本发明提供一株松鼠葡萄球菌、疫苗及其制备方法，属生物技术领域。本发明提供松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciuri）NJ1306，保藏号为CCTCC NO: M 2013702。试验证明松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciuri）NJ1306对BALB/c小鼠和仔猪都有致病性。本发明还提供松鼠葡萄球菌灭活疫苗，含有灭活的NJ1306株。将灭活的松鼠葡萄球菌培养液和佐剂混合均匀，得到松鼠葡萄球菌灭活油乳剂疫苗。采用本发明松鼠葡萄球菌NJ1306制成的灭活油乳剂疫苗，可以对BALB/c小鼠提供很好的保护力，说明该菌株具有良好的免疫原性。