本发明公开了一种基于病害流行机理的水稻纹枯病气象预测方法。目前水稻纹枯病预测的其它方法大多基于统计分析，仅能对病害年际发生情况进行整体预测，普遍无法给出关于病害发生发展过程的动态预测结果。本发明如下：一、建立病株率预测模型。二、确定模型中各调节系数。三、计算水稻纹枯病病株率的最终预测值。本发明以病害发生发展机理为基础，通过将气象数据与病害发生发展动力学方程组耦合构建时空动态的水稻纹枯病预警模型，能够克服传统病害预测经验主导、通用性差、时效性差等问题，为水稻纹枯病科学防控提供技术支撑。