本发明涉及山地(齿轨)轨道交通工程设备技术领域，特别是一种齿轨列车出齿作业控制方法、系统及设备。本发明通过计轴磁头以及应答器对待控制列车的位置进行监控，并根据其实时位置控制齿轨列车的运行及控制方式转换，即齿轨路段采用分级速度控制，黏着路段采用目标速度控制，从而解决齿轨列车从齿轨路段驶入黏着路段时，驱动齿轮与过渡装置之间的冲击较大，容易造成驱动齿轮和过渡装置损坏的问题，保证了齿轨列车能够从齿轨路段平滑、顺畅地驶入黏着路段。