一种基于有害结局路径网络的内分泌干扰物预测方法

    公开(公告)号:CN119811528A

    公开(公告)日:2025-04-11

    申请号:CN202411725946.4

    申请日:2024-11-28

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本申请公开了一种基于有害结局路径网络的内分泌干扰物预测方法,属于内分泌领域,包括:根据预构建的有害结局路径网络,获取包含定性数据和定量数据的实验活性数据;获取内分泌干扰物清单数据,作为第二数据集;根据定性数据,构建靶点定性预测模型;利用靶点定性预测模型,对第二数据集进行靶点活性数据预测,得到靶点活性数据集;利用靶点活性数据集,构建内分泌干扰效应定性预测模型;根据定量数据,构建靶点定量预测模型;利用内分泌干扰效应定性预测模型,预测待测化合物是否具有内分泌干扰效应;对具有内分泌干扰效应的化合物,利用靶点定量预测模型,预测相应的靶点定量活性,得到定量有害结局路径。本申请对内分泌干扰物EDCs进行定性识别和定量分类。

    一种血液中有机污染物生物转化产物的高通量识别方法

    公开(公告)号:CN116612829A

    公开(公告)日:2023-08-18

    申请号:CN202310584143.0

    申请日:2023-05-22

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种血液中有机污染物生物转化产物的高通量识别方法,属于化学分析领域。本发明在生物转化产物结构预测的基础上,对生物转化产物与母体污染物间的结构匹配关系进行置信度评判,建立生物转化产物可疑性筛查清单,对血液中生物转化产物同时进行一级、二级质谱谱图扫描,进行一级质谱匹配,二级碎裂方式预测匹配,实现血液中有机污染物人体生物转化产物的可疑性识别。本发明的识别方法具有样本需求量小、识别生物转化产物范围广、准确度高、用时短等优点。

    基于特征液质碎片匹配的环境样品中雄激素活性物质的鉴别方法

    公开(公告)号:CN111413444B

    公开(公告)日:2021-10-22

    申请号:CN202010441244.9

    申请日:2020-05-22

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明提供一种基于特征液质碎片匹配的环境样品中雄激素活性物质的鉴别方法,包括选取与雄激素活性相关的“活性警示结构”;将“活性警示结构”进行分类,建立“活性警示结构”与质谱特征碎片结构相关关系;提取可表征活性的特征碎片,并通过标准品和质谱谱图数据库进行验证;构建基于特征碎片的雄激素活性物质筛选方法并应用。本发明方法相比传统方法通量更高,覆盖的化合物范围更广,类别更多,建立了毒性特征和质谱碎片之间的直接联系,能进行大量未知化合物的高通量筛选,无需确定化合物完整结构,依据二级碎片的匹配就可快速筛选出可能的雄激素活性物质,大大提高了非目标的筛查效率,进而为环境中关键毒性物质识别提供新的技术方案。

    一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法

    公开(公告)号:CN112420122B

    公开(公告)日:2021-06-22

    申请号:CN202011216404.6

    申请日:2020-11-04

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法,属于计算毒理学领域。该方法首先获取并优化受体蛋白的晶体结构,构建并优化正构配体分子、非竞争性配体分子结构,然后,构建核受体‑正构配体分子复合体,并将非竞争性配体分子放置于远离核受体表面的位置,构建核受体‑正构配体分子‑非竞争性配体分子三元复合体,并对三元复合体进行分子动力学模拟;然后,进行全局搜索分子动力学模拟;将获取的分子运动轨迹进行位置聚类分析,根据非竞争性配体分子在模拟空间范围内的团簇分布进行团簇优先级排序,识别潜在的别构位点。本发明不受已知信息、初始蛋白构象和化合物种类的限制,能够对核受体表面潜在的别构位点进行高效准确识别。

    一种内分泌干扰物高通量筛选的方法

    公开(公告)号:CN109815532B

    公开(公告)日:2021-01-19

    申请号:CN201811529809.8

    申请日:2018-12-14

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明的一种内分泌干扰物高通量筛选模型及筛选方法,涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明针对核受体提取化合物的一级警示结构、二级警示结构以及三级警示结构,再将一级警示结构、二级警示结构和三级警示结构组成核受体高通量筛选模型;再通过核受体高通量筛选模型对目标化合物进行分级警示结构匹配,并进行配体‑受体结合模式分析以及结合活性与干扰活性的半定量预测。本发明克服了现有技术中不能有效地高通量筛查潜在核受体介导的内分泌干扰物的不足,可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查,并且可以判断出核受体介导的内分泌干扰物的受体竞争活性和拟抗活性。

    一种基于污染物代谢扰动的非目标生物标志物高通量筛查方法

    公开(公告)号:CN111505141A

    公开(公告)日:2020-08-07

    申请号:CN202010338854.6

    申请日:2020-04-26

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于污染物代谢扰动的非目标生物标志物高通量筛查方法,属于属于环境暴露与健康领域,其步骤为:(1)提取得到待测提取液;(2)色谱分析,得到含有色谱峰的谱图;(3)进行污染物特征峰的识别与标注,并将污染物特征峰之外的色谱峰作为潜在代谢物特征峰,对潜在代谢物特征峰进行非目标标注;(4)以所述潜在代谢物特征峰的峰面积为因变量,污染物特征峰峰面积为自变量,建立线性回归模型;(5)运行模型,进行生物标志物的非目标筛选,初步得到相关的生物标志物;(6)对初步得到的生物标志物的一级、二级谱图进行鉴定,识别出与污染物暴露相关的生物标志物。本发明的方法显著提升了生物标志物筛查的准确性,同时提高了生物标志物筛查的通量。

    一种内分泌干扰物高通量筛选模型及筛选方法

    公开(公告)号:CN109815532A

    公开(公告)日:2019-05-28

    申请号:CN201811529809.8

    申请日:2018-12-14

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明的一种内分泌干扰物高通量筛选模型及筛选方法,涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明针对核受体提取化合物的一级警示结构、二级警示结构以及三级警示结构,再将一级警示结构、二级警示结构和三级警示结构组成核受体高通量筛选模型;再通过核受体高通量筛选模型对目标化合物进行分级警示结构匹配,并进行配体-受体结合模式分析以及结合活性与干扰活性的半定量预测。本发明克服了现有技术中不能有效地高通量筛查潜在核受体介导的内分泌干扰物的不足,可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查,并且可以判断出核受体介导的内分泌干扰物的受体竞争活性和拟抗活性。

    一种检测水体鸡粪污染的巢式PCR试剂盒及其检测方法

    公开(公告)号:CN104878106B

    公开(公告)日:2018-05-11

    申请号:CN201510300853.1

    申请日:2015-06-05

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种检测水体鸡粪污染的巢式PCR试剂盒及其检测方法,属于水体污染检测领域。一种检测水体中鸡粪污染的巢式PCR试剂盒,包括两对巢式PCR引物、dNTP、PCR buffer、Taq酶、Mg2+溶液和ddH2O,该巢式PCR方法使用两轮PCR扩增,检测方法如下:提取水样DNA,以其为模板进行第一轮PCR扩增,引物为SCF、SCR,反应结束后,以第一轮PCR产物为模板进行第二轮PCR扩增,引物为NCF、NCR,结束后,琼脂糖凝胶电泳检测403bp条带存在表明水体收受到鸡粪污染。该方法通过巢式PCR扩增,大大增加了检测的灵敏度,可以检测到水中存在的微量鸡粪污染,并且具有良好的特异性,可直接应用于水体粪便污染检测及防治工作中。

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