本申请提供了一种复合海产鲜味基料及其制备方法，所述制备方法包括以下步骤：将海鲜原料粉粹；将粉粹后的海鲜原料配制成溶液并进行灭菌；在灭菌后的溶液中接入复合菌种进行发酵；在发酵后的发酵液中加入风味蛋白酶进行酶解；对酶解后的溶液进行脱腥处理；在脱腥处理后的溶液中加入还原糖进行美拉德反应；其中，所述海鲜原料包括虾、蛤蜊和牡蛎的下脚料，所述复合菌种包括地衣芽孢杆菌、产朊假丝酵母和植物乳酸杆菌。本申请提供的复合海产鲜味基料的制备方法，通过复合菌种协同发酵风味更佳。