本发明涉及一种车载监测系统实时故障定位方法及系统。其中，故障定位方法包括以下步骤：采集监测数据；获取TCMS报文，提取所述TCMS报文的编码时间和TCMS数据；根据所述编码时间计算监测系统与TCMS系统的时间差；判断所述时间差是否小于设定值，如果小于所述设定值则将所述TCMS数据同步到所述监测系统的配准时刻，否则根据所述监测数据对所述TCMS数据进行补偿；将所述监测数据和所述TCMS数据进行融合，并根据融合后的数据进行故障定位。本发明能够提高轨道交通车载监测系统实时故障定位的精度。