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公开(公告)号：CN108021789B
公开(公告)日：2022-06-07
申请号：CN201711355434.3
申请日：2017-12-16
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司
Abstract: 本发明公开了一种鉴定体细胞突变的综合策略，以比对结果作为基础数据，使用SNV鉴定工具组和Indel鉴定工具组同时对基础数据进行SNV和Indel鉴定，使用SNV鉴定工具组得到的所有SNV数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠SNV数据，使用Indel鉴定工具组得到的所有Indel数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠Indel数据，将可靠SNV数据与可靠Indel数据组合得到可靠体细胞突变结果。本发明综合运用多个突变鉴定工具同时降低鉴定突变时的假阳性和假阴性实现体细胞突变的精确鉴定，将鉴定体细胞突变的综合策略运用到工具中用于生产，应用价值高。
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公开(公告)号：CN113684274B
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202010421637.3
申请日：2020-05-18
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 本发明涉及用于女性恶性生殖细胞肿瘤诊断和治疗试剂盒，所述试剂盒包括OVOL2表达水平的检测试剂以及用于化疗的顺铂药物。通过采用本发明用于女性恶性生殖细胞肿瘤诊断和治疗试剂盒，有助于提早预测女性恶性生殖细胞肿瘤对顺铂化疗的敏感程度，从而优化治疗方案，减少不必要的化疗，提高患者生活质量的同时改善患者的预后。
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公开(公告)号：CN114561472A
公开(公告)日：2022-05-31
申请号：CN202210452387.9
申请日：2022-04-27
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供一种用于检测或辅助检测肿瘤相关基因变异的试剂盒及其应用，包括成套DNA探针，所述成套DNA探针包括SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：360所示的DNA探针。本发明是可以检测90基因的试剂盒（Panel产品），可一次性对目前已经被美国食品药品监督管理局（FDA）/国家药品监督管理局（NMPA）批准上市的实体瘤靶向药物或免疫检查点抑制剂所对应的生物标志物进行检测。通过采集受检者的肿瘤组织样本及全血样本，进行肿瘤含量评估、DNA提取、建库、捕获、测序、生物信息学分析、医学解读，从而找到可用于指导精准治疗的生物标志物。
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公开(公告)号：CN114525344A
公开(公告)日：2022-05-24
申请号：CN202210426612.1
申请日：2022-04-22
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 一种用于检测或辅助检测肿瘤相关基因变异的试剂盒及其应用，包括成套DNA探针，所述成套DNA探针包括SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：320所示的DNA探针。本发明是可以检测80基因的试剂盒（Panel产品），可一次性对目前已经美国食品药品监督管理局（FDA）/国家药品监督管理局（NMPA）批准上市的实体瘤靶向药物或免疫检查点抑制剂所对应的生物标志物进行检测。通过采集受检者的肿瘤组织样本及全血样本，进行肿瘤含量评估、DNA提取、建库、捕获、测序、生物信息学分析、医学解读，从而找到可用于指导精准治疗的生物标志物。
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公开(公告)号：CN114373550A
公开(公告)日：2022-04-19
申请号：CN202210275508.7
申请日：2022-03-21
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开一种基于分子结构及基因表达的药物IC50深度学习模型预测方法，包括：建立预测药物在不同细胞系中的IC50的深度学习模型；基于深度学习模型进行药物在不同细胞系中的IC50的预测。还公开了预测系统、电子设备及计算机可读存储介质，使用语法变异自动编码器编码药物的化学分子式与使用变异自动编码器编码细胞系表达数据，通过神经网络的方法预测药物在不同细胞系中的IC50，可以直接通过药物的分子信息，预测出药物在不同种类癌症细胞系中IC50的值，可以一定程度上减少临床前开发的资金与时间投入。将模型运用在患者中，可以帮助筛选出药物的适用人群，减少不必要的临床实验，进而提高临床实验的成功率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113699232A
公开(公告)日：2021-11-26
申请号：CN202011357645.2
申请日：2020-11-26
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6886
Abstract: 本发明涉及一种早期诊断胆囊癌的试剂盒及其应用，所述试剂盒包括：CTNNB1突变检测试剂和ARID2突变检测试剂。本发明确定衰老是促成累积的突变的主要因素以及这些肿瘤中CTNNB1和ARID2突变，特别是CTNNB1突变起到关键作用。本发明通过重构胆囊癌转化和癌变演变轨迹的理解，为胆囊癌的早期诊断和有效治疗奠定了基础。
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公开(公告)号：CN117625793B
公开(公告)日：2024-06-07
申请号：CN202410093562.9
申请日：2024-01-23
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本发明公开了一种卵巢癌生物标志物的筛选方法及其应用，属于生物标志物技术领域。本发明同时基于功能基因组学与临床基因组学两方面的多重证据，筛选出一个可以指征铂类药物耐药的卵巢癌生物标志物，即高表达的CDKL3基因，而且该生物标志物在卵巢癌患者队列中得到了验证。该卵巢癌生物标志物可以通过qPCR技术进行检测，检测所需肿瘤样本量小，对检测肿瘤样本质量要求低，检测成本低，分析过程简单，有利于在临床应用方面的推广与统一。
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公开(公告)号：CN117625793A
公开(公告)日：2024-03-01
申请号：CN202410093562.9
申请日：2024-01-23
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本发明公开了一种卵巢癌生物标志物的筛选方法及其应用，属于生物标志物技术领域。本发明同时基于功能基因组学与临床基因组学两方面的多重证据，筛选出一个可以指征铂类药物耐药的卵巢癌生物标志物，即高表达的CDKL3基因，而且该生物标志物在卵巢癌患者队列中得到了验证。该卵巢癌生物标志物可以通过qPCR技术进行检测，检测所需肿瘤样本量小，对检测肿瘤样本质量要求低，检测成本低，分析过程简单，有利于在临床应用方面的推广与统一。
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公开(公告)号：CN116469457B
公开(公告)日：2023-10-13
申请号：CN202310704181.5
申请日：2023-06-14
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了MHC与抗原多肽结合、呈递及免疫原性的预测模型训练方法和装置，属于生物信息及细胞免疫技术领域。本发明构建了抗原多肽分别与MHC‑I及MHC‑II的结合、呈递及免疫原性的多任务学习神经网络模型，能够利用从充足的结合和呈递数据集中学习到的特征来增强对数据量较少的免疫原性的学习，并能够通过同一模型同时得到抗原多肽与MHC的结合、呈递及免疫原性的预测结果，从而可以结合此三个免疫应答过程相互依赖的特点，对该抗原‑MHC分子对的重要生物意义产生综合判断。
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公开(公告)号：CN116364174B
公开(公告)日：2023-10-03
申请号：CN202310618765.0
申请日：2023-05-29
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了一种转录因子活性计算方法、存储器及电子设备，属于生物信息技术领域。方法包括：在各个细胞类群中计算转录因子基因表达值和非转录因子基因表达值的互信息；根据互信息的大小和互信息的统计显著性筛选转录因子的靶标基因；根据转录因子基因表达值和靶标基因表达值的相关性筛选正向调控靶标基因和负向调控靶标基因；计算正向调控靶标基因表达值、负向调控靶标基因表达值与转录因子基因表达值的平均互信息，并将该平均互信息作为转录因子的活性。本发明基于细胞类群的基因表达信息计算转录因子活性，还基于统计学方法对转录因子潜在的靶标基因进行筛选，同时考虑正向调控和负向调控的靶标基因，提高了转录因子活性计算的准确度。
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