公开(公告)号：CN108796057A

公开(公告)日：2018-11-13

申请号：CN201810698578.7

申请日：2018-06-29

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  赵小东 ,  邵志峰 ,  胡丛霞

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2523/301 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2521/531

Abstract: 本发明公开了一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，涉及一种通过改进基于高通量测序的MeDIP‑Seq技术来检测少量样品(300pg DNA或50个细胞)全基因组DNA甲基化的方法。本发明通过在少量起始样品中补加含dUTP的λDNA以减少样品损失并提高建库和免疫沉淀反应的效率，通过USER酶对MeDIP‑DNA进行消化以除去补加的甲基化λDNA，避免了甲基化λDNA对待测甲基化样品测序文库的污染。本发明需样品量为300pg DNA或50个细胞，更加适用于少量来源样品的MeDIP‑Seq分析且本发明的MeDIP实验技术及其配套试剂盒的操作方法简便高效，不需要特定的商品化试剂盒和实验设备，成本较低，具有较广泛的适用性和通用性。

公开(公告)号：CN113718017B

公开(公告)日：2024-01-09

申请号：CN202111061395.2

申请日：2021-09-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  胡丛霞

IPC: C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种单细胞ChIP‑seq文库的制备方法，涉及表观遗传学领域，添加物包括辅助DNA添加物或者抗原类似物；单细胞ChIP‑seq文库制备方法为将单细胞分选到96孔板中，经过染色质开放处理之后，每个样品孔中加入带有特异序列标签的Tn5转座酶，在转座酶的作用下，实现对单个细胞核的标记。经过特异性抗体捕获之后，对所得样品进行扩增和纯化。文库由Illumina Nextseq 500测序平台进行测序。本发明添加辅助DNA，降低样品损失；添加抗原类似物，降低抗体的非特异性吸附，增加免疫沉淀反应效率；还提供一种Tn5转座酶介导的染色质打断技术，避免了低效率的传统TruSeq建库法。

公开(公告)号：CN113718017A

公开(公告)日：2021-11-30

申请号：CN202111061395.2

申请日：2021-09-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  胡丛霞

IPC: C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种单细胞ChIP‑seq文库的制备方法，涉及表观遗传学领域，添加物包括辅助DNA添加物或者抗原类似物；单细胞ChIP‑seq文库制备方法为将单细胞分选到96孔板中，经过染色质开放处理之后，每个样品孔中加入带有特异序列标签的Tn5转座酶，在转座酶的作用下，实现对单个细胞核的标记。经过特异性抗体捕获之后，对所得样品进行扩增和纯化。文库由Illumina Nextseq 500测序平台进行测序。本发明添加辅助DNA，降低样品损失；添加抗原类似物，降低抗体的非特异性吸附，增加免疫沉淀反应效率；还提供一种Tn5转座酶介导的染色质打断技术，避免了低效率的传统TruSeq建库法。

公开(公告)号：CN109023537B

公开(公告)日：2021-10-08

申请号：CN201811025369.2

申请日：2018-09-04

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  康亚妮 ,  胡丛霞 ,  徐伟

IPC: C40B50/06

Abstract: 本发明提供了一种微量DNA样品高通量测序文库的构建技术。具体地，本发明方法包括步骤：(a)提供DNA片段和辅助核酸片段；(b)向DNA片段和辅助核酸片段两端添加接头；(c)用特异性抗体捕获、富集末端带有接头的DNA片段和辅助核酸片段；(d)用特异性酶去除所述辅助核酸片段；(e)用特异性引物对所述步骤(c)中捕获、富集的DNA片段和辅助核酸片段进行扩增，从而获得扩增产物。本发明方法更适用于少量来源的微量样品的文库构建；文库质量好，无污染；成本较低，具有较高的普遍适用性。

公开(公告)号：CN109097439A

公开(公告)日：2018-12-28

申请号：CN201811024725.9

申请日：2018-09-04

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  康亚妮 ,  邵志峰 ,  胡丛霞

IPC: C12Q1/6804

Abstract: 本发明提供了一种检测少量样品全基因组DNA甲基化的方法。具体地，本发明的方法包括步骤：(a)提供DNA片段；(b)在所述DNA片段两端添加接头；(c)向所述末端带有接头的DNA中加入辅助核酸片段，形成第一混合物；(d)将所述第一混合物进行热变性，使双链DNA成为单链DNA，形成第二混合物；(e)用特异性抗体对所述第二混合物中甲基化的核酸片段进行捕获；(f)用特异性引物对被捕获的核酸片段进行扩增，从而获得含有甲基化的核酸片段的扩增产物。本发明的方法适用于极少量来源样品的甲基化核酸测序分析，而且成本较低，具有很高的普遍适用性。

公开(公告)号：CN109023537A

公开(公告)日：2018-12-18

申请号：CN201811025369.2

申请日：2018-09-04

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 赵小东 ,  康亚妮 ,  胡丛霞 ,  徐伟

IPC: C40B50/06

CPC classification number: C40B50/06

Abstract: 本发明提供了一种微量DNA样品高通量测序文库的构建技术。具体地，本发明方法包括步骤：(a)提供DNA片段和辅助核酸片段；(b)向DNA片段和辅助核酸片段两端添加接头；(c)用特异性抗体捕获、富集末端带有接头的DNA片段和辅助核酸片段；(d)用特异性酶去除所述辅助核酸片段；(e)用特异性引物对所述步骤(c)中捕获、富集的DNA片段和辅助核酸片段进行扩增，从而获得扩增产物。本发明方法更适用于少量来源的微量样品的文库构建；文库质量好，无污染；成本较低，具有较高的普遍适用性。