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公开(公告)号：CN101196498A
公开(公告)日：2008-06-11
申请号：CN200610164852.X
申请日：2006-12-06
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N30/72
Abstract: 本发明公开了一种质谱质量测量误差的预测方法，包括如下步骤：步骤一，将物质的测量误差分解为系统误差与随机误差；步骤二，在质谱中计算样本点的测量误差，样本点包括质谱中的离子、离子之和或者离子之差；步骤三，使随机误差的目标函数取最值来确定系统误差分布函数的参数取值。所述在质谱中计算样本点的测量误差是通过预测离子分子式的方法获得。本发明的优点是：不需要额外的内标或外标参考，不需要进行预先的鉴定；既可以预测单个质谱的误差情况，也可以预测整个样品的所有质谱的误差分布情况；预测准确度高。
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公开(公告)号：CN1933441A
公开(公告)日：2007-03-21
申请号：CN200510102968.6
申请日：2005-09-16
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: H04L12/56
Abstract: 本发明公开了一种支持均匀交换的路由器交换结构，包括输入端口、输出端口和交换内核，输入端口通过交换内核与输出端口相连，交换内核的每个交叉点设有缓冲区，输入端口由输入缓冲区和调度器组成，一个输入缓冲区对应一种流，调度器将缓存在输入缓冲区中的流的信元发送到交换内核；交叉点缓冲区缓存特定流中的信元，每个交叉点缓冲区容量大小为4个信元；输出端口设有调度器，将对应交叉点缓冲区的信元均匀复用成一个流并输出。本发明的路由器交换结构无需采用交叉点缓冲区状态信息反馈机制，允许线卡至交换内核任意大小的往返延迟，保证100％的吞吐率，没有信元丢失，并且带宽公平性、信元的延迟和抖动均有界。
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公开(公告)号：CN1773276A
公开(公告)日：2006-05-17
申请号：CN200410090806.0
申请日：2004-11-12
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明公开了一种用串联质谱中碎片离子的同位素峰预测离子分子式的方法，该方法从串联质谱和从各元素的原子个数待定的通用分子式中分别获取碎片离子的单同位素的质量以及各同位素谱峰相对于单同位素的相对丰度；将分别获取的质量和相对丰度做匹配以获得所述通用分子式中待定的各元素的原子个数的非负整数解，得到碎片离子的分子式。本发明的方法利用串联质谱中碎片离子的同位素谱峰信息，通过串联质谱碎片离子的同位素谱峰的模式计算此碎片离子对应的分子式。本发明的方法可以提供碎片离子准确的分子式信息，可对鉴定多肽序列的数据库搜索方法提供的候选序列进行鉴别；以及为求解多肽序列的de novo方法产生高可靠候选序列提供依据。
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公开(公告)号：CN1489387A
公开(公告)日：2004-04-14
申请号：CN03178696.0
申请日：2003-07-22
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明通信技术中的一种用于MPEG－2/DVB网络的均匀复用方法，主要包括eMUX均匀复用调度算法、适用于均匀复用的信令带宽分配方法、基于测量的数据时变带宽分配方法等三部分，其中eMUX均匀复用调度算法是本发明的核心内容。方法步骤包括：(1)判断计数器C是否为0，(2)进行带宽分配，(3)执行eMUX调度，(4)计数器加1。基于eMUX的均匀复用算法适用于面向广电网络接入的应用，适应异种接入设备以及输入流特征复杂的DVB以及DVB与IP网络互连的网络。复用算法可严格保证信令信息实时性，数据流的均匀性，避免接收端缓冲区瞬时溢出，确保接收质量。或在同等条件下减小缓冲区的大小，节约资源。
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公开(公告)号：CN110349621B
公开(公告)日：2021-08-27
申请号：CN201910482412.6
申请日：2019-06-04
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提出一种肽段‑谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置，包括：将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎，得到待检测结果的鉴定结果；获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分，得到第一分值，同时提取第一分值排前n名候选肽段；获取开放式搜索引擎对鉴定结果的打分，得到第二分值，同时提取第二分值排前n名候选肽段；预测每个候选肽段的理论谱图，计算每张理论谱图与待检测结果中图谱数据的余弦相似度，并统计余弦相似度中的最高值；提取由待检测结果的第一分值、第二分值、余弦相似度和最高余弦相似度值组成的四维特征；将四维特征输入至使用SVM训练的离线模型，得到待检测结果的可信度检验结果。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107729719B
公开(公告)日：2020-05-26
申请号：CN201710913734.2
申请日：2017-09-30
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提一种从头测序方法，该方法包括：在通过酶切产生的两个数据集中查找镜像肽段对应的镜像谱图；从所述镜像谱图中检测高可信谱峰和普通谱峰；根据所述高可信谱峰和普通谱峰构建有向无环图，其中，所述高可信谱峰对应的结点是高可信结点，普通谱峰对应的结点是普通结点；基于所构建的有向无环图生成候选肽段。本发明的方法利用镜像谱图相互佐证，能够提高肽段从头测序的准确率。
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公开(公告)号：CN107622184B
公开(公告)日：2020-01-21
申请号：CN201710904787.8
申请日：2017-09-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G16B40/00
Abstract: 本发明提供了一种氨基酸可信度评估模型训练方法。该方法包括：根据包含待训练氨基酸的训练肽段产生所述待训练氨基酸的背景肽段集合；从所述训练肽段和所述待训练氨基酸提取多个特征；以所提取的多个特征作为输入向量，以所述待训练氨基酸是否正确作为输出，训练分类模型，得到氨基酸可信度评估模型。本发明获得氨基酸可信度评估模型可用于氨基酸可信度评估和修饰位点定位的评估，提高了氨基酸可信度评估的准确率并且改善了修饰位点定位的评估性能。
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公开(公告)号：CN110349621A
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201910482412.6
申请日：2019-06-04
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提出一种肽段-谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置，包括：将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎，得到待检测结果的鉴定结果；获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分，得到第一分值，同时提取第一分值排前n名候选肽段；获取开放式搜索引擎对鉴定结果的打分，得到第二分值，同时提取第二分值排前n名候选肽段；预测每个候选肽段的理论谱图，计算每张理论谱图与待检测结果中图谱数据的余弦相似度，并统计余弦相似度中的最高值；提取由待检测结果的第一分值、第二分值、余弦相似度和最高余弦相似度值组成的四维特征；将四维特征输入至使用SVM训练的离线模型，得到待检测结果的可信度检验结果。
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公开(公告)号：CN106770605B
公开(公告)日：2019-03-26
申请号：CN201611019740.5
申请日：2016-11-14
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供了从头测序方法，其包括将待解析的谱图转化为质谱连接图，统计所述质谱连接图中各条路径的得分，提取路径得分高的前若干条普通路径和修饰路径作为候选肽段，其中，所述普通路径为仅由普通边组的路径，所述修改路径为由普通边和修饰边组成的路径且其中仅包含一条修饰边；以及对于每个候选肽段进行肽谱匹配打分，取肽谱匹配打分最高的候选肽段作为所述谱图对应的肽段。该方法可以支持上千种意外修饰的发现，而且不会对肽段鉴定的速度有较大影响。另外，还可以更细粒度地区分相似肽段序列，改善了肽段鉴定的准确率。
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公开(公告)号：CN108052801A
公开(公告)日：2018-05-18
申请号：CN201711235673.5
申请日：2017-11-30
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/28
Abstract: 本发明涉及一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统，包括：将五糖核心中每个单糖作为一个节点，为各节点进行编号以明确节点所代表的单糖类别，根据各节点间的连接关系和编号，计算五糖核心中每个节点的正则表达式，并将所有正则表达式集合，作为x糖结构字符串码，其中x为糖结构所具有的节点数；以正则表达式为基础，通过枚举法生成节点数目为x+1的糖结构的字符串码，作为x+1糖结构字符串码；根据x+1糖结构字符串码，对生成的节点数目为x+1的各个糖结构去冗余并判断其结构的合理性，将合理且没有冗余的x+1糖结构输出到文本文件中，并将文本文件作为N糖结构库。本发明节省了枚举糖库过程中的空间开销，还有效地提高了糖结构的枚举速度。
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