本发明提供了一种菠萝蜜种子蛋白饮料及其制备方法，涉及食品加工技术领域。蛋白饮料包括以下组分：88‑110份菠萝蜜种子酶解液、0.15‑0.25份的乳化剂、0.32‑0.36份的稳定剂、4‑8份的甜味剂、0.04‑0.08份的香兰素；所述菠萝蜜种子酶解液的制备方法包括以下步骤：去除菠萝蜜种子的种皮后进行研磨制浆，得种子原浆；所述种子原浆中菠萝蜜种子与水的质量体积比为1kg：(8‑11L)；将种子原浆在85‑90℃进行糊化处理，加入α‑淀粉酶酶解后灭酶过滤，制得菠萝蜜种子酶解液。本发明能够对菠萝蜜种子进行资源利用，将其转化为植物蛋白饮料，提高了菠萝蜜种子的附加价值，并且改善了植物蛋白饮料存在的稳定性差易沉降的缺陷。