本发明提供了一种基于约束卡尔曼滤波的集群组网协同导航方法及系统，涉及协同导航技术领域，该方法包括：步骤S1：确定集群组网节点数量，并测量各节点间的相对距离；步骤S2：基于测量的各节点间的相对距离，建立集群组网协同导航滤波方程；步骤S3：设计集群组网各节点惯导位置误差加权和最小约束条件；步骤S4：构建集群组网协同导航的约束卡尔曼滤波；步骤S5：利用约束卡尔曼滤波估计出的各节点惯导误差估计值对纯惯导误差补偿。本发明能够实时递推估计出惯导误差对惯导系统进行修正，抑制各个节点纯惯导误差发散。