一种用于航天器磁特性建模的磁传感器空间坐标定位方法和系统，涉及磁场测量领域。解决了现有基于优化算法的定位方法会增加求解的复杂性，并且其结果可能随着初始值的不同而不同，并且还易陷入局部优化解当中问题。所述方法包括：通过球谐函数构建磁信标产生的磁场分布，获取磁信标在球坐标下的三分量；将磁传感器在笛卡尔坐标系下的三分量通过球坐标系下的三分量表示，获得定解方程；利用傅里叶系数计算磁传感器的方位角；计算磁传感器一阶傅里叶系数，根据磁传感器一阶傅里叶系数计算磁传感器的径向距离，确定磁传感器的球坐标；将磁传感器的球坐标转换为笛卡尔坐标，完成磁传感器的三维坐标定位。本发明应用于航天领域。