本发明提供了一种增压发动机系统，所述系统包括发动机、增压器、空气滤清器、水冷中冷器、低温水箱、电子水泵以及控制器；控制器与电子水泵电连接；空气滤清器的出气口与增压器的压气机进气口连通；增压器的压气机出气口与水冷中冷器的进气口连通；水冷中冷器的出气口与发动机的进气口连通；发动机的出气口与增压器的涡轮进气口连通；低温水箱的出水口通过电子水泵分别与增压器的进水口、水冷中冷器的冷水入口连通；增压器的出水口以及水冷中冷器的出水口分别与低温水箱的进水口连通。本发明能够为增压器提供合适的温度的冷却水，有利于增压器的冷却，提高了增压器的使用寿命。同时本发明还提供了一种对所述增压发动机系统的控制方法。