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公开(公告)号：CN107523633B
公开(公告)日：2020-07-03
申请号：CN201710928980.5
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12N15/10 , G16B30/00
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；根据寻找到的每个插入位点，分别向上、下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN107523634B
公开(公告)日：2020-06-02
申请号：CN201710928987.7
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12N15/10 , G16B30/10
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用ERV的LTR序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；每个插入位点分别向上游和下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300‑500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；再根据获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN110257481A
公开(公告)日：2019-09-20
申请号：CN201910384029.7
申请日：2019-05-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6809
Abstract: 本发明公开了一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列。（2）将参考序列在NCBI的WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取不同品种基因组中的同源序列，并对上述序列进行手动校对和拼接。（3）根据猪转座子数据对参考序列和拼接序列进行转座子注释以及多序列比对。（4）挑选序列间存在的超过100个碱基且对应转座子的Indel位点，作为候选TIP位点。（5）以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点。该方法可以迅速找到目标区域或基因中便于检测、结果清晰易判断的分子标记。
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公开(公告)号：CN108179198A
公开(公告)日：2018-06-19
申请号：CN201810068583.X
申请日：2018-01-24
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858
Abstract: 本发明涉及一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列设计特异性引物；同时根据生物信息学分析获得的猪的基因组中分布较广泛的微卫星序列设计微卫星引物；两种引物结合，以不同品种猪的基因组为模板扩增；筛选比较清晰、多态性高，重复性好的扩增条带，克隆测序；将测序结果比对分析，设计旁侧特异性引物与反转录转座子LINE1特异性引物组合，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增多个品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107523633A
公开(公告)日：2017-12-29
申请号：CN201710928980.5
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
CPC classification number: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12Q2600/124 , C12Q2600/156 , G16B30/00 , C12Q2531/113
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；根据寻找到的每个插入位点，分别向上、下游延伸300-500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN105524941A
公开(公告)日：2016-04-27
申请号：CN201610035065.9
申请日：2016-01-19
Applicant: 扬州大学
IPC: C12N15/85
CPC classification number: C12N15/8509 , A01K2267/02 , C12N2800/106 , C12N2800/60 , C12N2800/90 , C12N2830/008
Abstract: 本发明提供了一种特异于禽类原始生殖细胞的基因转移系统和方法。该基因转移系统包括含有具有如SEQ ID No.1所示核苷酸序列的vasa启动子的转座酶辅助质粒。该基因转移方法包括：(1)使用生物工程方法，构建含有vasa启动子或者含有vasa启动子和通用增强子元件的转座酶辅助质粒；(2)使用生物工程方法，构建含有需要转移的目的基因表达盒的转座子供体质粒；(3)提取质粒后，将上述转座子供体质粒和转座酶质粒按1:2比例混合均匀，调整其终浓度为500ng—1.5μg/μL；(4)将步骤(3)中所得的混合质粒使用包埋剂包裹后，转染禽类早期胚胎血液中PGCs细胞。通过本发明，可以实现外源基因在禽类胚胎PGCs基因组中高效特异整合，从而达到提高转基因禽的制备效率的目的。
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公开(公告)号：CN110257481B
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN201910384029.7
申请日：2019-05-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6809
Abstract: 本发明公开了一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列。（2）将参考序列在NCBI的WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取不同品种基因组中的同源序列，并对上述序列进行手动校对和拼接。（3）根据猪转座子数据对参考序列和拼接序列进行转座子注释以及多序列比对。（4）挑选序列间存在的超过100个碱基且对应转座子的Indel位点，作为候选TIP位点。（5）以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点。该方法可以迅速找到目标区域或基因中便于检测、结果清晰易判断的分子标记。
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公开(公告)号：CN107460254B
公开(公告)日：2020-02-14
申请号：CN201710928978.8
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , G16B20/20
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪LINE1转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；对寻找到的LINE1的每个插入位点，分别向上、下游延伸300‑500个核苷酸序列，然后下载每条序列；获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN105018523A
公开(公告)日：2015-11-04
申请号：CN201510429987.3
申请日：2015-07-21
Applicant: 扬州大学
Abstract: 本发明属于动物基因工程领域；涉及一种斑马鱼ZB转座子系统及其介导的转基因方法，所述ZB转座子系统，来源于斑马鱼，包含可插入目的基因盒的两个末端重复序列的转基因供体质粒和提供转座活性的转座酶辅助质粒；所述的转基因供体质粒包括斑马鱼ZB转座子两侧末端重复序列和Msc1插入克隆位点。还公开了基于ZB转座子系统的基因转移方法，是通过ZB转座子系统将目的基因导入受体基因组。本发明可应用于多个生物技术领域：1)使用本发明中给出的方法可有效地将目的基因盒插入到宿主基因组中，提高基因转移效率；2)与基因捕获技术结合可以有效开展动物基因功能研究；3)可以介导进行人类基因治疗等。
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