基于测试指令序列的单粒子敏感器件的敏感性预估方法，充分考虑了器件不同测试程序之间的差异性，提供了一种通用的计算器件不同应用程序下单粒子敏感性的途径。本发明方法通过单粒子试验获取电路敏感单元的静态单粒子翻转截面，采用对不同资源分别进行分析得到其在执行某测试程序的总执行时间中所占比例，即占空因子的大小，进而将不同敏感单元的静态单粒子翻转截面与对应的占空因子相乘并相加，得到电路的单粒子敏感性。本发明方法解决了不同测试程序对不同资源调用时间不同而引起的单粒子敏感性差异问题，只需要对电路进行少量的单粒子试验就可以预估不同应用程序下电路的单粒子敏感性。