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公开(公告)号：CN105678110A
公开(公告)日：2016-06-15
申请号：CN201610060973.3
申请日：2016-01-29
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/22
CPC classification number: G06F19/22
Abstract: 本发明提供了一种基于样本组合分析核酸序列的方法。通过将需要分析的多个样本按照特定的组合方式分成若干组，并确保每个样本在不同的y组(y≧2)、且仅为y组中被分析y次，然后每个组按照一个分析样品实施对核酸序列分析，最后根据若干组样品的分析结果，组合判断具体样本的分析结果。该方法针对单个指标的特征核酸片段序列，且在多样本中只有极少数样本具有该特征核酸片段序列，其目的是利用组合方式，通过对远小于样本数的样品实施分析，确定具有该特征核酸片段序列的样本。该方法可以显著提高大样本的分析效率、大幅度降低分析成本。
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公开(公告)号：CN102968575B
公开(公告)日：2016-03-02
申请号：CN201210427661.3
申请日：2012-10-31
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/10
Abstract: 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。
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公开(公告)号：CN103937665A
公开(公告)日：2014-07-23
申请号：CN201410147212.2
申请日：2014-04-11
Applicant: 东南大学
IPC: C12M1/34
CPC classification number: B01L3/502707 , B01L3/502753 , B01L2300/0887
Abstract: 本发明公开了一种基于微流控装置的产电微生物筛选平台，由上到下依次由膜电极层、培养室层、半导体电极层、多孔支撑架组成，或者由半导体电极层、培养室层、膜电极层、多孔支撑架组成；膜电极层包括质子交换膜、碳电极、防水透气膜；培养室层基于微流控设计，为高分子绝缘材料上微阵列排布的培养室，每列培养室间以微孔道相连；半导体电极层包括透明衬底、半导体电极、导线、微生物细胞聚集片。所述培养室一侧为质子交换膜，另一侧为半导体电极，半导体电极、碳电极和培养室一一对应，尺寸相同。本发明还公开了其制备方法。本发明能够高通量平行检测大量样品的产电信号，同时在线观察生物膜形成状况；节省时间、空间以及化学试剂方面的耗费。
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公开(公告)号：CN105678110B
公开(公告)日：2019-03-29
申请号：CN201610060973.3
申请日：2016-01-29
Applicant: 东南大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种基于样本组合分析核酸序列的方法。通过将需要分析的多个样本按照特定的组合方式分成若干组，并确保每个样本在不同的y组(y≧2)、且仅为y组中被分析y次，然后每个组按照一个分析样品实施对核酸序列分析，最后根据若干组样品的分析结果，组合判断具体样本的分析结果。该方法针对单个指标的特征核酸片段序列，且在多样本中只有极少数样本具有该特征核酸片段序列，其目的是利用组合方式，通过对远小于样本数的样品实施分析，确定具有该特征核酸片段序列的样本。该方法可以显著提高大样本的分析效率、大幅度降低分析成本。
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公开(公告)号：CN104573407B
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：CN201510070781.6
申请日：2015-02-10
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种物种特异性内源性条形码的搜索方法及其在多样本混合测序中的应用。该搜索方法包括确定、搜集、比对候选基因组序列、计算当前滑动窗口内序列的变异度和窗口两侧序列的保守度、以及根据滑动窗口扫描计算结果，从而确定内源性条形码的步骤。确定内源性条形码后，利用重叠延伸PCR技术扩增并连接内源性条形码和待测目标序列，上机测序，然后通过内源性条形码特征判断测序片段的样本来源。与现有的体外合成的外源性条形码标记样本相比，内源性条形码不用人工合成DNA，并且可实现多个样本一步反应内同时扩增并连接各自条形码和待测目标序列，简化了先提取待测目标序列、再逐个连接体外合成条形码的实验过程，从而降低测序成本。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN1117161C
公开(公告)日：2003-08-06
申请号：CN99114460.0
申请日：1999-09-24
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明是一种高密度基因芯片的制作方法，更准确地说，是一种高密度寡核苷酸探针微阵列的制作方法。首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针的选择方法，即变长变覆盖探针优化选择方法，该方法保证所有探针的杂交解链温度最大程度地一致，可以较大程度地降低基因芯片杂交控制的复杂性，提高基因芯片检测结果的可靠性。此外，在本发明中还提出直接检测目标序列、检测特定位点突变及检测非特定位点突变的具体探针选择方法和探针布局方案。
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公开(公告)号：CN1414388A
公开(公告)日：2003-04-30
申请号：CN01134077.0
申请日：2001-10-24
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种用于生物芯片检测的生物芯片动态变温检测方法，首先将待检测芯片与杂交液进行杂交，待杂交完成后用冲洗液对芯片进行冲洗，然后用热流体对芯片进行加热，当芯片温度达到检测温度时，用芯片扫描仪对芯片进行检测。本发明还公开了一种芯片检测设备，由芯片扫描器和反应/冲洗池组成，在反应/冲洗池上设有进口和出口，在反应/冲洗池上设有与之隔离的加热池，在加热池上设有进液口和出液口。本发明具有检测准确度高，动态变温检测的特点。
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公开(公告)号：CN113160877A
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN202110030502.9
申请日：2021-01-11
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种细胞特异性的G4‑DNA预测方法，属于基因技术领域。该方法包括以下步骤：(1)产生给定物种所有潜在的G4‑DNA序列集合；(2)收集该物种实验检测所获得的细胞特异性G4‑DNA数据；(3)计算对应细胞全基因组范围的染色质开放结构信号和甲基化分布信号；(4)建立G4‑DNA的细胞特异性染色质环境特征向量；(5)建立正负训练样本集合；(6)通过样本训练，建立细胞特异性的G4‑DNA预测分类器，其输入是潜在序列的特征向量，输出是正负样本分类结果。现有G4‑DNA预测方法只能识别体外形成的G4‑DNA或者具有体内活性的G4‑DNA，而本方法能够识别特定细胞中存在的G4‑DNA。
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公开(公告)号：CN106480208A
公开(公告)日：2017-03-08
申请号：CN201611019129.2
申请日：2016-11-18
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种基于信号谱差异的混合样本单核苷酸多态性的检测方法，该方法首先利用一种两核苷酸实时合成测序技术对野生型样本和混合样本分别进行三轮独立测序，获得三组信号谱；然后根据三轮测序实验获得的野生型样本与混合样本的信号谱，计算野生型样本与混合样本的信号谱之间的差异，并采用枚举方法推断混合样本中可能存在的单核苷酸多态性位点；最后综合分析三轮测序实验所检测出的可能的单核苷酸多态性位点，进行一致性判断，如果混合样本中含有单核苷酸多态性位点，则归纳出其位置、突变核苷酸及其比例。本发明相比于现有技术，具有更高的准确度；两核苷酸的循环添加顺序不需要经过复杂的实验设计，实验更容易操作，成本低廉。
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公开(公告)号：CN104573407A
公开(公告)日：2015-04-29
申请号：CN201510070781.6
申请日：2015-02-10
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种物种特异性内源性条形码的搜索方法及其在多样本混合测序中的应用。该搜索方法包括确定、搜集、比对候选基因组序列、计算当前滑动窗口内序列的变异度和窗口两侧序列的保守度、以及根据滑动窗口扫描计算结果，从而确定内源性条形码的步骤。确定内源性条形码后，利用重叠延伸PCR技术扩增并连接内源性条形码和待测目标序列，上机测序，然后通过内源性条形码特征判断测序片段的样本来源。与现有的体外合成的外源性条形码标记样本相比，内源性条形码不用人工合成DNA，并且可实现多个样本一步反应内同时扩增并连接各自条形码和待测目标序列，简化了先提取待测目标序列、再逐个连接体外合成条形码的实验过程，从而降低测序成本。
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