本申请公开了一种3D存储器件及其制造方法。该3D存储器件的制造方法包括：在具有外围电路区的衬底上形成隔离层；在部分隔离层上形成与外围电路区的位置对应的阻挡层；在隔离层上形成叠层结构，包括交替堆叠的牺牲层与层间绝缘层；形成至少覆盖阻挡层的平坦层；形成贯穿栅叠层结构与隔离层的多个沟道柱；将牺牲层替换为栅极导体层；以及形成穿过平坦层的第一导电通道，其中，形成第一导电通道的步骤包括：刻蚀平坦层形成第一导电通孔，刻蚀在到达阻挡层时停止；以及在第一导电通孔中填充导电材料。该3D存储器件的制造方法通过在对应外围电路区的隔离层上形成阻挡层，在刻蚀平坦层形成第一导电通孔时，阻挡层防止了下方的隔离层与衬底被刻蚀剂损伤。