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公开(公告)号：CN115261496A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110489110.9
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
Abstract: 本发明公开了一种检测沙门氏菌属的方法及其应用和引物。所述方法包括：识别沙门氏菌属基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽了候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，同时显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN115261491A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110483932.6
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院 , 上海旺旺食品集团有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6851 , C12Q1/10 , C12Q1/14 , C12N15/11 , G16B25/20 , C12R1/01 , C12R1/445 , C12R1/42
Abstract: 本发明公开了一种检测志贺氏菌属的方法及其应用。所述方法包括：识别志贺氏菌属基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN111073987B
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202010017857.X
申请日：2016-08-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/10 , C12N15/11 , C12R1/01
Abstract: 本发明公开了一种针对小肠结肠炎耶尔森氏菌的快速恒温检测方法、引物组及试剂盒。所述方法为：从待测样品中提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，以能扩增小肠结肠炎耶尔森氏菌特异性序列的引物组为引物，在酶反应体系下进行恒温扩增反应；通过判断反应结果是否为阳性，确定待测样品中是否存在小肠结肠炎耶尔森氏菌。本发明检测方法具有高灵敏度和高特异性，检测时间短，结果判定简单，操作便捷，成本低，具广泛应用前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111073985B
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202010017846.1
申请日：2016-08-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/10 , C12N15/11 , C12N15/63
Abstract: 本发明公开了一种针对沙门氏菌的快速恒温检测方法、引物组及试剂盒。所述方法为：从待测样品中提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，以能扩增沙门氏菌特异性序列的引物组为引物，在酶反应体系下进行恒温扩增反应；通过判断反应结果是否为阳性，确定待测样品中是否存在沙门氏菌。本发明检测方法具有高灵敏度和高特异性，检测时间短，结果判定简单，操作便捷，成本低，具广泛应用前景。
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公开(公告)号：CN115261494B
公开(公告)日：2024-09-17
申请号：CN202110486116.0
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海旺旺食品集团有限公司 , 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明公开了一种检测小肠结肠炎耶尔森菌的系统、方法及其应用。所述方法包括：识别小肠结肠炎耶尔森菌基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，极大地拓宽候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，实现双链DNA的局部解链，大大降低了核酸扩增技术中非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展了传统核酸扩增技术的应用范围，显著提升了反应性能。
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公开(公告)号：CN111863126B
公开(公告)日：2024-03-26
申请号：CN202010470684.7
申请日：2020-05-28
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明涉及基因检测及生物信息学领域，公开了一种应用在结直肠肿瘤状态评估中的基于高通量测序数据和临床表型构建的状态评估模型的运行系统，公开了基于转录组数据、外显子组/基因组数据和临床表型挖掘结直肠癌标志物的方法，设计了一套整合高通量测序数据和临床表型构建结直肠癌状态评估模型的计算方法，筛选到了结直肠癌相关的生物标志物，形成了相应的状态评估模型。通过本发明方法的模型和系统，构建得到准确性与机制解释性兼顾的标志物，用于结直肠癌预后评估、治疗效果预测及治疗方案辅助决策等。
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公开(公告)号：CN111088377B
公开(公告)日：2023-05-23
申请号：CN202010018178.4
申请日：2016-08-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6844 , C12Q1/14 , C12N15/11 , C12R1/445
Abstract: 本发明公开了一种针对金黄色葡萄球菌的快速恒温检测方法、引物组及应用。所述方法为：从待测样品中提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，以能扩增金黄色葡萄球菌特异性序列的引物组为引物，在酶反应体系下进行恒温扩增反应；通过判断反应结果是否为阳性，确定待测样品中是否存在金黄色葡萄球菌。本发明检测方法具有高灵敏度和高特异性，检测时间短，结果判定简单，操作便捷，成本低，具广泛应用前景。
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公开(公告)号：CN115261508A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202110483999.X
申请日：2021-04-30
Applicant: 上海市生物医药技术研究院
Abstract: 本发明公开了一种同时检测多种病毒的方法、引物组及试剂盒。所述方法包括：识别病毒基因组序列中富含AT碱基的序列作为目标序列；针对目标序列自动化、高通量地设计特异性引物；设计特定的Tm值计算公式计算反应变性及退火温度，并据此设置核酸扩增反应条件；在模板局部解链的条件下进行核酸扩增反应。本发明靶向传统核酸扩增方法通常需要规避的富含AT碱基的序列，拓展候选靶标区域；通过基于海量基因组数据的特异性排查，以及针对富含AT区域的Tm值的精确计算，从而对双链DNA进行局部解链，降低核酸扩增技术中普遍存在的非特异性扩增的可能性。该方法有效地拓展病毒核酸扩增技术的应用范围，同时在引物设计通量、反应特异性等方面显著提升反应性能。
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