本发明提供了一种提升蛋白酶含量的制曲方法，属于调味品制造技术领域。本发明的提升蛋白酶含量的制曲方法包括以下步骤：制备蛋白质大豆原料和淀粉质小麦原料，接种米曲霉混合拌料后进行制曲；所述制曲按制曲时间分为第一培养阶段、第二培养阶段、第三培养阶段和第四培养阶段；所述第一培养阶段为制曲的0～13h；所述第二培养阶段为制曲的14～21h；所述第三培养阶段为制曲的22～30h；所述第四培养阶段为制曲的31～44h。本发明主要通过对米曲霉生长不同阶段对氧需求进行设计，结合米曲霉代谢产热规律，创造性地实现不同阶段循环风和外界新鲜风的优化组合以及风量的优化，实现成曲质量的提升。