本发明提供了一种天然乳制品内源稳定剂及其应用，所述内源稳定剂由灵芝子实体提取物经预孵化获得，所述灵芝的菌种为“湘赤芝1号”，其保藏编号为CCTCC M 2021823；所述预孵化的处理具体为：破壁后的灵芝子实体提取物和纤维素酶混合溶解后，水浴条件下搅拌，充分溶解后水浴中预孵化1～3h，得到所述天然乳制品内源稳定剂。本发明通过预孵化灵芝，促进内源酶释放，使灵芝多糖的含量增加成为发酵乳的天然内源稳定剂，并在此基础上对酪蛋白胶束进行预解离，以增强乳凝胶的重排聚集强度；本发明利用酸解离—灵芝内源多糖双稳定体系，最终使发酵乳凝胶强度比不使用稳定剂的发酵乳提高80％，达到了市售发酵乳的凝胶强度标准，从而实现了零商业稳定剂灵芝发酵乳的制备。