B35/00 , A61K38/16 , A61K38/10 , A61K38/08 , A61P31/04
Abstract: 本发明公开了非天然抗菌肽及其应用，属于生物技术领域。抗菌肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:01~SEQ ID NO:34中的任意一种所示。本发明中采用人工智能模型得到的34种非天然抗菌肽，经过实验验证对至少一种革兰氏阳性或革兰氏阴性细菌具有抗菌活性，其中6种具有广谱抗菌功效，而且其中的广谱肽之一的AMP_2显示出强大的抗菌活性。所以，本发明提供的技术方案，不仅在现有的天然抗菌肽的基础上扩大了范围，而且为扩大抗菌肽在临床中的广泛应用提供了一定的支撑，对提高抗菌肽的使用效果具有非常重要的意义。
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公开(公告)号：CN117809749A
公开(公告)日：2024-04-02
申请号：CN202410223684.5
申请日：2024-02-28
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 中国科学院生物物理研究所
Abstract: 本发明公开了功能多肽序列的生成方法、装置、存储器和电子设备，属于蛋白质设计技术领域。生成方法包括：获取训练数据；将训练数据中的目的功能多肽序列编码为二维特征矩阵，利用二维特征矩阵训练功能多肽序列特征生成模型，得到训练好的功能多肽序列特征生成模型；利用训练好的功能多肽序列特征生成模型，通过调整噪音的采样方法生成多种新的功能多肽序列的二维特征矩阵；将各个新的功能多肽序列的二维特征矩阵解码为对应的新的功能多肽序列。本发明充分利用预训练的蛋白质大语言模型的特征提取能力及生成式模型的生成能力，通过有效提取特定类别的功能多肽的序列特征，达到从头合成无模板、目标结构未知的多样性的功能多肽或蛋白质序列的目的。
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公开(公告)号：CN115064209B
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202210988485.4
申请日：2022-08-17
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开一种恶性细胞鉴定方法及系统，所述方法包括：获取单细胞转录组测序数据；基于单细胞转录组测序数据计算基因拷贝数变异鉴定恶性细胞所需的数据，并基于数据确定基因拷贝数变异的方向、程度以及等位基因失衡程度；基于基因拷贝数变异的方向、程度以及等位基因失衡程度进行第一细胞聚类确定首次确定的疑似非恶性细胞和疑似恶性细胞；基于首次确定的疑似非恶性细胞和疑似恶性细胞，根据肿瘤特征分值与非肿瘤特征分值进行第二细胞聚类确定最终的非恶性细胞和恶性细胞。本发明还公开了对应的电子设备以及计算机可读存储介质，融合监督性和非监督性两大技术路线，不依赖肿瘤组织和癌旁组织群细胞转录组测序数据，提高了对恶性细胞鉴定敏感性。
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公开(公告)号：CN110607371B
公开(公告)日：2022-05-06
申请号：CN201910971098.8
申请日：2019-10-14
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 本发明涉及一种胃癌标志物及其应用，特别是C10orf71基因、C10orf71蛋白、C10orf71基因检测引物试剂盒中的至少一种在制备用于预测GC患者对新辅助化疗的响应的产品中的应用。本发明首次确定了C10orf71基因突变为与肿瘤对新辅助化疗响应的关键分子特征，基于本发明的技术方案，新辅助化学疗法在改善预后以及在治疗开始之前确定响应性患者方面具有优势，因此可以制定更好的治疗方案。本发明的方案针对个别GC患者优化治疗策略的重要一步。
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