本发明提供了PTPRE作为靶标在制备或筛选抗肝癌药物中的用途。本发明通过大量的实验数据证明，PTPRE能够促进肝癌细胞的侵袭与转移，通过进一步的机制研究发现PTPRE参与TGF‑β/SMAD3信号通路的调节，PTPRE能够介导TGF‑β受体TGFBR1对SMAD3的招募，促进其磷酸化激活。且发现PTPRE的两个酶活位点对于SMAD3磷酸化激活至关重要。因此针对PTPRE为靶标，可以筛选药物，该药物通过抑制PTPRE基因的表达或者抑制PTPRE蛋白的酶活从而抑制其对TGF‑β/SMAD3信号通路的调节，进而能够抑制肝癌细胞的增殖、侵袭与转移。且本发明的PTPRE基因的shRNA、慢病毒载体及慢病毒能够抑制PTPRE的表达，因此可作为抗肝癌药物。