本申请提供了一种燃料电池发动机的控制方法、装置和发动机系统，该方法包括：获取初始氢气浓度；在初始氢气浓度大于第一预设浓度的情况下，控制燃料电池发动机内的空压机运行以对发动机箱体内的氢气进行吹扫，以使得发动机箱体内的当前氢气浓度小于第二预设浓度；在当前氢气浓度小于第二预设浓度之后，且在接收到开机指令的情况下，关闭空压机，并控制燃料电池发动机开机，开机指令为指示燃料电池发动机开机的指令，其中，第一预设浓度大于第二预设浓度。该方法通过控制空压机对箱体进行吹扫，实现了在燃料电池发动机起机前对箱体内氢气浓度的自动控制，避免了氢气在箱体内发生聚集造成燃料电池发动机无法正常起机运行的问题。